Bioinformatika fanining rivojlanish tarixi

Hisoblashning ochiq ramkasini izlash.
Molekulyar genetikada ochiq o'qish ramkasi (ORF ) tarjima qilish qobiliyatiga ega bo'lgan o'qish ramkasining bir qismidir. ORF boshlang'ich kodon (odatda AUG) bilan boshlangan va stop kodon (odatda UAA, UAG yoki UGA) bilan tugaydigan kodonlarning doimiy qismidir. Orf ichidagi atg kodi (RNK jihatidan AUG) (mutlaqo birinchi emas) efirga uzatiladigan joyni ko'rsatishi mumkin. Transkripsiyani tugatish sayti ORFDAN so'ng, efirga uzatish kodining orqasida joylashgan . Agar transkriptsiya to'xtash kodonining paydo bo'lishidan oldin to'xtatilsa, efir vaqtida to'liq bo'lmagan protein hosil bo'ladi. Ko'p eksonli eukaryot genlarida intronlar chiqariladi va eksonlar keyinchalik transkripsiyadan so'ng proteinni uzatish uchun yakuniy mrnani olish uchun birlashtiriladi. Gen topish kontekstida, ORF dan start-stop ta'rifi introns stop kodonları o'z ichiga olishi va / yoki kadrlar o'qish o'rtasida siljishlar olib kelishi mumkin , chunki faqat mRNA o'rniga genom DNK bitilgan, shunday qilib, qo'llaniladi. Shu bilan bir qatorda ta'rifda ORF uch marta ko'p bo'lgan va stop kodonlari bilan cheklangan ketma-ketlikdir. Ushbu umumiy ta'rif , shuningdek, boshlang'ich va / yoki stop kodon qabul qilingan ketma-ketliklarda mavjud bo'lmasligi mumkin bo'lgan transkriptomika va / yoki metagenomikalar kontekstida ham foydali bo'lishi mumkin. Bunday ORF to'liq gen emas, balki genning qismlariga mos keladi.Biologik ahamiyatiOchiq o'qish ramkalari (ORF) ko'pincha genlarni prognozlashda yordam beradigan bitta dalil sifatida ishlatiladi. Uzoq ORF ko'pincha boshqa dalillar bilan bir qatorda, nomzod oqsili kodlovchi saytlarni yoki RNKni DNK ketma-ketligida kodlovchi funktsional maydonlarni dastlabki aniqlash uchun ishlatiladi . ORFGA ega bo'lish, albatta, mintaqa har doim efirga uzatilishini anglatmaydi . Misol uchun , tasodifiy yaratilgan DNK ketma-ketligida har bir nukleotidning teng foiziga ega va stop kodon har bir 21 kodon uchun bir marta kutilishi mumkin . Prokaryotlar uchun oddiy genlarni bashorat qilish algoritmi boshlang'ich kodni qidirishi mumkin, undan keyin ochiq o'qish ramkasi bu hududning kodonlaridan foydalanish ma'lum bir tananing kodlash hududlari uchun chastota tavsifiga mos keladigan odatiy oqsilni kodlash uchun etarli.