Ildizlashtirilgan daraxt —ajratilgan cho’qqi –ildizga ega bo’lgan daraxtdir. Ildizlashtirilgan daraxtni orientirlangan graf deb tasavvur qilish mumkin. Chunki unda ildizdan yaproqlarga tomon aniq orientatsiya mavjud. Bunda har tugun pastki qismdagi daraxt yaproqlari uchun javob beradi.
Ildizlashtirilgan daraxt —ajratilgan cho’qqi –ildizga ega bo’lgan daraxtdir. Ildizlashtirilgan daraxtni orientirlangan graf deb tasavvur qilish mumkin. Chunki unda ildizdan yaproqlarga tomon aniq orientatsiya mavjud. Bunda har tugun pastki qismdagi daraxt yaproqlari uchun javob beradi.
Ildizsiz daraxt ildizga ega emas va yaproqlar orasidagi aloqani umumiy ajdod tahminlarisiz ko’rsatib beradi. Evolyutsiya yo’nalishidan ko’ra tugunlar orasidagi aloqani tiklash oson bo’lganligi sababli ildizsiz filogenetik daraxt ko’rib chiqilgan. 2-rasm ildizsiz filogenetik daraxtni aks ettiradi. ILdizsiz filogenetik daraxtni ildizli ko’rinishga o’tkazishda turlarning “tashqi guruxi”ni –bizni qiziqtirgan turlar naboriga yetarlicha yaqin, ammo shu bilan birga aloxida gurux sanaluvchi turlarni qo’llash eng qulay usul xisoblanadi (buning uchun tugunlardan birini ildiz deb e’lon qilish, yoki ildizdan chiquvch novdalardan birini ikkiga bo’lish lozim) . Ammo ba’zan o’rganilayotgan ob’ekt tabiati xaqida yetarlicha ma’lumotga ega bo’lganda ildizning holatini tahmin qilish mumkin bo’ladi.
Ildizli va ildizsiz filogenetik daraxtlar bifurkatsiyali va bifurkatsiyasiz hamda markerlangan va markerlanmagan bo’lishi mumkin. Bifurkatsiyali daraxtda har bir tugunga aniq uchta novda to’g’ri keladi (ildizli daraxt tipida –biri kiruvchi va ikkitasi-chiquvchi novdalardir). Shunga ko’ra bifurkatsiyali daraxtda barcha evolyutsion jarayonlar ajdod turdan teng ikkita avlod kelib chiqishi orqali sodir bo’lgan deb tahmin qiladi. Bifurkatsion bo’lmagan daraxt tuguniga 4 va undan ortiq novdalar yo’nalgan bo’lishi mumkin. Markerlangan daraxt nomga ega yaproqlarni tutsa, markerlanmaganlari shunchaki topologiyani saqlaydi.
Ildizli va ildizsiz filogenetik daraxtlar bifurkatsiyali va bifurkatsiyasiz hamda markerlangan va markerlanmagan bo’lishi mumkin. Bifurkatsiyali daraxtda har bir tugunga aniq uchta novda to’g’ri keladi (ildizli daraxt tipida –biri kiruvchi va ikkitasi-chiquvchi novdalardir). Shunga ko’ra bifurkatsiyali daraxtda barcha evolyutsion jarayonlar ajdod turdan teng ikkita avlod kelib chiqishi orqali sodir bo’lgan deb tahmin qiladi. Bifurkatsion bo’lmagan daraxt tuguniga 4 va undan ortiq novdalar yo’nalgan bo’lishi mumkin. Markerlangan daraxt nomga ega yaproqlarni tutsa, markerlanmaganlari shunchaki topologiyani saqlaydi.
