Qərargah Kapitan Mustafa Kamal, məzun olduqdan sonra mərkəzi Şamda olan 5-ci Orduya staj məqsədiylə göndərildi. Bu stajından piyada, süvari və topçu siniflərində vəzifə aldı. 1905-1907 illəri arasında Şamda Lütfi Müfit Bəy (Özdeş) 5-ci Ordu əmrində vəzifə etdi. İlk stajı 5-ci Orduya bağlı 30-cu Süvari Alayında reallaşdı. Bu dövrdə aşağı rütbəli şagird bir qərargah zabit olaraq Suriyanın müxtəlif bölgələrindəki üsyanlarla maraqlanan Mustafa Kamal, "kiçik döyüş" (partizan döyüşü) üzərinə təcrübə qazandı. Üsyanlarla məşğul olduğu dörd aydan sonra Şama qayıtdı. 1906-cı ilin oktyabr ayında Mayor Lütfi bəy, Dr. Mahmud bəy, Lütfi Müfit (Özdeş) Bəy və hərbi təbib Mustafa Cantəkin ilə "Vətən və Azadlıq" adlı bir cəmiyyəti qurduqdan sonra ordudan icazəsiz Salonikiyə getdi. Saloniki Mərkəz Komandir müavini Kapitan Cəmil Bəyin (Uybadın) köməyi ilə quruya çıxdı və orada cəmiyyətinin şöbəsini açdı. Bir müddət sonra axtarıldığını öyrəndi və ona böyük qardaşlıq edən Polkovnik Həsən Bəy, Yafoya dönüb oranın komandiri Əhməd Bəyə Misir sərhədində Birüssebiye göndərildiyini bildirməsini təklif etdi. Əhməd bəy də Mustafa Kamalı Birüssebiye təyin etdi və bir müddət sonra topçu staj üçün təkrar Şama göndərildi. 20 iyun 1907-ci ildə (kıdemli yüzbaşı) oldu və 13 oktyabr 1907-ci ildə 3-cü Orduya qərargah olaraq təyin edildi ancaq Salonikiyə çatdığında Vətən və Azadlıq Cəmiyyətinin şöbəsinin İttihad və Tərəqqi Cəmiyyətinə ilhaq edildiyini öyrəndi. Buna görə özü də 1908-ci ilin fevral ayında İttihad və Tərəqqi Cəmiyyətinə üzv oldu . 22 iyun 1908-ci ildə Rumeli Şərq Bölgəsi Dəmiryolları müfəttişliyinə təyin edildi.