Supplement
Supplementary Table : Primers used for real-time PCR experiments.
gene
|
full gene name
|
Assay name or sequence
|
BTC
|
betacellulin
|
Hs_BTC_1_SG
|
EGFR
|
epidermal growth factor receptor
|
Hs_EGFR_vb.1_SG
|
WNT2B
|
wingless-type MMTV integration site family, member 2B
|
Hs_WNT2B_va.1_SG
|
SULT4A1
|
sulfotransferase family 4A, member 1
|
Hs_SULT4A1_1_SG
|
ABCB1
|
ABC-Transporter B1 (P-glycoprotein)
|
Hs_ABCB1_1_SG
|
PIK3R5
|
phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit 5
|
HS_PIK3R5_1_SG
|
CYP3A43
|
cytochrome P450 3A43
|
HS_CYP3A43_1_SG
|
HBEGF
|
heparin-binding EGF-like growth factor
|
HS_HBEGF_1_SG
|
TCF7L2
|
transcription factor 7-like 2
|
Hs_TCF7L2_1_SG
|
ERBB3
|
epidermal growth factor receptor 3
|
Hs_ERBB3_vb.1_SG
|
FZD7
|
frizzled homolog 7
|
Fwd: CCTTCCCCTTCTCATGCCC
Rev: CAGCCCGACAGGAAGATGAT
|
MAPK9
|
mitogen-activated protein kinase 9
|
Hs_MAPK9_va.1_SG
|
PRKCA
|
protein kinase C, alpha
|
Hs_PRKCA_1_SG
|
TCF7
|
transcription factor 7
|
Hs_TCF7_va.1_SG
|
CACNA2D3
|
calcium channel, voltage-dependent, alpha 2/delta subunit 3
|
Hs_CACNA2D3_1_SG
|
GAPDH
|
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
|
Hs_CACNA2D3_1_SG
|
Supplementary Figure 1: Clinical data of microarray cell lines
Abbreviations: TCA (tricyclic antidepressants), SSRI (selective serotonin reuptake inhibitors), SNRI (serotonin-norepinephrine reuptake inhibitors), NASSA (noradrenergic and specific serotonergic antidepressant), NARI (noradrenalin-reuptake-inhibitor), BZD (benzodiazepines), SLP (sleep medication)
Supplementary Table 2: Clinical Data Overview
Abbreviations: f (female), m (male), TCA (tricyclic antidepressants), SSRI (selective serotonin reuptake inhibitors), SNRI (serotonin-norepinephrine reuptake inhibitors), NASSA (noradrenergic and specific serotonergic antidepressant), NARI (noradrenalin-reuptake-inhibitor), SSRE (selective serotonin reuptake enhancer)
Supplementary Table 3: Microarray results (fold changes) of identified genes being involved GO terms of brain remodeling processes. Mean values and standard deviations (sd) of responder (R) and non-responder (NR) derived cell lines are indicated as well as p-values calculated by Wilcoxon-Mann-Whitney rank-sum test. Significant p-values are in bold.
genes
|
cell lines
|
mean (sd)
|
ProbeName
|
Symbol
|
1WXV
|
2411
|
24DC
|
275J
|
275U
|
278D
|
278H
|
278S
|
96
|
CY24
|
R
|
NR
|
p-value
|
A_24_P282416
|
ABL1
|
-1,1
|
-1,2
|
-1,5
|
-2,5
|
-2,1
|
1,1
|
-1,3
|
1,2
|
-1,9
|
1,0
|
-0,8
|
±
|
1,6
|
-0,9
|
±
|
1,3
|
1,00
|
A_23_P135769
|
ACTB
|
1,1
|
-1,5
|
2,1
|
2,3
|
5,0
|
2,1
|
-1,0
|
-1,3
|
-1,7
|
-2,0
|
1,9
|
±
|
2,0
|
-1,6
|
±
|
0,4
|
0,02
|
A_23_P105957
|
ACTN1
|
-1,1
|
-1,5
|
-2,1
|
-2,4
|
-1,1
|
1,4
|
-1,3
|
-1,3
|
-2,4
|
-2,0
|
-1,1
|
±
|
1,3
|
-1,8
|
±
|
0,5
|
0,35
|
A_23_P101655
|
ACTN4
|
-1,2
|
-1,8
|
-2,2
|
-3,0
|
1,2
|
1,6
|
-1,6
|
-1,3
|
-2,7
|
-2,2
|
-0,8
|
±
|
1,9
|
-2,1
|
±
|
0,5
|
0,26
|
A_33_P3408983
|
APC
|
-1,2
|
1,4
|
2,5
|
4,4
|
1,7
|
1,2
|
1,7
|
1,7
|
2,4
|
1,4
|
1,7
|
±
|
1,8
|
1,7
|
±
|
0,5
|
1,00
|
A_23_P73511
|
ARAF
|
1,0
|
-1,0
|
-2,0
|
-2,6
|
-1,1
|
1,4
|
-1,6
|
-1,4
|
-2,2
|
-1,6
|
-0,8
|
±
|
1,6
|
-1,6
|
±
|
0,5
|
0,61
|
A_24_P298027
|
AXIN2
|
4,2
|
1,2
|
2,6
|
1,7
|
1,2
|
1,1
|
-1,3
|
-1,1
|
-1,9
|
1,1
|
1,6
|
±
|
1,7
|
-0,2
|
±
|
1,6
|
0,11
|
A_23_P148015
|
AXIN2
|
1,2
|
1,1
|
1,0
|
-1,6
|
-5,8
|
-3,4
|
1,1
|
-1,1
|
-1,0
|
1,4
|
-1,6
|
±
|
2,7
|
0,6
|
±
|
1,1
|
0,11
|
A_33_P3398526
|
BCL2L11
|
-1,1
|
-1,2
|
1,5
|
3,0
|
2,6
|
-1,1
|
1,1
|
-1,3
|
-1,4
|
-1,1
|
0,6
|
±
|
2,0
|
-0,6
|
±
|
1,2
|
0,11
|
A_33_P3251932
|
BCL2L11
|
-1,2
|
-1,6
|
-2,1
|
-1,7
|
-1,7
|
-1,3
|
-1,2
|
-1,4
|
-2,0
|
-1,6
|
-1,6
|
±
|
0,3
|
-1,6
|
±
|
0,3
|
0,26
|
A_23_P135722
|
BTC
|
1,8
|
-1,1
|
107,1
|
103,2
|
30,6
|
-1,1
|
2,1
|
-1,9
|
-1,0
|
-1,3
|
40,0
|
±
|
52,0
|
-0,3
|
±
|
1,6
|
0,91
|
A_23_P373031
|
CACNA1C
|
-1,1
|
-1,4
|
2,7
|
4,2
|
2,1
|
1,1
|
-1,0
|
-1,4
|
-1,3
|
-1,5
|
1,3
|
±
|
2,2
|
-1,3
|
±
|
0,2
|
0,35
|
A_33_P3297580
|
CACNA1C
|
4,6
|
-1,1
|
-2,1
|
1,0
|
-4,0
|
-2,6
|
-4,3
|
1,2
|
1,2
|
-1,5
|
-0,3
|
±
|
3,2
|
-1,4
|
±
|
2,2
|
0,07
|
A_33_P3825869
|
CACNA1C
|
-7,1
|
-1,0
|
-3,0
|
1,4
|
-3,8
|
-1,9
|
1,3
|
1,2
|
-5,4
|
1,2
|
-2,2
|
±
|
3,2
|
-1,0
|
±
|
3,1
|
0,76
|
A_23_P365767
|
CACNA1D
|
-1,2
|
1,6
|
-1,1
|
2,2
|
3,6
|
-1,2
|
1,1
|
1,1
|
-2,2
|
-2,0
|
0,6
|
±
|
2,1
|
-0,4
|
±
|
2,0
|
0,61
|
A_23_P148327
|
CACNA1F
|
1,0
|
1,0
|
1,3
|
-1,1
|
-6,4
|
-1,5
|
1,0
|
-1,1
|
-1,6
|
1,6
|
-1,3
|
±
|
2,8
|
0,5
|
±
|
1,5
|
0,35
|
A_23_P85765
|
CACNA1S
|
1,1
|
-1,2
|
-4,1
|
-2,4
|
-1,6
|
-1,1
|
-1,4
|
-1,3
|
1,0
|
1,1
|
-1,6
|
±
|
1,7
|
-0,1
|
±
|
1,4
|
0,48
|
A_24_P91165
|
CACNB1
|
-1,2
|
1,3
|
1,5
|
2,9
|
3,0
|
1,1
|
-1,2
|
-1,1
|
-1,8
|
-1,3
|
1,0
|
±
|
1,8
|
-0,7
|
±
|
1,4
|
0,26
|
A_33_P3285277
|
CACNB2
|
1,5
|
-2,3
|
-1,1
|
3,9
|
2,8
|
-1,0
|
-1,1
|
1,1
|
1,4
|
-1,1
|
1,2
|
±
|
2,0
|
-0,8
|
±
|
1,5
|
0,07
|
A_33_P3363271
|
CACNB2
|
1,2
|
1,0
|
-1,1
|
-2,3
|
-2,8
|
-1,2
|
-1,3
|
1,2
|
1,3
|
-1,3
|
-0,8
|
±
|
1,7
|
-0,1
|
±
|
1,4
|
0,11
|
A_33_P3221989
|
CACNB4
|
1,1
|
1,4
|
1,1
|
1,7
|
-2,1
|
-1,2
|
-1,0
|
1,4
|
2,3
|
3,8
|
0,3
|
±
|
1,6
|
1,6
|
±
|
2,0
|
0,76
|
A_23_P300056
|
CDC42
|
1,2
|
1,1
|
-1,8
|
-3,1
|
-2,2
|
-1,5
|
-1,0
|
1,3
|
1,5
|
1,0
|
-1,0
|
±
|
1,8
|
0,6
|
±
|
1,1
|
0,17
|
A_24_P81841
|
CDKN1B
|
-1,1
|
1,4
|
-1,2
|
-1,7
|
-2,2
|
-1,1
|
1,3
|
1,3
|
2,2
|
1,9
|
-1,0
|
±
|
1,2
|
1,7
|
±
|
0,4
|
0,26
|
A_24_P270814
|
CRK
|
1,1
|
-1,1
|
-2,5
|
-4,7
|
-3,6
|
1,6
|
-1,3
|
-1,2
|
-1,8
|
-1,4
|
-1,5
|
±
|
2,5
|
-1,4
|
±
|
0,3
|
|
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