Farg’ona vodiysi Buxoro xonligi tasarrufida edi. XVIII asr boshlarida Buxoro xonligi ichki kurashlar oqibatida zaiflashadi. Bunday vaziyatdan foydalangan jung’arlar Farg’ona vodiysiga tez-tez bostirib kirib, talon-taroj qila boshladilar. Vaziyat ichki kuchlarni birlashishga, mustaqil davlat tuzishga undamoqda edi. Dastlab Chust yaqinidagi Chodak qishlog’i xo’jalar jamoasi o’z mulklarini mustaqil deb e’lon qildilar. Vodiydagi ming qabilasi oqsoqollari yig’ilishib, Buxoro xonligidan mustaqil davlat tuzishga qaror qilganlar. Ming qabilasi yo’lboshchilaridan biri Shohruhbiy hukmdor (1709-1721) deb e’lon qilinadi. 1710-yilda minglar chodaklik din peshvolari hokimiyatini ag’dardilar va Farg’ona vodiysida hokimiyatni o’z qo’llariga oldilar. Shu tariqa, O’rta Osiyoda keyinchalik Qo’qon xonligi deb atalgan yangi davlat vujudga keldi. Tepaqo’rg’on Shohruhbiyning qarorgohiga aylantirildi. Shohruhbiyning o’g’li Abdurahimbiy (1721-1733) davrida Xo’jand, O’ratepa viloyatlari qo’shib olindi. U Shahrisabz ostonalariga qo’shin tortib bordi va uning hokimi bilan Qo’qonga tobelik haqida bitim tuzishga erishadi. Keyin Samarqandni va Jizzaxni egallaydi. Abdurahimbiy Xo’jandga qaytib kelgach, qattiq betob bo’lib, vafot etadi. Qo’qon xonligi taxtiga uning inisi Abdulkarimbiy o’tiradi (1733-1750). U Eskiqo’rg’on qal’asi yonida hozirgi Qo’qon shahriga asos solib, o’z poytaxtini Tepaqo’rg’ondan Qo’qon shahriga ko’chiradi. Shahar atrofini devor bilan o’ratadi. Erdona hukmronligi davrida (1751-1762) xonlikning qudrati ortdi. U O’sh va O’zganni bo’ysundirdi. Erdona davrida Qo’qon xonligi g’arbda Buxoro, sharqda Xitoy bilan tengma-teng kurash olib bora olgan davlatga aylandi. Biroq hukmronlik davri urushlar bilan o’tdi. Toj-u taxt uchun kurash kuchaydi. Nihoyat, 1763yilda taxtga Abdukarimbiyning nabirasi Norbo’tabiy o’tqazildi (1763-1798). U dastlab Chust va Namangan hokimlarining isyonini bostirdi. Xo’jandni qayta bo’ysundirdi. Manbalarda keltirilgan ma’lumotlarga qaraganda, Norbo’tabiy davrida ekinlardan mo’l hosil olinib, bozorlarda narx-navo arzonlashgan. Mamlakatning qudrati o’sgan, hatto Xitoy imperiyasi Qo’qon xonligini tan olgan. Norbo’tabiy, vafot etgach, taxtga uning o’g’li Olimbek o’tqazildi. Uning davrida (1798-1810) Qo’qonning siyosiy mavqeyi yanada kuchaydi. U Ohangaron vohasini, Toshkent, Chimkent, Sayram va Turkistonni o’ziga bo’ysundirdi. Natijada Rossiya bilan savdo yo’li ochildi. Orenburgga boradigan savdo yo’llari tutashgan joyda xonlikning chegara qal’asi Oqmasjid qurildi. U o’z davlatini 1805-yili rasman Qo’qon xonligi deb e’lon qildi, o’ziga esa "xon" rutbasini oldi va uni rasman Olimxon deb atay boshlashdi. Olimxonning markazlashgan kuchli davlat tuzishga intilayotganligi ayrim qabila boshliqlari orasida keskin norozilik tug’dirdi. Natijada ular Qo’qonda "Olimxon Toshkentda o’ldi" deb mish-mishlar tarqatishadi va uning ukasi Umarbekni xon deb e’lon qiladilar. Olimxon bundan xabar topib, Qo’qonga kelayotganida fitna qurboni bo’ladi. Qo’qon xonligi davlat tuzumiga ko’ra mutlaq monarxiya edi. Davlat boshlig’i xon bo’lib u rasman cheklanmagan huquqqa ega bo’lgan. Xon davlatni hukmron qabila, ruhoniylar, boshqa qabilalarning hukmron tabaqalari, davlat bosbqaruvi amaldorlari va harbiylarga tayanib boshqargan. Tarixchi olim Mahmud Roji o’zining "Turkiston tarixi" kitobida 24 ta katta davlat mansabiga ta’rif bergan. Unga ko’ra, xondan keyingi o’rinda qo’shbegi turgan. U xonning birinchi maslahatchisi bo’lib, ayni paytda katta shaharlardan biriga mustaqil hokim etib ham tayinlangan. Chunonchi, Toshkent shahrini ma’lum bir vaqtda qo’shbegi boshqarganligi manbalarda qayd etilgan.