Katalizlanuvchi reaksiyalar turiga ko’ra fermentlar ierarxik tasnifiga ko’ra 6 sinfga bo’linadi.Klassifikatsiyani Xalqaro biokimyo va molekulyar biologiya ittifoqi taklif qilgan. Har bir sinf kichik sinflarni o’z ichiga oladi, shuning uchun ferment nuqta bilan ajratilgan to’rtta raqam bilan tavsiflanadi. Masalan, pepsin EC 3.4.23.1 nomiga ega. Birinchi raqam taxminan ferment tomonidan katalizlangan reaktsiya mexanizmini tavsiflaydi
CF 2: Transferazlar kimyoviy guruhlarning bir substrat molekulasidan ikkinchisiga o’tishini katalizlovchi. Transferazalar orasida, qoida tariqasida, ATP molekulasidan fosfat guruhini o’tkazadigan kinazlar ayniqsa ajralib turadi.
CF 4: Aldash, mahsulotlardan birida qo’sh bog’lanish hosil bo’lishi bilan gidrolizsiz kimyoviy bog’lanishlarning uzilishini katalizlash.
CF 5: Izomerazlar, bu substrat molekulasidagi strukturaviy yoki geometrik o’zgarishlarni katalizlaydi.
CF 6: Ligazalar, ATP gidrolizi tufayli substratlar o’rtasida kimyoviy bog’lanishlar hosil bo’lishini katalizlash. Misol: DNK polimeraza.
Oksidoreduktazalar oksidlanish va qaytarilish reaktsiyalarini katalizlovchi fermentlardir, ya’ni. Elektronlarni donordan akseptorga o’tkazish. Oksidlanish – bu vodorod atomlarini substratdan olib tashlash, qaytarilish – vodorod atomlarini qabul qiluvchiga qo’shish.
Oksidoredduktazalarga: degidrazalar, oksidazalar, oksigenazalar, gidroksilazalar, peroksidazalar, katalazalar kiradi. Masalan, spirtli dehidrogenaza fermenti spirtning aldegidga aylanishini katalizlaydi.
Vodorod atomini yoki elektronni toʻgʻridan-toʻgʻri kislorod atomlariga oʻtkazuvchi oksireduktazalar aerob degidrogenazalar (oksidazalar), fermentlarning nafas olish zanjirining bir komponentidan ikkinchisiga vodorod atomi yoki elektronlarini oʻtkazuvchi oksidoreduktazalar esa anaerob degidrogenazalar deyiladi. Hujayralarda oksidlanish-qaytarilish jarayonining keng tarqalgan varianti oksidoreduktazalar ishtirokida substrat vodorod atomlarining oksidlanishi hisoblanadi.
Oksidoredduktazalar ikki komponentli fermentlar bo’lib, ularda bir xil koenzim turli apofermentlar bilan bog’lanishi mumkin. Masalan, ko’pgina oksidoreduktazalar koferment sifatida NAD va NADP ni o’z ichiga oladi. Ko’p sonli oksidoreduktazalar sinfining oxirida (11-pozitsiyada) katalazalar va peroksidazalar kabi fermentlar mavjud. Hujayra peroksizoma oqsillarining umumiy miqdoridan 40 foizgacha katalaza. Katalaza va peroksidaza vodorod peroksidni quyidagi reaksiyalarda parchalaydi: H2O2 + H2O2 = O2 + 2H2O H2O2 + HO – R – OH = O=R=O + 2H2O Ushbu tenglamalardan bu reaksiyalar va fermentlar o’rtasidagi o’xshashlik ham, sezilarli farq ham bor. Darhol aniq bo’ladi. Shu ma’noda, vodorod peroksidning katalaza bo’linishi peroksidaza reaktsiyasining alohida holati bo’lib, vodorod peroksid birinchi reaktsiyada ham substrat, ham qabul qiluvchi bo’lib xizmat qiladi.
Transferazlar- funktsional guruhlar va molekulyar qoldiqlarning bir molekuladan ikkinchisiga o’tishini katalizlovchi fermentlarning alohida sinfi. O’simlik va hayvon organizmlarida keng tarqalgan bo’lib, ular uglevodlar, lipidlar, nuklein va aminokislotalarning o’zgarishida ishtirok etadilar.
Transferazlar tomonidan katalizlangan reaktsiyalar odatda quyidagicha ko’rinadi:
A-X + B ↔ A + B-X.
Molekula A bu erda atomlar guruhining donori vazifasini bajaradi ( X) va molekula B guruh qabul qiluvchi hisoblanadi. Ko’pincha, kofermentlardan biri bunday uzatish reaktsiyalarida donor rolini o’ynaydi. Transferazalar tomonidan katalizlangan ko’pgina reaksiyalar qaytariladi. Sinf fermentlarining tizimli nomlari quyidagi sxema bo’yicha tuzilgan:
“donor: qabul qiluvchi + guruh + transferaz».
Yoki donor yoki guruh qabul qiluvchining nomi ferment nomiga kiritilganda biroz umumiyroq nomlar qo’llaniladi:
“donor + guruh + transferaz” yoki “qabul qiluvchi + guruh + transferaz».
Masalan, aspartat-aminotransferaza glutamik kislota molekulasidan aminokislotalarning o‘tishini katalizlaydi, katexol-O-metiltransferaza S-adenosilmetioninning metil guruhini turli katexolaminlarning benzol halqasiga, agiston atsetiltransferaza esa atsetilkoenmadan atsetil-guruhni o‘tkazadi. Transkripsiya faollashuvi vaqtida gistonga A.
Bundan tashqari, fosfat guruhi donori sifatida ATP yordamida fosfor kislotasi qoldig’ini uzatuvchi transferazlarning 7-kichik guruhining fermentlari ham ko’pincha kinazalar deb ataladi; aminotransferazalar (6-kichik guruh) ko’pincha transaminazalar deb ataladi
Gidrolazalar(CF3) – kovalent bog’lanishning gidrolizlanishini katalizlovchi fermentlar sinfi. Gidrolaza bilan katalizlangan reaksiyaning umumiy shakli quyidagicha:
A–B + H2O → A–OH + B–H
Gidrolazalarning sistematik nomi o’z ichiga oladi parchalanuvchi nomisubstrat keyin qo’shiladi –gidrolaz. Biroq, qoida tariqasida, arzimas nomda gidrolaza so’zi tushiriladi va faqat “-aza” qo’shimchasi qoladi.