5 -son laboratoriya ishiga ilova
Cytochrome P450 laboratoriya ishini bajarish uchun zarur bo'lgan ketma-ketliklar va materiallar :
>1cpt00 >1bvyA0 >1eupA0 >1akd00 >1cmnA0 Globin ketma-ketligi (Beta-zanjir) №5 laboratoriya uchun globin ketma-ketligi №4 laboratoriya bilan bir xil.
Laboratoriya ishi №6. Ochiq o'qish OFRni topish Finder maqsadi:OFR dasturiga kirish FINDER .
Uskunalar: kompyuter sinfi, Internet.
Nazariy material (ish tartibi). (sm.https :// www . ncbi . nlm . nih . gov / orffinder)
O'qish ramkalari uchun qidiruvni oching ORF Finder siz kiritgan DNK ketma-ketligida ochiq o'qish ramkalarini ( ORF ) qidiradi . Dastur har bir ORF diapazonini oqsil tarjimasi bilan birga qaytaradi. ORF dan foydalaning potentsial oqsil kodlash segmentlari uchun yangi ketma-ket DNKni qidirish uchun topuvchi , yangi ishlab chiqilgan SMART yordamida prognoz qilingan oqsilni tekshiring BLAST yoki an'anaviy BLASTP .
Misollar (qiymatlarni belgilash uchun bosing, keyin Yuborish tugmasini bosing):
NC _011604 plazmid pWES- 1 Salmonella ichak ; genetik kod: 11; " ATG " va muqobil boshlash kodonlari; minimal ORF uzunligi : 300 nt
NM_000059 ; genetik kod: 1; boshlang'ich kodoni: " Faqat ATG "; minimal ORF uzunligi : 150 nt
Laboratoriya ishi № 7. Bioinformatikadan matn usullari
Maqsad: Tizim biologiyasi va bioinformatikada matn qazib olish (TM) usullarining ehtiyojlari va afzalliklarini ko'rsatish.
Uskunalar: kompyuter sinfi, Internetga ulanish.
Nazariy material (ish tartibi). TM - katta hajmdagi matnlardan ma'lumot olish usuli. Shubhasiz, bu ma'lumotlar, boshqa narsalar qatorida, foydalanuvchining ehtiyojlariga, uning so'rovlarining to'g'riligiga bog'liq. Tizimli biologiyada organizmni diagramma va diagramma shaklida tasvirlash maqsadlardan biri hisoblanadi. Boshqacha qilib aytganda, organizm genlar va oqsillar kabi ularning asosiy tarkibiy qismlarining o'zaro bog'liqligi tizimi sifatida ifodalanishi kerak. Ushbu munosabatlarning ko'pchiligi tadqiqotchi tomonidan dunyodagi boshqa tadqiqot guruhlaridan mustaqil ravishda kuzatilishi mumkin. Ba'zi munosabatlar tasodifiy topilgan (yoki har qanday) munosabatlarni o'rnatishdan boshqa maqsadda olib borilgan tadqiqotning qo'shimcha mahsuloti bo'lishi mumkin.
Hozircha biz oqsil-oqsil o'zaro ta'sirini ko'rib chiqamiz. Proteinlar genlarni ifodalash mahsulotidir. Har bir oqsil hujayrada o'ziga xos, o'ziga xos funktsiyani bajaradi. Ularni hujayralardagi o'z vazifalarini bajaradigan "aqlli" zarralar deb hisoblash mumkin. Proteinlar bir-biriga bog'lash va, ehtimol, inhibe qilish yoki faollashtirish orqali ta'sir qilishi mumkin. Bu shuni anglatadiki, o'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar tarmoqlar yoki yo'llar hosil qilishi mumkin. Bunday yo'llarni tasniflash mumkin, metabolik, signalizatsiya, transkripsiya va boshqalarga bo'linadi.
Ishning birinchi qismida biz bitta signal yo'lini o'rganamiz. Bu yo'l hujayra bo'linishini tartibga solishda ishtirok etadigan kattaroq yo'llar tarmog'ining kichik bir qismidir. Ushbu signal yo'li buzilganda, hujayra nazoratsiz bo'linishni boshlaydi, bu esa o'z navbatida saratonga olib keladi. Shuning uchun bu yo'l kanserogenez mexanizmlarini tadqiqotchilar uchun juda muhimdir. Ushbu sayohatning turli jihatlarini o'rganish uchun mavjud vositalardan (tibbiy ma'lumotlar bazalari) foydalanamiz.
Ishning ikkinchi qismida biz taniqli TM vositasi - GATE ( http://gate.ac.uk/ ) ga e'tibor qaratamiz. Biologik matnlarda ma'lum atamalarning tan olinishini baholash uchun biz undan (F-skorni hisoblash) foydalanamiz. GATE juda kuchli vosita, ammo biologik matnlar bilan ishlashda u noto'g'ri bo'lishi mumkin. Umumiy maqsadli vosita biotibbiyot matnlari bilan qanchalik yaxshi ishlashini va biologik matnlar, aytaylik, yangiliklar matnlaridan qanchalik farq qilishini tekshiramiz.
Laboratoriyada ishlatiladigan asboblar va dasturlar :
