Bu savaş bitmek tükenmek bilmez ve sonuçta bağırsakta kronik iltihabi bir süreç oluşur; bağırsak villüsleri körelerek emilimi ileri derecede bozarlar.
Eğer bu bakteriler kontrol altına alınabilir ve üremeleri engellenirse, yani normal bağırsak florası korunursa glüten entoleransı belki de tümüyle düzelebilir.
Otistik çocuklarda bağırsak florası
Otistik çocukların çoğunda bağırsak florası bozulmuştur.