Ulu Öndər Heydər Əliyevin Fərmanı ilə 21 iyun 2001-ci ildə Azərbaycan Respublikası Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsi yaradıldıqdan sonra ölkədə dövlət-din münasibətlərində yeni mərhələ başladı. Dini etiqad azadlığı ilə bağlı qanunvericilik aktlarının tələblərinə riayət olunması, dini icmaların qeydiyyata alınması, dini qurumların və təhsil müəssisələrinin fəaliyyətinin tənzimlənməsi səlahiyyəti Dövlət Komitəsinə həvalə olundu. Dini etiqad azadlığının təmin olunmasına, icmaların dini ayin və mərasimləri sərbəst yerinə yetirməsinə, milli-mənəvi dəyərlərin təbliğinə və tolerantlıq ənənələrinin gücləndirilməsinə diqqət artırıldı. Azərbaycan hökuməti bütün dinlərin nümayəndələrinə dini ayin və mərasimləri sərbəst yerinə yetirmək üçün bərabər imkanlar yaratdı, onların fəaliyyətinə əsassız müdaxilələrin qarşısını aldı, radikal qruplaşmaların fəaliyyətinə nəzarəti gücləndirdi. Ölkənin iqtisadi imkanları genişləndikcə müxtəlif din və məzhəblərin nümayəndələrinə qayğı və diqqət daha da artırıldı, onların problemlərini həll etmək Azərbaycan hökumətinin din siyasətinin prioritet istiqamətlərindən birinə çevrildi. Hazırda qloballaşma prosesinin sürətləndiyi, xarici təsirlərin artdığı mürəkkəb beynəlxalq şəraitdə dinlərarası qarşılıqlı anlaşma, hörmət prinsiplərinin qorunub saxlanılması və dindən siyasi məqsədlər naminə istifadənin qarşısının alınması üçün sağlam dini maarifləndirmənin aparılması xüsusi əhəmiyyət kəsb edir. Odur ki, Azərbaycan hökuməti sabitliyin qorunması məqsədilə dini vəziyyəti daim nəzarətdə saxlayır, radikallıq və ekstremizm meyillərinin qarşısının alınması habelə, sağlam dini maarifləndirmənin aparılması istiqamətində səylərini daha da gücləndirir. Dini təbliğatın təəssübkeşlik, dini dözümsüzlük ideyalarının təsiri altında aparılmasının ölkədə din sahəsində yaranmış sabitliyin pozulmasına gətirib çıxara biləcəyi nəzərə alınaraq, bu iş milli dövlətçilik konsepsiyasına uyğun həyata keçirilir. 2015-ci ilin dekabr ayında Azərbaycanda “Dini ekstremizmə qarşı mübarizə haqqında Qanun qəbul edilmişdir. Bu Qanunun qəbul edilməsi milli, sosial və ya dini nifrətin salınmasının, milli ləyaqətin alçaldılmasının, milli, irqi, sosial və ya dini mənsubiyyətindən asılı olaraq vətəndaşların hüquqlarının məhdudlaşdırılmasının və ya üstünlüklərinin müəyyən edilməsinə yönələn hərəkətlərin törədilməsinin qarşısının alınmasına ciddi töhfələr vermişdir. Ekstremizmə qarşı mübarizənin gücləndiriməsi və radikallıq meyllərinin qarşısının alınması ilə bağlı müddəalar Azərbaycan Respublikasının Qanunlarında da öz əksini tapmışdır. Azərbaycan Respublikasının Cinayət Məcəlləsinin 12.1, 279.1-ci (Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə nəzərdə tutulmayan silahlı birləşmələr və ya qruplar yaratma, eləcə də onların yaradılmasında və fəaliyyətində iştirak etmə, onları silahla, döyüş sursatı ilə, partlayıcı maddələrlə,hərbi texnika ilə, yaxud əsgəri ləvazimatla təchiz etmə), 28, 283-1.3-cü və 283-1.3-cü (Azərbaycan Respublikası vətəndaşlarını və ya Azərbaycan Respublikasında daimi yaşayan vətəndaşlığı olmayan şəxsləri dini məzhəbləri yaymaq, dini ayinlərin icrası adı altında,
yaxud dini düşmənçilik zəminində Azərbaycan Respublikasının hüdudlarından kənarda aparılan silahlı münaqişələrə cəlb etmə, yaxud bu məqsədlə döyüş təlimləri keçmə, yaxud həmin məqsədlə fəaliyyət göstərən sabit qrup yaratma və ya belə qrupa rəhbərlik etmə, eləcə də həmin qruplarda, təlimlərdə və ya silahlı münaqişələrdə iştirak etmə, yaxud bu ağır cinayətlərə hazırlıq) maddələri ekstremizmə qarşı mübarizədə xüsusi əhəmiyyətə malikdir. İndiyədək dövlət-din münasibətləri sahəsində fəaliyyət göstərən sturukturların formalaşdırılması və onların işinin koordinasiya olunması istiqamətində də ciddi və əhəmiyyətli qərarlar qəbul olunub. Bu baxımdan Azərbaycan Respublikası Prezidentinin millətlərarası münasibətlər, multikulturalizm və dini məsələlər üzrə köməkçisi xidmətinin, eləcə də Bakı Beynəlxalq Multikulturalizm Mərkəzinin yaradılması xüsusi qeyd edilməlidir. Azərbaycan Respublikasının Mədəniyyət və Turizm Nazirliyi və Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin fəaliyyəti ilə yanaşı, qeyd olunan rəsmi qurumların yaradılması və bu prosesə cəlb edilməsi Azərbaycan hökumətinin tolerantlıq, multikulturalizm, mədəniyyətlər və dinlərarası dialoq sahəsində hədəflərinə doğru irəliləməsini daha da sürətləndirir. Şübhəsiz ki, bu sahədə önəmli və prinsipial qərarlardan biri də ölkə Prezidentinin 2016-cı ili respublikamızda “Multikulturalizm ili” elan etməsi və bununla əlaqədar Tədbirlər Planını təsdiqləməsidir. Bu, istər dövlət-din münasibətləri, istərsə də multikuturalizm sahəsində yeni bir mərhələnin başlanğıcı deməkdir. 2017-ci il Azərbaycanda “İslam Həmrəyliyi İli” elan edilmişdir. Bu öz növbəsində Azərbaycanın islam həmrəyliyinə verdiyi önəmin və dəstəyin göstəricisidir. Bu il çərçivəsində Azərbaycanda və xaricdə bir sıra tədbirlərin keçirilməsinə başlanmışdır. Ümummili Lider Heydər Əliyevin əsasını qoyduğu din siyasəti və onun tərkib hissəsi kimi tarixi dini abidələrin – məscid, kilsə, sinaqoqların bərpası, milli-mənəvi dəyərlərimizin, tolerantlıq ənənələrimizin təbliği və təşviqi, zəngin mədəni irsimizin beynəlxalq aləmdə tanıdılması Ulu Öndərə layiq şəkildə həm də Heydər Əliyev Fondu tərəfindən həyata keçirilir. Azərbaycan Respublikasının Birinci vitse-prezidenti, Heydər Əliyev Fondunun prezidenti, UNESKO-nun və İSESKO-nun Xoşməramlı səfiri Mehriban Əliyevanın rəhbərlik etdiyi Heydər Əliyev Fondu qısa vaxtda məscidlərin, ziyarətgahların, xristian və iudaizm məbədlərinin tikintisi və bərpasında, Azərbaycan həqiqətlərinin, o cümlədən ölkəmizdəki dini və milli dözümlülük ənənələrinin beynəlxalq aləmdə tanıdılmasında böyük uğurlara imza atıb. Ulu Öndərin apardığı uğurlu din siyasəti nəticəsində qorunub saxanılmış tolerantlıq ənənələri, bərpa edilmiş tarixi-dini, memarlıq abidələrimiz, xalqımızın zəngin incəsənəti, ədəbiyyatı bizim dünya mədəniyyətinə ən böyük töhfəmiz, gələcək nəsillər üçünsə ən dəyərli mirasımızdır. Heç şübhə yoxdur ki, Azərbaycan xalqı bu mirasın sahibi, Heydər Əliyev onun qorucusu, Heydər Əliyev Fondu isə himayədarı və təbliğatçısı kimi tarixdə qalacaqdır.
Ölkəmizdə dövlət-din münasibətlərinin tənzimlənməsinə və sabitliyin qorunmasına Qafqaz Müsəlmanları İdarəsi (QMİ) də öz töhfəsini verir. Dövlətin həyata keçirdiyi din siyasətində QMİ xüsusi rola və çəkiyə malikdir. İdarə ilə Azərbaycanda fəaliyyət göstərən digər dinlərin nümayəndələri arasında münasibətlər qarşılıqlı anlaşma və etimada söykənir. Onlar ölkəmizin müstəqilliyinin qorunması və möhkəmləndirilməsi işində fəal iştirak edirlər. Bu münasibətlərin yüksək olması baxımından Azərbaycan bu gün bir çox dünya ölkələri üçün örnək rolunu oynayır.