194-guruh tolibi Madaminov Sulaymonning Bioinformatika fanidan

II BOB. ASOSIY QISM
2.1. SWISS-PROT protein ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi va uning qo'shimchasi TreEMBL

Universal Protein Resurs ( UniProt ) tarkibiga Shveytsariya bioinformatika instituti ( SIB ), Yevropa bioinformatika instituti ( EBI ) va oqsil axborot resursi (PIR) kiradi. Uning asosiy maqsadi ilmiy hamjamiyatni oqsil ketma-ketligi va funktsional ma'lumotlar uchun markaziy manba bilan ta'minlashdir.

1. Swiss-Prot va TrEMBL
SWISS-PROT - batafsil izohlarni o'z ichiga olgan oqsil ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. U 1986 yilda tashkil etilgan va Jeneva universitetining tibbiy biokimyo kafedrasi va 1987 yildan beri EMBL ma'lumotlar kutubxonasi (hozirgi EBI) tomonidan birgalikda yuritiladi. Ma'lumotlar bazasi hozirda UniProt ma'lumotlar bazasiga birlashtirilgan.
UniProt ma'lumotlar bazasi (UniProtKB) ikki qismdan iborat: UniProtKB/SWISS-PROT va UniProtKB/TrEMBL oqsil ketma-ketligi bo'yicha keng qamrovli bilimlar bazasi.
1.1 Ko'rib chiqilgan (Swiss-Prot) - Qo'lda izohlangan
SWISS-PROT ma'lumotlar bazasidagi barcha ketma-ketlik yozuvlari tajribali molekulyar biologlar va oqsil kimyogarlari tomonidan kompyuter asboblari va tegishli adabiyotlar orqali sinchkovlik bilan tekshiriladi.
1.2 Ko'rib chiqilmagan (TrEMBL) - Hisoblash orqali tahlil qilingan
TrEMBL - bu SWISS-PROT protein ketma-ketligi ma'lumotlar bazasining yordamchi ma'lumotlar bazasi bo'lgan kompyuter izohli proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. Ushbu ma'lumotlar bazasi SWISS-PROT ma'lumotlar bazasiga kiritilmagan EMBL nuklein kislotalari ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidagi barcha kodlash ketma-ketliklarining (CDS) tarjima mazmunini o'z ichiga oladi.
SWISS-PROT va TrEMBL yozuvlarining umumiy tuzilishi va qidirish rejimi izchil. Asosiy farq shundaki, TrEMBL ma'lumotlari "Preliminary", lekin SWISS-PROT ma'lumotlari "standart".
2. Shveytsariya-PROTning asosiy holati
2001 yil oxiriga kelib, ma'lumotlar bazasida jami 102 708 ketma-ketlik ma'lumotlari, shu jumladan 37 803 202 aminokislotalar mavjud edi.
Adabiyotlarga kelsak, SWISS-PROT ma'lumotlar bazasining mavjud ketma-ketlik ma'lumotlari 1202 ta jurnalda 92 845 ta maqolani o'z ichiga oladi. 100 dan ortiq adabiyotlarda 91 ta jurnaldan iqtibos keltiriladi, ulardan 20 ta eng yaxshi jurnallar 1000 martadan koʻproq havola qilingan. Ushbu jurnallar oqsillar ketma-ketligi bilan bog'liq ma'lumotlarni nashr qilish uchun asosiy adabiyot manbai hisoblanadi.
2001 yilda SWISS-PROT guruhi Plant Proteome Annotatsiya dasturini boshladi . Loyihaning maqsadi SWISS-PROT standarti boʻyicha oʻsimlikka xos va oʻsimlik oilasi oqsillarini izohlashdan iborat . Loyihaning hozirgi yo‘nalishi ikki pallalilar (Arabidopsis thaliana) va bir pallalilar (Oryza sativa) proteomalarini qo‘lda izohlashdan iborat.
3. SWISS-PROT ning xususiyatlari
Boshqa protein ma'lumotlar bazalari bilan solishtirganda, SWISS-PROT ma'lumotlar bazasi boshqa proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalaridan uch xil standartda farq qiladi:
Izoh . SWISS-PROT ma'lumotlar bazasi EMBL nuklein kislotalari ketma-ketligi ma'lumotlar bazasida sinchkovlik bilan tekshirilgan va aniq izohlangan oqsil ketma-ketliklarini o'z ichiga oladi.
Minimal ortiqcha . SWISS-PROT da ortiqcha ketma-ketliklar minimallashtiriladi.
Boshqa ma'lumotlar bazalari bilan integratsiya . SWISS-PROT 30 dan ortiq boshqa ma'lumotlar, jumladan nuklein kislotalar ketma-ketligi kutubxonalari, oqsillar ketma-ketligi kutubxonalari va oqsil tuzilishi kutubxonalari bilan o'zaro bog'langan.
3.1 Izoh
SWISS-PROT protein ketma-ketligi haqida batafsil ma'lumot beradi. Izoh oqsil funktsiyasi, oqsillarning translatsiyadan keyingi modifikatsiyasi, domenlar va bog'lanish joylari, ikkilamchi tuzilmalar, to'rtlamchi tuzilmalar va oqsil etishmovchiligi bilan bog'liq kasalliklar haqida ma'lumotni o'z ichiga oladi.
3.2 Minimal ortiqcha
SWISS-PROT-da har bir yozuv iloji boricha ko'proq tegishli adabiyot ma'lumotlarini o'z ichiga oladi va birlashtirilgan. Agar kelishmovchiliklar mavjud bo'lsa, u Xususiyatlar jadvalida ko'rsatilgan.
3.3 Boshqa ma'lumotlar bazalari bilan integratsiya qilish
SWISS-PROT turli xil ma'lumotlar bazalari ma'lumotlar bazalari bilan o'zaro bog'liqliklarni o'rnatadi, masalan, PDB oqsilining uchinchi tuzilmasi kutubxonasi, inson genining Mendel genetik ma'lumotlar bazasi (MIM), oqsil turi va tegishli yozuvlarga bevosita kira oladigan sayt kutubxonasi (PROSITE). boshqa ma'lumotlar bazalarida. Ushbu keng va amaliy ma'lumotlar bazasi tarmog'iga ulanish foydalanuvchilarga bir vaqtning o'zida protein ma'lumotlarining barcha jihatlarini olish imkonini beradi.
4. SWISS-PROT ma'lumotlar bazasidan qanday foydalanish kerak?
1. UniProt bosh sahifasidan to'g'ridan-to'g'ri kirish ( http://www.uniprot ).
2. Internetda Swiss-Prot/TrEMBL ga kirish va ma'lumotlar bazasini olish mumkin bo'lgan bir nechta saytlar mavjud. Uning asosiy saytlari - ExPASy Molekulyar Biologiya veb-sayti ( http://www.expasy.org/ ) va Evropa Bioinformatika Instituti (EBI) veb-sayti ( http://www.ebi.ac.uk/swissprot/ ).
ExpPASy - UniProtKB ning asosiy kirish nuqtalaridan biri. ExPASy-dagi vositalar oqsil tahlilining bir necha jihatlarini, jumladan BLAST qidiruvi, proteomika va ketma-ketlikni tahlil qilish va UniProtKB-da izohlangan barcha qo'shish variantlarini ko'rib chiqish uchun ishlatilishi mumkin. ExPASy tomonidan ishlab chiqilgan aminokislotalar xarakteristikasi jadvalining vizual tasviri foydalanuvchilarga ketma-ketlik xususiyatlarini bir qarashda ko'rish imkonini beradi.
5. SWISS-PROT yozuvi nimani o'z ichiga oladi?
SWISS-PROT-dagi har bir yozuv quyidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi: Ma'lum protein ketma-ketligi, havolalar, taksonomik ma'lumotlar, izohlar va boshqalar.
Protein yozuvi jami 14 ta mavzuni o'z ichiga oladi.
Ushbu ma'lumotlar bazasidan kerakli ma'lumotlarni so'rash uchun foydalanishingiz mumkin:
Maqsadli oqsillarning taxalluslari uchun so'rov
Proteinning hujayra osti lokalizatsiyasini so'rang
Proteinlarning translatsiyadan keyingi modifikatsiyalari uchun so'rov
Proteinning aminokislotalar ketma-ketligini so'rang
Proteinning kutilayotgan molekulyar og'irligini so'rang
Turli xil mumkin bo'lgan izoformlar uchun so'rov
Muayyan tarkib quyidagicha:
5.1 Funktsiya
Ushbu qismning mazmuni oqsil funktsiyasi haqidagi biologik bilimdir. Ushbu bo'limda siz oqsillarning biologik funktsiyalari va ular ishtirok etadigan biologik jarayonlar haqida batafsil ma'lumotga ega bo'lasiz. Bu tadqiqot yo'nalishini aniqlashga yordam beradi.

2.1.1-rasm. UniProtKB yozuvining funksiya bo'limi.

Ushbu bo'limning kichik bo'limlari:

Funksiya, katalitik faollik, kofaktorlar, ferment regulyatsiyasi, biofizikaviy va kimyoviy xarakteristikalari va yo'llari haqida umumiy izohlar.
Faol joylar, metall bilan bog'lanish, bog'lanish joylari, saytlar, kaltsiy bilan bog'lanish, rux barmoq izlari va DNK bilan bog'lanishning ketma-ketlik xususiyatlarining grafik ko'rinishi.
Molekula funktsiyasi uchun GO atamasi.
Molekulyar funktsiya, biologik jarayon va ligandlarning kalit so'zlari.
Oila, ferment va yo'l ma'lumotlar bazalariga o'zaro havolalar.
5.2 Ismlar va taksonomiya
Ushbu bo'limda organizmning oqsil nomi, gen nomi va tasnifi tasvirlangan.

2.1.2-rasm. UniProtKB yozuvining nomlar va taksonomiya bo'limi.

5.3 Hujayra osti joylashuvi

Bu erda protein lokalizatsiyasi va topologiyasi haqidagi biologik bilimlar bilan bog'liq ba'zi ma'lumotlar mavjud. U asosan quyidagi tarkibni o'z ichiga oladi:

2.1.3-rasm. UniProtKB yozuvining hujayradan tashqari joylashuv bo'limi.

Hujayra osti lokalizatsiyasi bilan bog'liq umumiy izohlar.

Grafik ko'rinishda transmembran va topologik sohalarning ketma-ketlik xarakteristikalarini tavsiflang.
"Topologiya"da qaysi ketma-ketliklar hujayradan tashqari, qaysilari transmembran va qaysi hujayra ichidagi ekanligini farqlash mumkin! Bu uning turli funktsional segmentlarini o'rganishda ma'lumotnoma sifatida ishlatilishi mumkin!



2.1.4-rasm. UniProtKB yozuvining topologiya bo'limi.

Uyali komponentning GO atamasi. Sariq qo'lda annotatsiyani bildiradi, bu aniqroq; ko'k avtomatik hisoblash tasdiqini ifodalaydi.

Uyali komponent qismi uchun kalit so'zlar.
5.4 Patologiya va biotexnologiya
Kasallikning biologiyasi va oqsil etishmovchiligi bilan bog'liq fenotiplarni bilish.
Ushbu bo'limda quyidagi kichik bo'lim mavjud:
Kirish bilan bog'liq kasallik, tabiiy o'zgarish, allergik xususiyatlar, biotexnologik foydalanish, toksik doza va giyohvand moddalarni iste'mol qilish bo'yicha umumiy izohlar.

2.1.5-rasm. UniProtKB yozuvining Patologiya va biotexnologiya bo'limi.