Shayboniyxon davlatni iqtisodiy va siyosiy jihatdan mustahkamlash yo’lida qator islohotlar o’tkazdi. Birinchidan, u davlat boshqaruvida suyurg’ol tizimini joriy etdi. Ya’ni zabt etilgan hududlarni boshqarish ishini o’z farzandlariga, qarindosh-urug’lariga, birodarlariga, qabila boshliqlari bo’lgan sultonlarga topshirdi. Samarqand poytaxt sifatida xon taxtiga o’tqaziladigan joy hisoblangan. U yerda xon sharafiga xutba o’qitilgan va pul zarb etilgan. Lekin suyurg’ol mulklar markaziy hokimiyatdan mustaqil bo’lishga intilar edilar. Ikkinchidan, mamlakatda yer-suv qaytadan taqsim qilindi. Ko’chmanchi qabila zodagonlari yengilgan mahalliy mulkdorlar mol-mulkini musodara qilish, sotish, egasiz qolgan yerlarni o’zlariniki qilib olish yo’li bilan mulklarini ko’paytirib oldilar. Uchinchidan, mamlakat ichida ijtimoiy hayotni tartibga solishga imkon beruvchi islohot ham o’tkazildi. Keyingi 10 yil ichida soliqlar og’irligidan va mulkdorlar jabr-zulmidan yer-suvlarini tashlab ketgan xo’jaliklar yerlarini ishga tushirish masalasi ko’rib chiqildi. To’rtinchidan, 1507-yilda pul islohoti o’tkazildi. Bunga ko’ra, mamlakatning hamma katta shaharlarida vazni bir xil-5,2 gramm bo’lgan yangi kumush tangalar hamda mis chaqa pullar zarb qilinib, muomalaga chiqarildi. Bu islohot iqtisodiyotni tartibga solish va savdo-sotiqni jonlantirish maqsadida o’tkazilgan edi. Ayni paytda, bu islohot dehqonlarning soliq to’lash imkoniyatini oshirishga, davlat va xon mulkini ko’paytirishga imkon berdi. Shayboniyxon tomonidan amalga oshirilgan bu va boshqa tadbirlar, o’z mohiyatiga ko’ra, markaziy hokimiyatni mustahkamlashga xizmat qilishi zarur edi. Muhammad Shayboniyxon vafotidan so’ng boshlangan o’zaro toj-u taxt kurashlari hamda Eron bosqinchilariga qarshi kurash mamlakat iqtisodiy hayotiga salbiy ta’sir ko’rsatdi. Bu hol, o’z navbatida, pulning qadrsizlanishiga olib kelgan. Natijada, oliy hukmdor Ko’chkinchixon 1515-yilda navbatdagi pul islohotini o’tkazishga majbur bo’lgan. 1527-yilga kelgandagina ahvolning bir maromga tushishiga erishilgan. Shayboniy Abdullaxon II o’tkazgan pul islohoti Buxoro xonligi tarixida muhim ahamiyatga ega voqea bo’lgan. U oltin pul zarb etishni yo’lga qo’ygan va uning tarkibiga qiymati past bo’lgan boshqa ma’danlar aralashtirmasligini qattiq nazorat ostiga olgan. Bu pullar xonlikning butun hududida muomalaga kirdi. Bu hol, o’z navbatida, hokimiyatning yanada markazlashuviga, xazinaga katta daromad tushishiga olib keldi, savdo-sotiq yanada jonlandi. Shayboniylar davrida ham iqtisodiy hayotda sun’iy sug’orish bilan bog’liq muammolarni hal etish ishiga jiddiy e’tibor bilan qaralgan. Bu sulola vakillari Sangzor, Chirchiq, Sirdaryo, Amudaryo, Vaxsh va Murg’ob daryolari imkoniyatlaridan unumli foydalanish choralarini ko’rganlar. Chunonchi, 1502-yilda Shayboniyxon Zarafshon daryosining Oqdaryo va Qoradaryoga ayriladiganjoyida suv ayirg’ichi-ko’prik qurdirgan. Shayboniyxon avlodlari keyinchalik Qashqadaryoning irmoqlaridan Kesh viloyati yerlarini sug’orish uchun 10 dan ortiq kanallar qazitganlar. Sun’iy sug’orish ishlari, ayniqsa, Abdullaxon II davrida keng rivojlangan. Masalan, 1556-1585-yillar oralig’ida Zarafshon daryosida Karmana, Mehtar Qosim, Chahorminor, Jondor suv ayirg’ichlari; Murg’ob vohasida Sangzor, Hovuzixon suv omborlari qurilgan. Bundan tashqari, Sangzor daryosidan Jizzax vohasiga Tuyatortar kanali, Somonjuq dashtini obodonlashtirishga xizmat qilgan Xoja Ka’ab kanali, Afshona kanali, Amudaryodan Chorjo’yga, Murg’obdan Marvga, Vaxshdan uning atrof vohalariga suv chiqarishga imkon beruvchi kanallar qazilgan. Bundan tashqari, Abdullaxon II karvon yo’llarini qayta jonlantirish, sardobalar, karvonsaroylar qurish va ta’mirlashga ahamiyat berdi. 1577-yilda Buxoroda yirik usti berk savdo rastasi-Abdullaxon timi qurildi. Nurota tumanidagi Oqchob yaqinida Beklarsoy darasida joylashgan qadimgi to’g’on qoldiqlari o’rnida ulkan band qurdirdi. Abdullaxon bandi uning ravoqlarini to’g’on tepasida turib ochishi yoki bekitishi mumkin edi. Maqsad esa o’sha atrofdagi bo’z yerlarni sug’orib dehqonchilikni rivojlantirish va yurtni obod qilish edi. Ayni paytda ko’plab mahalliy ahamiyatga ega suv inshootlari ham qurilgan. Bu tadbirlar, o’z navbatida, qishloq xo’jaligi tarmoqlarining rivojlanishini ta’minlagan. Shayboniylar davrida ishlab chiqarish tarmoqlari bo’lgan tikuvchilik, kulolchilik, temirchilik, qurolsozlik, zargarlik, qog’oz va qurilish ashyolarini ishlab chiqarish rivojlangan.