1420-ci ildə Qara Yusifin ölümündən sonra dövlətin daxilində çəkişmələr başlanır və ölkə parçalanma təhlükəsi ilə üzləşir. Teymurun oğlanları Şahrux və Baysunqur bundan istifadə edərək bir neçə dəfə Azərbaycan üzərinə hücuma keçirlər. Qara Yusifin oğlanlarından İskəndər Azərbaycanda hakimiyyəti ələ keçirərək, Şirvana hücum edərkən şirvanşah 1 Xəlilullahın köməyinə Şahrux gəlir. Cahanşah da qardaşına qarşı çıxış edir. İskəndər birləşmiş qoşunların təzyiqinə davam gətirməyərək, Şirvandan baş götürüb qaçır. 1435-ci ildə İskəndərin məğlubiyyətindən sonra Şahrux Azərbaycan hakimliyini Cahanşaha tapşırır. İskəndər növbəti dəfə öz hakimiyyətini bərqərar etmək məqsədilə Təbrizi tutmaq istəyir, ancaq Cahanşahla Şirvan əmirlərinin birləşmiş qoşunları onun ordusunu darmadağın edirlər. O, Naxçıvan yaxınlığındakı Əlincə qalasına qaçır və burada öz yaxın adamlarının sui-qəsdilə öldürülür və beləliklə Cahanşah Azərbaycanın müstəqil hökmdarı olur.
CAHANSAHŞAH DÖVRÜ
Görkəmli dövlət xadimi, şair, hürufi fəlsəfəsinin tanınmış nümayəndəsi Müzəffərəddin Cahanşah həqiqi 1397-ci ildə Xoy şəhərinin yaxınlığında yerləşən kiçik bir kənddə doğulmuşdur. Cahanşah Azərbaycan Qaraqoyunlu dövlətinin banisi Qara Yusifin üçüncü oğlu idi. 1440-41 -ci ildə o, Gürcüstan üzərinə uğurlu bir yürüş edir, bir neçə ildən sonra isə ərəb İraqına hücum çəkərək, Bağdadı alır. Bundan sonra kiçik yaşlı oğlu Məhəmməd Mirzəni İraq hakimi təyin edir. Mosul şəhərini isə qardaşı İskəndərin oğlanları Əlvəndə, Rüstəmə, Tərxana və Mahmuda verir. Atası və qardaşı İskəndərdən fərqli olaraq Teymurilərdən Şahrux və Osmanlı sultanı ilə dostluq siyasəti yeritməklə Cahanşah nəinki Qaraqoyunlular dövlətinin əvvəlki sərhədlərini bərpa edir, hətta onun ərazisini qonşu torpaqlar hesabına genişləndirir. Lakin bütün bunlara baxmayaraq, Qaraqoyunlular dövləti Teymurilərdən asılı olaraq qalırdı. Qaraqoyunlular dövləti yalnız 1447-ci ildə Şahrux Xorasanda dünyasını dəyişəndən sonra tam müstəqillik qazanır. Hakimiyyətsizlikdən istifadə edən Cahanşah Sultaniyyə, Qəzvin və Həmədanı Qaraqoyunlu torpağlarına qatır, elə həmin ildə Gürcüstan üzərinə yürüş edir. Bu vaxt İskəndərin oğlu, Mosul hakimi Əlvənd Mirzə Cahanşaha qarşı üsyan qaldırır və ətraf yerləri tutaraq özünü müstəqil elan edir. Bu barədə xəbər çatan kimi Cahanşah Təbrizə qayıdır və öz qoşunlarını Əlvənd Mirzənin üzərinə göndərir. Əlvənd məğlubiyyətə uğrayır və Ağqoyunlu hökmdarı Cahangirin yanına qaçır. Bu isə Cahanşahı məcbur edir ki, öz qoşununu Cahangirin üzərinə yönəltsin. Cahangirin qoşunları əzilir və onun torpaqlarının bir hissəsi Cahanşahın tabeçiliyinə keçir.