Temur sunniy musulmon boʻlgan, ehtimol, Naqshbandiya tasavvufi, Hanafiy mazhabiga mansub boʻlib, u Mavarinnatda nufuzli boʻlgan. Uning bosh rasmiy diniy maslahatchisi va maslahatchisi hanafiy olimi Abdu l-Jabbor Xorazmiy edi. Termizda u Gur-amirda Temur bilan birga dafn etilgan Balxlik rahnamo Sayyid Barakaning ustozi taʼsiriga tushgan edi.
Temur hazrati Ali va Ahli-baytni yuksak qadrlashi bilan mashhur boʻlgan va turli olimlar tomonidan oʻzining "shiaparast" pozitsiyasi bilan eʼtirof etilgan. Biroq u shialarni ham sahobalarning xotiralarini tahqirlaganliklari uchun jazoladi. Temur, shuningdek, sunniylik uzrlari bilan shialarga hujum qilgani, boshqa paytlarda esa sunniylarga diniy sabablarga koʻra hujum qilgani ham eʼtirof etilgan. Aksincha, Temur saljuqiylar sultoni Ahmad Sanjarni Alamutda ismoiliylarga hujum qilgani uchun yuqori baholagan boʻlsa, Temurning oʻzining Anjudandagi ismoiliylarga qilgan hujumi ham xuddi shunday shafqatsiz edi.
Amir Temur Movarounnahrni moʻgʻullar hukmronligidan ozod etib, bu qad. mamlakatda mustaqil davlat barpo etgan boʻlsada, hali mamlakatda barqaror tinchlik oʻrnatilgan emas edi. Bir tomondan ayrim viloyat hokimlari Amir Temur hakimiyatini tan olishdan bosh tortib turgan boʻlsalar, ikkinchi tomondan mamlakatning sharqiy va shim. hududlari notinch edi. Moʻgʻuliston bilan Oq Oʻrda hukmdorlari Fargʻona vodiysining sharqi, Oʻtror, Yassi (Turkiston) va Sayram sh.lariga xavf solib, bu hududlarga tez-tez hujum qilar va aholini talontoroj qilardi. Shuning uchun ham Amir Temur dastlabki yillarda mamlakat sarhadlari xavfsizligini taʼminlashga katta ahamiyat berdi. Isyonchi amirlarga qarshi shafqatsiz kurash olib bordi. 1370-yil kuzi va 1371-yil bahorida amir Zinda Chashmga zarba berib, Shibirgʻon viloyati boʻisundirildi. Balx va Toshkent viloyatlari ham Amir Temur hokimiyatini tan oldilar. Ammo Xorazm Oq Oʻrda hukmdorlariga suyanib, hanuz boʻysunishdan bosh tortib kelardi. Xorazmni Amir Temur Chigʻatoy ulusining ajralmas qismi deb hisoblab, uni oʻz davlatiga koʻshib olish siyosatini tutdi. Ammo bu masala elchilar vositasida tinch yoʻl bilan hal etilmagach, Amir Temur Xorazm hududiga besh marotaba yurish qildi. Birinchi yurishi 1371-yil yoz (iyul)ida Kot shahrini egallash bilan yakunlandi. Amir Temurning 1373-yil bahori va 1375-yil yozida Xorazm tomonga qilgan ikki yurishi natijasiz tugadi. Bu asnoda Oltin Oʻrda xoni Toʻxtamish bilan ittifoq tuzib olgan Xorazm hukmdori Yusuf soʻfi, uning yordamida Amir Temur davlati hududlariga bir necha bor yurish qilib, Qorakoʻl viloyati va Buxoro tumanlarini talon-toroj etdi. Bunday vaziyat shubhasiz, 1379-yilda Amir Temurni toʻrtinchi marotaba Xorazmga qoʻshin tortishga majbur etdi. Lekin, bu yurish ham avvalgilari kabi sulh tuzish bilan tugadi. Biroq shunga qaramay, Yusuf soʻfi ilgari Xorazmning Chigʻatoy ulusiga tegishli boʻlgan jan.-sharqiy (Kot va Xiva sh.lari birga) qismini yana qaytadan bosib oldi. Amir Temur davlatiga nisbatan Yusuf soʻfining tutgan bunday tajovuzkorona siyosati Xorazm ustiga Amir Temurning beshinchi marta yurish qilishiga sabab boʻldi. 1388-yilda Xorazmning poytaxti vayron etilib, uning hududlari Amir Temur davlatiga boʻysundirildi.