Buxoro xonligining tashkiltopishi. 1512 yil Movarounnahr taxtini Ko‘chkunchixon egallagan bo‘lsada, amalda hokimiyat Buxoro hokimi Ubaydullaxon (1505-1533 yillar Buxoro hokimi, 1533-1540 yillarda butun mamlakat hukmdori) qo‘lida edi. Ubaydullaxon o‘z davlati chegarasini Shayboniyxon davridagi sarhadlarda qayta tiklashga harakat qildi. Uzoq vaqt qo‘lda saqlashga erisha olmagan bo‘lsa-da, Hirotni ishg‘ol etgan, “qizilboshli”larni bir necha marta mag‘lubiyatga uchratgan edi. Ayni paytda u mamlakat ichkarisidagi o‘zaro kurashlar va tarqoqlikka ham barham berdi.
Shayboniylar sulolasi hukmronligi o‘rnatilgan davrdan boshlab ilgarigi davrlarda bo‘lgani kabi Samarqand poytaxt sifatida xon taxtga o‘tqaziladigan joy hisoblangan. U yerda xon sharafiga xutba o‘qitilgan va pul zarb etilgan. Ubaydullaxon (1533-1540) xonlik poytaxtini Samarqanddan Buxoroga ko‘chirtirdi. Ubaydullaxon Buxoroga ota meros mulk deb qarar edi. Chunki Shayboniyxon hayotligidayoq Buxoro hokimligini ukasi – Ubaydullaxonning otasi Mahmud sultonga bergan edi. Q.Rajabov va S.Inoyatovlarning fikricha, shu davrdan shayboniylarning Movarounnahrda tashkil etgan davlati endilikda Buxoro xonligi deb ataladigan bo‘ldi. Ubaydullaxon vafotidan keyin Movarounnahrda merosiy mulk talashish tufayli qo‘shhokimiyatchiliklar, toju taxt talashishlar tufayli rasman Buxoroga bo‘ysunadigan, lekin amalda mustaqil bo‘lgan uchta xonlik – Samarqand (Ko‘chkunchixon avlodlari), Buxoro (Mahmud sulton avlodlari) va Toshkent (Suyunchxoja avlodlari) xonliklari vujudga kelgan edi (jadvalga qarang).
Tez orada boyib ketgan dashtiqipchoqlik zodagonlarda markaziy hokimiyatga nisbatan separatizm kuchaya bordi. Bunga qarshi kurashgan Muhammad Shayboniyxon ayrim mahalliy hukmdorlarining o‘rnini almashtirishga harakat qildi. Biroq bu tadbirlar xon va ayrim sultonlar o‘rtasidagi munosabatlarni chigallashtirib yubordi. Bu jarayon ayniqsa XVI asrning birinchi yarmida yanada avj oldi. Shayboniylar taxtida o‘tirgan Toshkent hokimi Ko‘chkunchixon (1512 – 1529)1, Abu Said (1530 – 1533) davrida markaziy hokimiyat kuchli salohiyatga ega emas edi. Shu davrda nufuzli shayboniy sultonlardan biri Shayboniyxonning jiyani Ubaydullaxon bo‘lib, 1533 yilda u davlatning oliy hukmdori darajasiga ko‘tarildi. U davlatni o‘z merosiy mulki Buxorodan turib boshqardi va poytaxt vazifasini bajargan bu shaharning siyosiy, iqtisodiy va madaniy markaz sifatidagi rolini ortirishga katta hissa qo‘shdi. Bu XVI asr muallifining quyidagi so‘zlari bilan ham tasdiqlanadi: “Ubaydullaxon balovu ofatlarni daf’ qiluvchi Buxoro shahri obodonchiligi va qurilishlari uchun ko‘p sa’y-harakatlar ko‘rsatdi”. Hofiz Tanish Buxoriy esa, bu hukmdor haqida yozar ekan “Uning oliy hukmdorlik davrida Movarounnahr, ayniqsa, Buxoro viloyati go‘zal va jozibali” bo‘lib borganligini qayd etadi.
Ubaydullaxon 1537 yili Urganchni egalladi. Xiva xoni Avaneshxon (1525-1538) qo‘shinlari tor-mor keltirilib, xonning o‘zi esa o‘ldirildi. Xonlik hududi to‘rt qismga bo‘lindi. Uning bir qismini Ubaydullaxon o‘z tasarrufiga oldi, qolgan uch qismini esa Hisor, Samarqand va Toshkent hokimlariga bo‘lib berdi. O‘g‘li Abdulazizni Xorazmga noib etib tayinladi2. Biroq bu ahvol uzoq davom etmadi. Avaneshxonning avlodlari Darunga – Dinmuhammadxon huzuriga borib, undan yordam so‘radilar. Dinmuhammadxon 1538 yili adoqli (chovdur) turkmanlar yordamida Urganchni egallab, shaybo- niylarning dorug‘asini o‘ldirdi. Ubaydullaxon yuborgan qo‘shinlar Dinmu- hammadxon tomonidan tor-mor keltirildi.