Kuzatuv kengashi Qirgʻiziston Milliy banki boshqaruvi yetti nafar aʼzodan iborat boʻlib, Milliy bank raisi, uning uch oʻrinbosari va yana boshqaruvning uch nafar aʼzosidan iborat. Boshqaruvning har bir aʼzosi umumiy vakolat va masʼuliyatga ega boʻlib, ular Milliy bank raisi tavsiyasiga koʻra Qirgʻiz Respublikasi Prezidenti tomonidan yetti yil muddatga tayinlanadi.
Tolkunbek Abdigulov, 2014-yil may - 2018-yil sentyabr
Qubanychbek Qulmatov, 2018-yil sentyabr - 2018-yil dekabr
Tolkunbek Abdygulov , 2018-yil dekabr - 2021-yil sentyabr
Qubanychbek Bokontaev, 2021-yil sentyabr
Tashkiliy tuzilmasi Qirgʻiziston Milliy banki oʻz vazifasi va funksiyalarini amalga oshirish uchun bank faoliyatining turli jihatlarini hal qiluvchi oʻnta turli boshqarmalardan tashkil topgan. Bundan tashqari 15 ta kichik boʻlimlar ham mavjud, bu esa bankning uzluksiz ishlashini taʼminlaydi.