Dr. Robert A. Edwards, B. Sc. D. Phil

Dr. Robert Edwards. Biosketch

Dr. Robert A. Edwards, B. Sc. D. Phil.

Professor of Computer Science and Biology

Department of Computer Science

GMCS411 

5500 Campanile Drive

San Diego, CA 92182-7720

Tel: [phone]

Fax: [phone]

Email: [e-mail]

Web Site: 

http://edwards.sdsu.edu/research 

 

  

Google Scholar: 

http://scholar.google.com/citations?user=e7fvl1kAAAAJ 

 

  

Curriculo Lattes: 

http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4327547Y9

 

Positions and affiliations

Professor, Department of Computer Science, San Diego State University

Professor, Department of Biology, San Diego State University

Education, Positions, And Employment Experience

Year

Position

2015-

Professor, Department of Computer Science, San Diego State University

2015-

Professor, Department of Biology, San Diego State University

2015

Visiting Scientist, University of Queensland Diamantina Institute

2011-2015

Associate Professor, Department of Computer Science, San Diego State University

2011-2015

Associate Professor, Department of Biology, San Diego State University

2010-2015

Visiting Scholar, Federal University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil

2007-2011

Assistant Professor, Department of Computer Science, San Diego State University

2007-2011

Assistant Professor, Department of Biology, San Diego State University

2007-2015

Visiting Scientist, Argonne National Laboratory, Argonne, IL

2004-

Fellow, Fellowship for Interpretation of Genomes

2004-2007

Adjunct Assistant Professor, Department of Biology, San Diego State University

2005-2007

Adjunct Assistant Professor, Computational Sciences Research Center, San Diego State 

University, San Diego, CA

2004-2008

Adjunct Assistant Professor, The Burnham Institute for Medical Research, San Diego, 

CA

2003-2004

Assistant Facility Manager, University of Tennessee BSL3 Laboratory

2001-2004

Director Bioinformatics, University of Tennessee Medical Resource Center

2001-

Fellow, Center for Microbial Sciences, San Diego, CA

2000-2004

Assistant Professor of Microbiology. Department of Molecular Sciences, University of 

Tennessee Health Sciences Center, Memphis, TN.

1999-2002

Consultant, Integrated Genomics, Inc, Chicago, IL

1997-2000

Postdoctoral Researcher at the University of Illinois. Genetic and pathogenic studies on 

Page 1 of 30

Dr. Robert Edwards. Biosketch

Salmonella enterica serovar Enteritidis

1994-1997

Postdoctoral Researcher at the University of Pennsylvania, Philadelphia. Molecular 

genetic studies on the 987P fimbriae of enterotoxigenic E. coli.

1991-1994

D. Phil. Microbial Genetics. University of Sussex, Brighton, England.

1987-1991

B. Sc. Science and the Environment, De Montfort University, Leicester, England

Professional Activities

Extramural Grants:

2013

NSF CNS 1305112: Computational Metagenomics (PI). $560,934 direct costs.

2013

NSF DEB 1321737. US/Indonesia Workshop on Biodiversity (PI). $62,402 direct costs.

2013

NSF MCB 1330800. Connecting Genotype and Phenotype (PI). $900,000 direct costs.

2013

NSF – TUES Type II: STEMM: Sequencing Technology Education Using Microbial 

Metagenomes (Co-PI) $600,000 direct costs.

2011

USGS – Development of an interface of Prosilica GigE Cameras. $40,000 direct costs. 

2010

Dept. Education – FIPSE-CAPES San Diego-Brazil Consortium on Marine Sciences (PI) 

$250,000 direct costs.

2010

NSF – TUES Type I: Microbes, Metagenomes and Marine Mammals: Enabling the Next 

Generation of Scientists to Enter the Genomic Era (Co-PI) $200,000 direct costs.

2010

NSF DEB 1046413 – Dimensions: Shedding Light on Viral Dark Matter - Genetic, 

Taxonomic, and Functional Diversity of Coral Reef Viromes (Co-PI) $2,999,783 direct costs.

2008

NSF DBI 0850356 – Collaborative Research: PHANTOME: PHage ANnotation TOols and 

Methods (PI) $873,111 direct costs. 

2004

NSF – GE:GenEn: Solar Saltern Extremophage: Genomics and Population Modeling (Co-PI) 

$1,652,581 direct costs.

REU Supplements: (support undergraduate research in my lab):

2014

Supplement to NSF MCB 1330800

2013

Supplement to NSF DEB 1046413

2011

Supplement to NSF DBI 0850356

2010

Supplement to NSF DBI 0850356

National Awards:

2011

Kavli Frontiers Fellow, National Academy of Sciences

Institutional Awards:

2015

San Diego Chapter Sigma Xi Award for Distinguished Achievement

2015

SDSU Outstanding International Scholar

2012

SDSU Most Influential Faculty Member

2009

SDSU Most Influential Faculty Member

2008

SDSU Teacher/Scholar Award

2004

UTHSC Award for Outstanding Teacher in the Graduate Health Sciences Program

Page 2 of 30

Dr. Robert Edwards. Biosketch

Meeting and Workshop Organizer:

2015

Genomics, Metagenomics, and Viromics, Flinders University, Adelaide, Australia

2015

Genomics, Metagenomics, and Viromics, San Diego State University

2015

High performance computing workshop, San Diego State University

2013

Scientific Chair, LIPI-NSF, Workshop on Dimensions of Biodiversity, Cibinong, Indonesia 

2/2013

2002

Microbes: Invisible Invader...Amazing Allies. Public Exhibition. Pink Palace Museum, 

Memphis

2002

UT Bioinformatics Retreat

2000

Salmonella Genome Annotation Meeting, University of Illinois

1999

Advanced Bacterial Genetics Conference for Young Investigators. With Dr. Mike Laird, 

Genentech

Invited Advisor:

2013

ASM Viruses

2012

Gordon and Betty Moore Foundation Marine Microbial Initiative Review

2009

USDA Panel on Metagneomics, Maryland

2007

US/EU Workshop on Marine Genomics. Washington, DC.

2005

US/EU Workshop on Marine Genomics. Bremen, Germany

2005

National Academy of Sciences Panel on Metagenomics, Washington, DC.

2004

NIH review and update of the BMBL Handbook. NIH, Bethesda, Maryland

2003

American Society of Microbiology, Washington, DC

Peer Reviewer (2000-present):

Journals/Books:

AAAS

Genomics

Nucleic Acids Research 

AEM

Infection and Immunity

PeerJ 

ASM Press

Int. J. of Mol. Sci.

PLoS Biology 

Bioinformatics

ISME J

PLoS Genetics 

BioTechniques

J. Bacteriology

PLOS Genetics 

BMC Bioinformatics

Microbial Ecology

PLoS One 

BMC Genomics

Mol. Biol. Evol.

PNAS 

BMC Research Notes

Molecular Microbiology

Res. Microbiology 

Drug Discovery

Nature

TIM 

Env. Microbiology

Nature Methods

Trends in Microbiology 

Genome Research

Nucl. Acids Rev.

Grant Reviews:

Am. Assoc. Advancement of Science

National Science Foundation

American Cancer Society

US Dept. of Agriculture

National Institutes of Health

Dept. of Energy

Member, Professional Societies:

American Society for Microbiology

Page 3 of 30

Dr. Robert Edwards. Biosketch

International Society for Computational Biology

International Committee on the Taxonomy of Viruses, Bacteria and Archaeal Viruses Subcommitee

Society for General Microbiology (UK)

American Association for the Advancement of Science

Sigma Xi

Association of Computing Machinery

Institute of Electrical and Electronic Engineers

Outreach:

2014

Interviewed on Science Friday (broadcast on NPR) about our identification of a novel virus

2013

Particpant in the Line Islands Expedition, Rediscovering the Coral Reefs.

2011

ASM Branch Enhancement Activity Workshop Presenter

2010

Public Lecture on the Line Islands, San Diego Council of Divers

2007

Particpant in the Line Islands Expedition, Rediscovering the Coral Reefs.

2005

Particpant in the Line Islands Expedition, Rediscovering the Coral Reefs

2003

Registered with the FBI and CDC to ship, receive, and handle Select Agents and other 

pathogens

2003

Certified to work in BSL-3 laboratory conditions.

2000

Interviewed on NPR about Salmonella infections.

Peer-Reviewed Publications

Citation metrics

As of January 1

st

, 2016. Updated citation metrics can be found at 

http://scholar.google.com/citations?

user=e7fvl1kAAAAJ 

 

  

All

Last 5 years

Citations

18,358 13,260

h-index

52

47

i10-index

93

88

Journal Manuscripts:

1.

Knowles B, Silveira CB, Bailey BA, Barott K, Cantu A, Cobián-Güemes AG, Coutinho FH, 

Dinsdale E, Felts B, Furby KA, George EE, Green KT, Gregoracci GB, Haas AF, Haggerty 

JM, Hester ER, Hisakawa NG, Kelly LW, Lim YW, Little M, Luque A, McDole-Somera T, 

McNair K, de Oliveira LS5, Quistad SD, Robinett NL, Sala E, Salamon P, Sanchez SE, 

Sandin S, Silva GGZ, Smith J, Sullivan C, Thompson C, Vermeij MJA, Youle M, Young C, 

Zgliczynski B, Brainard R, Edwards RA, Nulton J, Thompson F, Rohwer F. Lytic to 

Temperate Switching of Viral Communities. Nature. March 16th 2016. 

2.

Lopes FAC, Catão ECP, Santana RH, Cabral A de S, Paranhos R, Rangel TP, Rezende CE de, 

Page 4 of 30

Dr. Robert Edwards. Biosketch

Edwards RA, Thompson CC, Thompson FL, Kruger RH. 2016. Microbial Community 

Profile and Water Quality in a Protected Area of the Caatinga Biome. PLoS ONE 

11:e0148296.

3.

Edwards RA, McNair K, Faust K, Raes J, Dutilh BE. 2016. Computational approaches to 

predict bacteriophage–host relationships. FEMS Microbiology Reviews fuv048. Editors 

choice for 2016. Top three most downloaded articles in FEMS Micro. Rev.

4.

Yue M, Han X, Masi LD, Zhu C, Ma X, Zhang J, Wu R, Schmieder R, Kaushik RS, Fraser GP, 

Zhao S, McDermott PF, Weill F-X, Mainil JG, Arze C, Fricke WF, Edwards RA, Brisson 

D, Zhang NR, Rankin SC, Schifferli DM. 2015. Allelic variation contributes to bacterial 

host specificity. Nat Commun 6:8754.

5.

Kryshtafovych A, Moult J, Baslé A, Burgin A, Craig TK, Edwards RA, Fass D, Hartmann MD,

Korycinski M, Lewis RJ, Lorimer D, Lupas AN, Newman J, Peat TS, Piepenbrink KH, 

Prahlad J, van Raaij MJ, Rohwer F, Segall AM, Seguritan V, Sundberg EJ, Singh AK, 

Wilson MA, Schwede T. 2015. Some of the most interesting CASP11 targets through the 

eyes of their authors. Proteins.

6.

Silva GGZ, Green KT, Dutilh BE, Edwards RA. 2015. SUPER-FOCUS: A tool for agile 

functional analysis of shotgun metagenomic data. Bioinformatics btv584.

7.

McNair K, Edwards RA. 2015. GenomePeek—an online tool for prokaryotic genome and 

metagenome analysis. PeerJ 3:e1025. Chosen as one of the top 10 genomics papers in PeerJ

2013-2015.

8.

Meirelles PM, Amado-Filho GM, Pereira-Filho GH, Pinheiro HT, de Moura RL, Joyeux J-C, 

Mazzei EF, Bastos AC, Edwards RA, Dinsdale E, Paranhos R, Santos EO, Iida T, Gotoh K,

Nakamura S, Sawabe T, Rezende CE, Gadelha LMR Jr, Francini-Filho RB, Thompson C, 

Thompson FL. 2015. Baseline Assessment of Mesophotic Reefs of the Vitória-Trindade 

Seamount Chain Based on Water Quality, Microbial Diversity, Benthic Cover and Fish 

Biomass Data. PLoS ONE 10:e0130084.

9.

Navarrete AA, Diniz TR, Braga LPP, Silva GGZ, Franchini JC, Rossetto R, Edwards RA, Tsai 

SM. 2015. Multi-Analytical Approach Reveals Potential Microbial Indicators in Soil for 

Sugarcane Model Systems. PLoS ONE 10:e0129765.

10.

Sanchez SE, Cuevas DA, Rostron JE, Liang TY, Pivaroff CG, Haynes MR, Nulton J, Felts B, 

Bailey BA, Salamon P, Edwards RA, Burgin AB, Segall AM, Rohwer F. 2015. Phage 

Phenomics: Physiological Approaches to Characterize Novel Viral Proteins. Journal of 

Visualized Experiments.

11.

 Matthews TD, Schmieder R, Silva GGZ, Busch J, Cassman N, Dutilh BE, Green D, Matlock B,

Heffernan B, Olsen GJ, Farris Hanna L, Schifferli DM, Maloy S, Dinsdale EA, Edwards 

RA. 2015. Genomic Comparison of the Closely-Related Salmonella enterica Serovars 

Enteritidis, Dublin and Gallinarum. PLoS ONE 10:e0126883.

12.

Adriaenssens EM, Edwards R, Nash JHE, Mahadevan P, Seto D, Ackermann H-W, Lavigne R, 

Kropinski AM. 2015. Integration of genomic and proteomic analyses in the classification of 

the Siphoviridae family. Virology 477:144–154.

13.

Aziz, R.K., Dwivedi, B., Akhter, S., Breitbart, M., and R.A. Edwards 2015. Multidimensional 

metrics for estimating phage abundance, distribution, gene density, and sequence coverage 

in metagenomes . Front. Microbiol. doi: 10.3389/fmicb.2015.00381.

14.

Brettin, T., J.J. Davis, T. Disz, R.A. Edwards, S. Gerdes, G.J. Olsen, R. Olson, R., Overbeek, 

B. Parrello, G.D. Pusch, S. Maulik, J.A. Thomason, R. Stevens, V. Vonstein, A.R. Wattam, 

Page 5 of 30

Dr. Robert Edwards. Biosketch

and F. Xia 2015. RASTtk: A modular and extensible implementation of the RAST algorithm

for building custom annotation pipelines and annotating batches of genomes. Nature Sci. 

Rep. 5. doi: 10.1038/srep08365

15.

Thompson, C.C., Amaral, G.R., Campeão, M., Edwards, R.A., Polz, M.F., Dutilh, B.E., Ussery, 

D.W., Sawabe, T., Swings, J., and Thompson, F.L. 2015. Microbial taxonomy in the post-

genomic era: Rebuilding from scratch? Arch Microbiol 1–12.

16.

G.G.Z. Silva

g

, B E. Dutilh, R A. Edwards. 2014. FORMAL: A model to identify organisms 

present in metagenomes using Monte Carlo Simulation. biorxiv. doi: 

http://dx.doi.org/10.1101/010801

17.

Dutilh BE, Cassman N

g

, McNair K, Sanchez S

g

, Silva GGZ

g

, Boling L

u

, Barr JJ

p

, Speth DR, 

Seguritan V

g

, Aziz RK, Felts B, Dinsdale EA, Mokili JL, Edwards RA. 2014. A highly 

abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal 

metagenomes. Nature Communications 5:4498. 

http://dx.doi.org/10.1038/ncomms5498

 

  

2014 journal impact factor 10.742. Cited by 1

18.

Cuevas, D.

g

, Garza, D., Sanchez, S.

g

, Rostron, J., Henry, C., Vonstein, V., Overbeek, R., Segall, 

A., Rohwer, F., Dinsdale, EA., Edwards RA. 2014. Elucidating genomic gaps using 

phenotypic profiles. F1000Research. 

http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.5140.1

 

  

 (No 

impact factor yet.)

19.

Lim YW

g

, Haas A

p

, Cuevas D

g

, Silva GGZ

g

, Dinsdale E, Lee C, Harkins TT, Rohwer F, 

Edwards RA. Sequencing At Sea: Challenges and Experiences in Ion Torrent Sequencing 

during the 2013 Southern Line Islands Research Expedition. PeerJ 2:e520 

http://dx.doi.org/10.7717/peerj.520

 

  

 (No impact factor yet.) This article was picked as one 

of the PeerJ Top 20 articles for 2014. 

20.

Dutilh BE, Tompson C, Vicente AC, Marin MA, Lee CF, Silva GGZ

g

, Schmieder R, Andrade 

BGN, Chimetto L, Cuevas D, Garza DR, Okeke IN, Aboderin O, Spangler J, Ross T, 

Dinsdale EA, Thompson FL, Harkins TT, Edwards RA. 2014 Comparative genomics of 

274 Vibrio cholerae genomes reveals mobile functions structuring three niche dimensions. 

BMC Genomics 15:654 

http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-15-654

 

  

 2014 journal impact 

factor 4.041

21.

Kelly LW

g

, Williams GJ

p

, Barott KL

p

, Carlson CA, Dinsdale EA, Edwards RA, Haas AF

p

, 

Haynes M, Lim YW

g

, McDole T

g

, Nelson CE

g

, Sala E, Sandin SA, Smith JE, Vermeij MJA, 

Youle M, Rohwer F. 2014. Local genomic adaptation of coral reef-associated microbiomes 

to gradients of natural variability and anthropogenic stressors. Proc. Natl. Acad. Sci. 

111:10227-10232 

http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1403319111

 

  

2014 journal impact factor 

9.809. Cited by 1

22.

Silva GGZ

g 

, Cuevas DA

g 

, Dutilh BE, Edwards RA. 2014. FOCUS: an alignment-free model 

to identify organisms in metagenomes using non-negative least squares. PeerJ 2:e425. (No 

impact factor yet.). 

http://dx.doi.org/10.7717/peerj.425

 

  

Cited by 1

23.

Overbeek R, Olson R, Pusch GD, Olsen GJ, Davis JJ, Disz T, Edwards RA, Gerdes S, Parrello 

B, Shukla M, Vonstein V, Wattam AR, Xia F, Stevens R. 2014. The SEED and the Rapid 

Annotation of microbial genomes using Subsystems Technology (RAST). Nucleic Acids 

Res. 42:D206-14. 

http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt1226

 2014 journal impact factor 8.808. 

Cited by 28

24.

Lim, Y.W., Schmieder, R., Haynes, M., Furlan, M., Matthews, T.D., Whiteson, K., Poole, S.J., 

Hayes, C.S., Low, D.A., Maughan, H., Edwards, R.A., Conrad, D., and F. Rohwer. 2013. 

Page 6 of 30

Dr. Robert Edwards. Biosketch

Mechanistic model of Rothia mucilaginosa adaptation toward persistence in the CF lung, 

based on a genome reconstructed from metagenomic data. PLoS One 8:e64285. 

http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0064285

 2014 journal impact factor 3.534. Cited by 

6 

25.

Lim, YW.

g

, Evangelista, J., Schmieder, R.

g

, Bailey, B., Haynes, M., Furlan, M., Maughan, H., 

Edwards, R., Rohwer, F., and D. Conrad. 2014. Clinical Insights from Metagenomic 

Analysis of Cystic Fibrosis Sputum. J. Clin. Microbiol. 52:425-437. 

http://dx.doi.org/10.1128/JCM.02204-13

 2014 journal impact factor 4.232. Cited by 5

26.

Edwards RA, Haggerty JM

g 

, Cassman N

g 

, Busch JC

g 

, Aguinaldo K

g 

, Chinta S

g 

, Vaughn MH, 

Morey R, Harkins TT, Teiling C, Fredrikson K, Dinsdale EA. 2013. Microbes, 

metagenomes and marine mammals: enabling the next generation of scientist to enter the 

genomic era. BMC Genomics 14:600. 

http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-14-600

 2014 

journal impact factor 4.041. Cited by 1

27.

Silva, G.G.

g

, Dutilh, B.E., Matthews, T.D.

p

, Elkins, K.

u

, Schmieder, R., Dinsdale E.A., and R.A.

Edwards. 2013. Combining de novo and reference-guided assembly with scaffold_builder. 

Source Code for Biology and Medicine 2013, 8:23. 

http://dx.doi.org/10.1186/1751-0473-8-

23

 (No impact factor yet). Cited by 2

28.

Thompson, CC., Chimetto, L.

g

, Edwards, RA., Swings, J., Stackebrandt E., and FL Thompson. 

2013. Microbial genomic taxonomy. BMC Genomics 2013, 14:913 

http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-14-913

 

  

 2014 journal impact factor 4.041. Cited by 6

29.

Thompson, C.C., Silva, G.G.Z., Vieira, N.M., Edwards, R., Vicente, A.C.P., and Thompson, 

F.L. Genomic Taxonomy of the Genus Prochlorococcus. Microbial Ecology 1–11. 

http://dx.doi.org/10.1007/s00248-013-0270-8

 2014 journal impact factor 3.118. Cited by 6

30.

Dinsdale EA, Edwards RA, Bailey B, Tuba I, Akhter S

g

, McNair K, Schmieder R

g

, Apkarian 

N

u

, Creek M

u

, Guan E

u

, Hernandez M

u

, Isaacs K

u

, Peterson C

u

, Regh T

u

, Ponomarenko V. 

2013. Multivariate analysis of functional metagenomes. Front. Genet. 4::41. 

http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2013.0004

 

 1   

 (No impact factor yet). Cited by 8

31.

Dutilh, B.E., Backus, L., Edwards, R.A., Wels, M., Bayjanov, J.R., and S.A.F.T. van Hijum 

2013. Explaining microbial phenotypes on a genomic scale: GWAS for microbes. Brief 

Funct Genomics. 2013 Jul;12(4):366-80. 

http://dx.doi.org/10.1093/bfgp/elt008

 

  

2014 journal 

impact factor 3.427. Cited by 2

32.

Dwivedi, B., Xue, B., Lundin, D., Edwards R.A., and Breitbart, M. 2013. A bioinformatic 

analysis of ribonucleotide reductase genes in phage genomes and metagenomes. BMC 

Evolutionary Biology. 

http://dx.doi.org/10.1186/1471-2148-13-33

 2014 journal impact 

factor 3.407. Cited by 13

33.

Garcia GD, Gregoracci GB, de O Santos E, Meirelles PM, Silva GG, Edwards R.A., Sawabe T,

Gotoh K, Nakamura S, Iida T, de Moura RL, Thompson FL. 2013. Metagenomic Analysis 

of Healthy and White Plague-Affected Mussismilia braziliensis Corals. Microb Ecol. 

65:1076-1086 

http://dx.doi.org/10.1007/s00248-012-0161-4

 

  

 2014 journal impact factor 

3.118. Cited by 13

34.

Frank JA, Lorimer D, Youle M, Witte P, Craig T, Abendroth J, Rohwer F, Edwards R.A., Segall

AM, Burgin AB Jr. 2013. Structure and function of a cyanophage-encoded peptide 

deformylase. ISME J. 

http://dx.doi.org/10.1038/ismej.2013.4

 

   

 2014 journal impact factor 

9.267. Cited by 3

35.

Akhter S

g

, Bailey BA, Salamon P, Aziz RK, Edwards RA. 2013. Applying Shannon’s 

Page 7 of 30

Dr. Robert Edwards. Biosketch

information theory to bacterial and phage genomes and metagenomes. Nature Scientific 

Reports. 3:1033 

http://dx.doi.org/10.1038/srep01033

 

  

 2014 journal impact factor 5.078. 

Cited by 4

36.

Lim YW

g

, Schmieder R

g

, Haynes M, Willner D, Furlan M

g

, Youle M, Abbott K, Edwards R, 

Evangelista J, Conrad D, Rohwer F. 2012. Metagenomics and metatranscriptomics: 

Windows on CF-associated viral and microbial communities. Journal of Cystic Fibrosis. 

http://dx.doi.org/10.1016/j.jcf.2012.07.009

 

  

 2014 journal impact factor 3.82. Cited by 19

37.

Dutilh, B. E., Schmieder, R.

g

, Nulton, J., Felts, B., Salamon, P., Edwards R. A. and J. L. 

Mokili. 2012. Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: 

crAss. Bioinformatics. 

http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bts613

 2014 journal impact 

factor 4.621. Cited by 9.

38.