Bir başka tanımı ile "Canlının yapısı ile canlıda meydana gelen olayları fizik ve kimya kuralları ile açıklamaya çalışan Biyokimya" bilindiği gibi çalışmalarını üç ana dalda sürdürmektedir

ÖNSÖZ

Başta doğadaki en kutsal varlık olan insana sağlıklı bir yaşam sağlamak için uğraşan Tıp, Diş Hekimliği ve Eczacılık Fakülteleri olmak üzere konusu canlı olan tüm fakültelerimizde okuyan öğrencilerimizin öğrenmek zorunda oldukları ilk ve en önemli konu hücrenin yapısı ve hücrede meydana gelen metabolik ve kimyasal olaylardır. Bu bağlamda yaşayan tüm canlıların yapılarını ve bu yapıların düzenlenmesi ile metabolik işlevlerini moleküler düzeyde açıklamaya çalışan Biyokimya Bilim Dalı çalışanları öğrencilerine yapılan araştırmaların elverdiği ölçüde ve elde ettikleri verilerin ışığında hücrenin yapısı ile hücrede meydana gelen metabolik reaksiyonları açıklamaya çalışmaktadır.

Bir başka tanımı ile “Canlının yapısı ile canlıda meydana gelen olayları fizik ve kimya kuralları ile açıklamaya çalışan Biyokimya” bilindiği gibi çalışmalarını üç ana dalda sürdürmektedir. Bunlardan birincisi yaşamın temel alt birimi olan hücreler ile dokuların yapılarını açıklayan “Yapısal Biyokimya” , ikincisi ise canlıda meydana gelen tüm tepkimeleri inceleyen “Metabolik Biyokimya” dır. Çağımızda çok büyük aşamalar gösteren üçüncü ana dal ise canlıyı meydana getiren temel alt birim olan hücrenin yapısal ve fonksiyonel bilgilerinin depolanması ve bu bilgilerin aktarılması ile ilgili konuları araştıran ve bulgularının ışığında bizleri bilgilendiren “Moleküler Genetik”tir.

Bu kitap, biyokimya ile karşılaşan ve öğrenmeyi amaçlayan öğrencilerimize yolun başında karşılarına çıkan “Yapısal Biyokimya” konularında yardımcı olmak amacıyla hazırlanmıştır. Öncelikle moleküler yapının temellerinden başlayarak canlıda karşılaşılan temel molekül guruplarının hemen hemen hepsi hakkında temel bilgiler verilmeye çalışılmıştır.

Kitabımın hazırlanması sırasında gerek eksik olan bilgilerimin tamamlanmasında gerekse konunun daha iyi anlaşılması için hazırladığım şekillerin bir kısmında teknolojinin en önemli ögelerinden biri olan internet verilerinden yararlandım. Arzu eden okuyucularım bilgilerinden yararlandığım internet sitelerinin adreslerini kitabımın sonunda bulabilirler.

Kitabımın basılmasındaki çok değerli destek ve katkıları için Üniversitemiz Basımevi Müdürü Sayın Hakan Büyükçaylı’ya, uzun ve yorucu bir çalışma ile sayfa düzenlemelerini yapan Sayın Serpil Hoşafçı’ya, kapak tasarımını gerçekleştiren Sayın Hüseyin Türk’e ve basımda emeği geçen tüm matbaamız çalışanlarına çalışanlarına çok teşekkür ederim.
Prof. Dr. Tamer YILMAZ

CANLIDA ORGANİK YAPI İÇİNDEKİLER

1. MOLEKÜLER YAPININ TEMELLERİ

1.1. Giriş

1.2. Biyokimyanın kapsamı

1.3. Karbon kimyası

1.4. Karbon elementinin yapısı

1.5. Hibritleşme

1.5.1. sp^3 tip hibritleşme

1.5.2. sp^2 tip hibritleşme

1.5.3. sp tip hibritleşme

1.6. Kimyasal bağlar

1.6.1. Bağ enerjisi

1.6.2. Bağ mekanizması

1.6.3. Kovalent bağlar

1.6.3.1. Polar kovalent bağlar

1.6.3.2. Nonpolar kovalent bağlar

1.6.4. İyonik bağlar

1.6.5. Hidrojen bağları

1.6.6. Metalik bağlar

1.6.7. Dipol dipol etkileşimi

1.6.8. Van der Waal’s çekim gücü

1.7. Organik moleküllerin genel sınıflandırılması ve adlandırılması

1.7.1 Düz zincirli organik bileşikler

1.7.1.1. Alkanlar

1.7.1.2. Alkenler

1.7.1.3. Alkinler

1.7.2. Aromatik organik bileşikler

1.7.2.1. Benzen halkası elektron düzeni

1.7.2.2. Aromatik hidrokarbonların özellikleri

1.8. Fonksiyonel gurup kavramı

1. 8.1. Yapısal fonksiyonel guruplar

1.8.1.1. Aklanlar

1.8.1.2. Alkenler

1.8.1.3. Aklinler

1.8.2. Oksijen içeren fonksiyonel guruplar

1.8.2.1. Alkoller

1.8.3. Karbonil gurubu bileşikler

1.8.4. Eterler

1.8.5. Karboksilik asitler

1.8.6. Esterler

1.8.7. Açil (acyl) halojenürler

1.8.8. Amitler

1.8.9. Asit anhidritler

1.8.10. Azot içeren fonksiyonel guruplar

1.8.11. Diğer fonksiyonel guruplar

1.9. İzomerizasyon

1.9.1. Yapısal izomerizasyon

1.9.1.1. Zincir (iskeletsel) izomerler

1.9.1.2. Pozisyonel izomerler

1.9.1.3. Fonksiyonel gurup izomerleri

1.9.2. Stereoizomerler

1.9.2.1. Optik izomerizm

1.9.2.2. Geometrik izomerizm (diastereoizomerizm)

2. BASİT OKSİJENLİ ORGANİK BİLEŞİKLER

2.1. Alkoller

2.1.1. Alkollerin adlandırması

2.1.2. Alkollerin fiziksel ve kimyasal özellikleri

2.1.3. Fenoller

2.2. Eterler

2.3. Karbonil guruplu bileşikler

2.3.1. Aldehit ve ketonlar

2.3.2. Kinonlar

2.4.3. Karboksilli asitler

2.4.3.1. Karboksilik asit türevleri

2.4.3.2. Karboksilik asitlerin fiziksel özellikleri

2.4.3.3. Karboksilli asitlerin kimyasal özellikleri

2.4.3.4. Karboksilik asitlerin verdikleri reaksiyonlar

2.4.4. Esterler

2.4.4.1 Esterlerin fiziksel ve kimyasal özellikleri

2.4.4.2 Karboksilik asit anhidritler

2.4.4.3. Karboksilik asit anhidritlerin elde edilmesi

2.4.4.4. Karboksilik asit anhidritlerin fiziksel ve kimyasal özellikleri

3. BASİT SÜLFÜR BİLEŞİKLERİ

3.1. Tiyoller (merkaptanlar)

3.2. Sülfürler

3.3. Disülfitler

3.4. Sülfür bileşiklerinde nükleofilik yapı

3.5. Kükürtlü bileşiklerin oksidasyon bölgeleri

3.6. Oksijenli organik bileşiklerin kükürt anologları

3.7. Okside organik kükürt bileşikleri

4. BASİT ORGANİK AZOT BİLEŞİKLERİ

4.1. Aminler

4.1.1. Aminlerin fiziksel ve kimyasal özellikleri

4.2. Amitler

4.2.1. Amitlerin fiziksel ve kimyasal özellikleri

4.2.2. Poliamitler

4.3. İmitler

4.4. Nitriller

5. KARBONHİDRATLAR

5.1. Karbonhidratların sınıflandırılması

5.2. Karbonhidratların moleküler yapıları

5.3. Karbonhidratların fiziksel ve kimyasal özellikleri

5.4. Monosakkaritler

5.5. Monosakkaritlerin türevleri

5.5.1. Deoksi şekerler

5.5.2. Amino Şekerler

5.6. Disakkaridler

5.7. Oligosakkaritler

5.8. Polisakkaritler

5.8.1. Homopolisakkaritler

5.8.2. Heteropolisakkaritler (glikozaminoglikanlar)

6. LİPİTLER

6.1. Basit lipitler

6.1.1. Yağlar

6.1.2. Omega yağ asitleri

6.1.3. Mumlar

6.2. Bileşik lipitler

6.2.1. Gliserofosfolipitler

6.2.2. Sfingolipitler (sfingofosfolipitler)

6.2.3. Glikosfingolipitler

6.3. Türev lipitler:

6.3.1. Yağda çözünür vitaminler (Bakınız, vitaminler )

6.3.2. Lipit türevi hormonlar (Bakınız, hormonlar)

6.3.3. Prostanoitler (prostanoids)

6.3.3.1. Prostoglandinler:

6.3.3.2. Tromboksanlar (Thromboxanes)

6.3.3.3. Lökotrienler ( Leukotrienes)

6.4. İzoprenoidler (Isoprenoids):

7. AMİNO ASİTLER

7.1. Amino asitlerin sınıflandırılması

7.2. Amino asitlerin fiziksel ve kimyasal özellikleri

7.2.1. Amino Asitlerin Optik Özellikleri

7.2.2. Amino asitlerin kimyasal özellikleri

7.3. Yüksek canlılarda görülen amino asitler

7.3.1. Alanin

7.3.2. β-Alanin

7.3.3 Arginin

7.3.4.Asparajin

7.3.5. Aspartik asit

7.3.6. Fenilalanin

7.3.7. Glisin

7.3.8. Glutamik asit

7.3.9. Glutamin

7.3.10. Histidin

7.3.11. Lizin

7.3.12. Hidroksilizin

7.3.13. Lösin

7.3.14. İzolösin

7.3.15. Metiyonin

7.3.16. Prolin

7.3.17. Hidroksiprolin

7.3.18. Serin

7.3.19. Sistein

7.3.20. Sistin

7.3.21. Sitrulin

7.3.22. Tirozin

7.3.23. Treonin

7.3.24. Triptofan

7.3.25. Valin

7.4. Standart olmayan amino asitler

8. PROTEİNLER

8.2. Protein moleküllerinin yapısı

8.3. Proteinlerin sınıflandırılması

9. VİTAMİNLER

9.1. Vitaminlerin tarihçesi

9.2. Suda erir vitaminler

9.2.1. Tiamin (B1)

9.2.2. Riboflavin (B2)

9.2.3. Niasin (B3)

9.2.4. Pantotenik asit (B5)

9.2.5. Vitamin (B6)

9.2.6. Biotin (B8)

9.2.7. Folik asit (B9)

9.2.8. Vitamin B12 (Kobalamin)

9.2.9. Kolin (B7)

9.2.10. İnozitol

9.2.11. Lipoik Asit

9.2.12. Vitamin C

9.3. Yağda erir vitaminler

9.3.1. Vitamin A

9.3.2. Vitamin D

9.3.3. Vitamin E

9.3.4. Vitamin K

9.4. İnsan dışındaki canlılarda vitamin etkili organik bileşikler

9.5. Yalancı vitaminler

10. HORMONLAR

10.1. Hormonların tarihçesi

10.2. Hormon tanımı

10.3. Hormonların üretildiği başlıca doku ya da Organlar

10.4. Hücrede sinyal iletimi(Cell Signaling)

10.5. Amino asit türevi hormonlar

10.5.1. Melatonin

10.5.2. Serotonin

10.5.3. Tiroksin(T4) ve Triiyodotironin (T3)

10.5.3. Kateşolaminler

10.5.4. Adrenerjik reseptörler ve etki mekanizması

10.5.5. Epinefrin (Adrenalin)

10.5.6. Norepinefrin

10.5.7. Levodopa (L-DOPA)

10.5.8. Dopamin

10.5.9. Dobutamin

10.5.10. Metanefrin

10.5.11. Vanilil mandelik asit

10.6. Protein yapıda hormonlar

10.6.1. Anti-Müllerian hormon

10.6.2. Adiponektin

10.6.3. Adrenokortikortropik hormon

10.6.4. Anjiyotensinojen-anjiyotensin

10.6.5. Renin

10.6.6. Antidiuretik Hormon

10.6.7. Atrial natriüretik faktör

10.6.8. Büyüme hormonu

10.6.9. Büyüme hormonu-salgılattıran hormon

10.6.10. Eritropoietin

10.6.11. Follikül-stimüle eden hormon

10.6.12. Gastrin

10.6.13. Glukagon

10.6.14. Gondotropin-salgılattıran hormon

10.6.15. Grilin

10.6.16. İnhibin

10.6.17. İnsan koryonik gonadotropini

10.6.18. İnsülin

10.6.19. İnsülin-benzeri büyüme faktörü

10.6.20. Kalsitonin

10.6.21. Kolesistokinin

10.6.22. Kortikotropin-salgılattıran hormon

10.6.23. Leptin

10.6.24. Luteinleyici hormon

10.6.25. Melanosit-stimule eden hormon

10.6.26. Nöropeptit Y

10.6.27. Obestatin

10.6.28. Oksitosin

10.6.29. Parathormon

10.6.30. Prolaktin

10.6.31. Relaksin

10.6.32. Resistin

10.6.33. Sekretin

10.6.34. Somatostatin

10.6.35. Trombopoietin

10.6.36. Tirotropin (tiroit stimule edici hormon)

10.6.37. Tirotropin-salgılattıran hormon

10.6.38. Vasküler Endotelial büyüme faktörü

10.7. Steroit hormonlar

10.7.1. Steroit hormonların genel sentez yolları

10.7.2. Steroit hormon reseptörleri

10.7.3. Adrenal korteks steroitleri

10.7.4. Adrenal steroitlerin sentezinin düzenlenmesi

10.7.5. Kortizol

10.7.6. Kortikosteron

10.7.7. Kortizon

10.7.8. Mineralokortikoitler

10.7.8. Aldosteron

10.7.9. Seks steroitleri

10.7.10. Androjenler

10.7.11. Testosteron

10.7.12. Dehidroepiandrosteron

10.7.13. Dehidroepiandrosteron sülfat

10.7.14. Anabolik steroitler

10.7.15. Estrojenler

10.7.16. Dietilstilbestrol

10.7.17. Projesteron

10.7.18. Prostajenler

10.7.19. 17-Hidroksiprogesteron

10.7.20. Drospirenon

10.7.21. Didrojesteron

10.7.22. Projestin

10.7.23. Prometrium

10.8. Sterol hormonlar

10.9. Lipit ve fosfolipit hormonlar (aykozaenoitler) (eicosanoids)

10.9.1. Prostoglandinler

10.9.2. Lökotrienler

10.9.3. Prostasiklinler

10.9.4. Tromboksanlar

10.10. Bitkisel hormonlar (bitki büyüme düzenleyicileri)

10.10.1. Oksinler

10.10.2. Sitokininler

10.10.3. Etilen

10.10.4. Abssisik asit

10.10.5. Gibberellinler

10.10.6. Bitkilerde büyüme regülatörleri

10.10.7. Jasmonatlar ve jasmonik asit

10.10.8. Oligosakkarinler

11. BİLGİ MOLEKÜLLERİ

11.1. DNA

11.2. RNA