Albatta, taqsimlangan tizimlarning bir qator kamchiliklari bor.
Murakkablik. Taqsimlangan tizimlar markazlashtirilgan tizimlarga qaraganda ancha murakkab. Umuman olganda, taqsimlangan tizimlarning xususiyatlarini tushunish va baholash, shuningdek, ushbu tizimlarni sinab ko'rish ancha qiyinroq. Misol uchun, bu erda tizimning ishlashi bir protsessorning tezligiga emas, balki tarmoq o'tkazish qobiliyatiga va turli protsessorlarning tezligiga bog'liq. Resurslarni tizimning bir qismidan boshqasiga o'tkazish orqali tizimning ishlashi keskin ta'sir qilishi mumkin.
Xavfsizlik. Odatda tizimga turli xil mashinalardan kirish mumkin, tarmoqdagi xabarlarni ko'rish yoki ushlab turish mumkin. Shuning uchun, taqsimlangan tizimda xavfsizlikni ta'minlash ancha qiyin.