194-guruh tolibi Madaminov Sulaymonning Bioinformatika fanidan

Mavzuning dolzarbligi: SWISS-PROT 1986 yilda tashkil etilgan va birinchi navbatda protein ketma-ketligi va uning izohi bilan shug'ullanadi (Bairoch va Boeckmann, 1991). Universal protein resurslari konsortsiumi (UniProt) (ilgari Shveytsariya bioinformatika instituti, Shveytsariya va EBI tomonidan yuritilgan) tomonidan boshqariladi va 1988 yildan buyon Jeneva universitetining tibbiy biokimyo bo'limi va EMBL ma'lumotlari tomonidan nazorat qilinadi. Kutubxona (Bairoch va Boeckmann, 1991). Ma'lumotlar bazasi uchta manbadan olingan, ya'ni nukleotidlar ketma-ketligining tarjima qilingan protein ketma-ketligi.EMBL of EMBL, Protein Identification Resource (Protein Sequence Database) va adabiyotlardan. Ortiqcha bo'lmagan va standartlashtirilgan qoidalarga ega bo'lgan protein ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi proteinni tavsiflaydi, uning domen tuzilishini, PTM'larini, variantlarini va boshqalarni bashorat qiladi. Ushbu ma'lumotlar bazasi integratsiyalangan va o'z resurslarini boshqa ma'lumotlar bazalari bilan ham baham ko'radi (Bairoch va Apweiler, 1996 ) . Swiss-Prot uchta asosiy tamoyilga ega: minimal ortiqcha, izohlar va boshqa ma'lumotlar bazalari bilan integratsiya ( Pevsner, 2009 ). U har xil turdagi ketma-ketlikni o'z ichiga oladi ( Bairoch va boshq., 2000 ).
Insonning IFNaD geni 9p22 xromosomasida joylashgan va 189 ta aminokislotadan iborat bitta kodlovchi ekzonni o'z ichiga oladi. Insonning IFNaIII geni ham 9-xromosomada bo'lib , 195 ta aminokislotadan iborat bitta kodlovchi ekzonni o'z ichiga oladi. Sichqoncha IFNal 4-xromosomada joylashgan bo'lib , 189 aminokislotadan iborat bitta ekzonni o'z ichiga oladi. Ushbu genlarning tarjima qilinmagan 3' ketma-ketligi uzunligi o'zgaruvchan. Sichqoncha IFNa uchun aniqlanmagan.
Inson IFNa/ō uchun 24 dan ortiq allel bo'lmagan genlar yoki psevdo-genlar aniqlangan. Ulardan o'n sakkiztasi, jumladan, kamida to'rtta psevdo-gen, IFNa uchun va oltitasi, kamida beshtasi psevdo-genlar, IFNa (II) deb ham ataladigan IFNō uchundir. Yetuk IFNa oqsillari uzunligi asosan 166 aminokislotadan iborat, ammo IFNa2 (IFNaA) 165 aminokislotadan iborat. Yetuk IFNō tarkibida 172 ta aminokislotalar mavjud. Hammasi 23 ta aminokislotadan iborat signal peptidlariga ega. Bu yerda IFNa1 (IFNaD) uchun odatiy IFNa sifatida va IFNō uchun ketma-ketliklar berilgan. Inson IFNa ketma-ketliklarini taqqoslash uchun quyidagi SwissProt ulanish raqamlari jadvaliga qarang. IFNa konsensus ketma-ketligi ref. 10.
Sichqoncha IFNa uchun kamida 12 ta noallel gen yoki psevdo-gen aniqlangan, ulardan 11 tasi klonlangan va biologik faol oqsillar sifatida ifodalangan. Yetuk oqsillarda 166 yoki 167 ta aminokislotalar mavjud bo'lib, sichqoncha IFNa4 dan tashqari, 102 va 108 kodonlar orasida beshta kodon o'chirilishiga ega. Bu erda IFNa1 sichqonchasi misolida keltirilgan.