Birinchi bosqichda tadqiq etilayotgan ob’ektning matematik modeli yaratiladi, u qoidaga ko’ra differentsial yoki integrodifferentsial tenglamalar ko’rinishida bo’ladi. Matematik modelni tuzish ko’pincha u yoki bu fan (fizika, kimyo, biologiya, tibbiyot, iqtisodiyot va h.k.) sohalarining mutaxassislari tomonidan bajariladi. Matematiklar yuzaga kelgan matematik vazifalarni echish imkonini baholaydilar va modelni boshlang’ich tadqiqotini o’tkazadilar: masala to’g’ri qo’yilganmi, u echimga egami, u birginami va h.k.larni aniklaydilar.
Ikkinchi bosqichda shakllantirilgan matematik masala yoki hisoblash algoritmini hisoblash usuli ishlab chiqiladi. U algebraik tenglamalar halqalari majmuidan iborat bo’ladi, shular bo’yicha hisoblash olib boriladi va bu formulalarni qo’llash muntazamligini belgilovchi mantiqiy sharoit yuzaga keltiriladi.
Shuni ta’kidlash joizki, ayni bir matematik masalani hal qilish uchun ko’plab hisoblash algoritmlari - yahshi va yomonlari ishlab chiqiladi. Shuning uchun algoritmni samarali hisoblashni ishlab chiqish zarurati yuzaga keladi, buning uchun raqamli hisoblash nazariyasidan foydalaniladi.
Uchinchi bosqichda ishlab chiqilgan hisoblash algoritmini EHMda bajarish dasturi tuziladi.
To’rtinchi bosqich hisoblash eksperimentini bajarish bilan bog’liq. EHM hisoblash jarayonida tadqiqotchini qiziqtirgan har qanday ma’lumotni berish mumkin. Tabiiyki, mazkur ma’lumotni aniqligi matematik modelni ishonchliligi bilan belgilanadi. Shunga ko’ra jiddiy amaliy tadqiqotlarda ba’zan hozirgina tuzilgan dastur bo’yicha to’laqonli hisoblashni o’tkazish darhol boshlanmaydi. Bundan avval dasturni «so’zlash» uchun zarur bo’lgan test hisob-kitoblari o’tkaziladi. Dastlabki hisob-kitoblarni o’tkazishda matematik model testlanadi: o’rganilayotgan ob’ekt, jarayon yoki hodisani u qanchalik yahshi tavsiflaydi, qay darajada haqiqatga yaqinligi aniqlanadi. Buning uchun etarlicha ishonchli o’lchashlar bo’lgan ba’zi nazorat eksperimentlarini «taftishlash» o’tkaziladi. Bunda eksperiment va hisoblash natijalari taqqoslanadi, matematik model aniqlanadi.