L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

ClustalW - FASTA dan foydalanilganda ketma-ketliklar http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/ : >SEQUENCE_NAME1 PLUS BOSHQA Izohlar SEQUENCE1 (bir nechta satr bo‘lishi mumkin) >SEQUENCE_NAME2 PLUS BOSHQA Izohlar SEQUENCE2 (bir nechta qator bo‘lishi mumkin) ) bir nechta qatorlar)
>SEQUENCE_NAMEn PLUS BOShQA ISHLAB CHIQARISH SEQUENCEn (bir nechta qator bo‘lishi mumkin)
Siz ClustalW dan ham foydalanishingiz mumkin mahalliy sifatida buyruq qatori ( UNIX da) yoki Windows uchun ko'plab ilovalar .
a ) ClustalW ni ishga tushiring (mahalliy foydalanishda - parametrlarsiz)
b ) Protein ketma-ketligi turini tanlang .
c ) Fasta formatidagi shaklga ketma-ketliklarni yuklang, fasta faylini diskdan qayta ishlash uchun o'tkazing ( Yuklab olish maydoni ).
d ) Sekin / Tez kalitni Sekin -to'liq nozik MSA ga o'rnating .
e ) Natijalarni tegishli katakchani belgilash orqali elektron pochta orqali olishingiz yoki ochilgan veb-sahifada ko'rishingiz mumkin.
Laboratoriya oxirida taqdim etilgan globinlar oilasiga tegishli protein ketma-ketliklaridan foydalaning (ro'yxat yoki fasta fayli sifatida).
Konsensus belgilari:
Olingan tekislash ketma-ketlikning har bir bloki ostida har bir ustundagi belgilarning saqlanish darajasini ko'rsatadigan quyidagi belgilarni o'z ichiga oladi:
* - bu ustundagi barcha aminokislotalar/nukleotidlar barcha ketma-ketlikda bir xil;
: - konservativ almashtirishlar mavjud (sahifadagi ranglar jadvaliga qarang);
. - yarim konservativ almashtirishlar mavjud.
Siz e'tibor berishingiz kerak:
a ) Hizalama fayli (afzal ranglar bilan);
b ) Filogramma va kladogramma (ularning farqiga e'tibor bering);
c ) Jalview muharririda tekislash ( ClustalW natijalari sahifasidan ishga tushirish mumkin http :// www . jalview . org / ).
NCBI ma'lumotlar bazasida topilgan boshqa qiziqarli ketma-ketliklarni moslashtirishingiz mumkin
( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ) va fasta formatida saqlangan . _ _ _ _ _ _ _ _ Masalan:

• 
  agar siz parranda grippi virusi ketma-ketligi bilan qiziqsangiz, H 5 N 1 ni qidiring. OIV uchun OIV-2 ni qidiring;
  
• 
  siz ishlamoqchi bo'lgan ketma-ketliklarni (ma'lumotlar bazalarini) tanlashingiz kerak bo'ladi - bular nukleotid yoki aminokislotalar ketma-ketligi va tegishli ma'lumotlar bazalari;
  
• 
  displey rejimini FASTA ga o'rnating;
  
• 
  ma'lumotlarni matn faylida saqlash;
  
• 
  saqlangan faylni tahrirlang: birinchi qatordagi barcha bo'shliqlarni sharhlar va moslashtirish natijalarida ko'rishni istamaydigan boshqa belgilar bilan olib tashlang va fayldagi har bir ketma-ketlik uchun sharh satrlari noyob ekanligiga ishonch hosil qiling, agar kerak bo'lsa, ushbu qatorlarni tahrirlang. shunday qilib ketma-ketlikni ajratish uchun bo'lishi mumkin.
  

Laboratoriya ishi oxirida - H 5 N 1 ketma-ketligi ularning lokalizatsiyasi, turlari, virusni aniqlash joyi va boshqa ma'lumotlar.
Bundan tashqari, bitta qiziqish ketma-ketligini (masalan, globin) ishlatishingiz va keyin o'xshash ketma-ketliklarni qidirish uchun BLAST -dan foydalanishingiz mumkin. Shundan so'ng, siz ularning hammasini yoki bir qismini (masalan, har xil turlardan) fasta formatida saqlashingiz va olingan faylni MSA uchun ishlatishingiz mumkin .
Explore 2 ClustalW o'quv qo'llanmasini o'zingiz qilishingiz mumkin
( http://www.ebi.ac.uk/2can/tutorials/nucleotide/clustalw.html ) _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ Endi biz kattropomiozin protein genining bir nechta nukleotid ketma-ketligini moslashtirishni ko'rib chiqamiz .
( http://www.biologyonline.org/dictionary/Tropomyosin ) , kirish raqamlari _ _ _ _ _ _ _ _
Quyida keltirilgan: BF 056441 BE 8487196 BF 022813 BF 452255 BG 089808 BG 147728
BI 817778 AF 186109 AF 186110 AF 310722 AF 362886 AF 362887 AF 087679 SSAJ 803 SSAJ 804 Ushbu ketma-ketliklar (laboratoriya oxirida) biz ko'rgan farqlarga qaraganda ko'proq farqlarga ega. Maʼlumotlaringizda hizalanishlarni amalga oshirish orqali boshqa MSA dasturlarini ishlatib koʻring. -T - kofe _ ( http://www.igs.cnrsmrs.fr/Tcoffee/tcoffee _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ cgi / indeks . cgi ) - bu
<30% identifikatsiyaga ega bo'lgan ketma-ketliklar uchun ClustalW ga qaraganda aniqroq moslashtirishni amalga oshiradi . Sekinroq ishlaydi
- mushak ( http://phylogenomics.berkeley.edu/cgibin/muscle/input _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ mushak . py ) - natijalar elektron pochta orqali .
Agar siz EMBOSS paketidan foydalanmoqchi bo'lsangiz :
EMBOSS Hujjatlari http :// emboss manzilida mavjud . manbaforge . net / ; EMBOSS paketi ham onlayn , ham mahalliy foydalanish uchun mavjud.

2. 
   №3 laboratoriyadan o'rganish.
   

EMBOSS to'plamidan suv va moslashtiruvchi dasturlar ikkita ketma-ketlikni mahalliy tekislashni bajaring va ulardagi o'xshash hududlarni toping. ( http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ tekislash #Mahalliy _ hizalama ) Hizalangan ketma-ketliklar turli uzunliklarda bo'lishi mumkin. Mahalliy moslashtirish usullari ma'lumotlar bazasini qidirishda va boshqa holatlarda juda foydali bo'lishi mumkin, masalan, oqsillardagi domenlar kabi kichik o'yinlar uchun eng yaxshi moslikni topish.
Ushbu dasturlardan foydalanib, quyidagi ketma-ketliklarni tekislang. Yaxshi mahalliy moslashuvni topdingizmi?

3. 
   Ketma-ketlikni topish uchun foydali dasturlarni (2-jadval) EBI da topish mumkin asboblar sahifa ( http://www.ebi.ac.uk/Tools/index.html ) _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ Ulardan ba'zilari bilan ishlashga harakat qiling. Ularning ish natijalarini solishtiring. Ular bir xil so'rov/ketma-ketlik uchun bir xilmi? Hisobotlardagi ketma-ketliklar va natijalar\tafsilotlarni topish uchun turli ilovalarning ishlash vaqtini hisoblang. Gomologiya va ketma-ketlikni taqqoslash bo'yicha batafsil onlayn yordam - http :// www . ebi . ac . uk / Asboblar / sss / .
   

10.2-jadval.

Tez 3 http://www.ebi.ac.uk/Tools/ss	Fasta3 yordamida nukleotid va oqsil ma'lumotlar bazasiga nisbatan ketma-ketlik o'xshashligi va homologiyasini qidirish
s/fasta/