L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

no	Isolate	Accession no (GenBank, ENTREZ)
Subtype/ animal
	K03454 1 HIV-	1eli D

K02013



2 HIV-

1lai B

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/K02013


1vdv D
M27323


3 HIV-
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M27323
X61240
4 HIV-2..,,-. B
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X61240
M15390



5 HIV-

2 rod A

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M15390
M31113



6 HIV-

2st A

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M31113
L07625



7 HIV-

2uci B
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/L07625

8	SIV^v mac	M19499 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M19499	macaque
9	SIVcpz	X52154 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X52154	chimpanzee
	M58410 ^SIV agm		African green monkey

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/M58410


SIV.,,,
X14307


magabey
11
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/X14307
a ) Ushbu ketma-ketliklarning filogenetik tadqiqini o'tkazing ( ClustalW bo'yicha MSA , Phylipda chiqdi ), A paragrafidagi kabi.
b ) Phylip paketidagi mos ilovalardan foydalanish :

• 
  Dnadist bilan masofa matritsasini qurish (nima uchun?);
  
• 
  Daraxt qurish;
  
• 
  b-bosqichda qurilgan filogenetik daraxtni tasavvur qiling.
  

2. 
   H5N1 ning boshlanishi va evolyutsiyasi
   

UPGMA va Neighbor algoritmidan foydalanib, filogenetik daraxtlarni o'zingiz yarating Turli xil parranda grippi DNK ketma-ketligi uchun qo'shilish (ilovaga qarang). Qurilgan daraxtlardagi farqlarni tushuntiring.

2. 
   Maksimal Parsimony usuli Parsimony ( deputat ) Ushbu mashqda siz Phylip paketidagi Dnapars dasturi yordamida filogenetik daraxtni qayta qurasiz . Oldingi mashqlarda bo'lgani kabi, siz Phylipni o'rnatishingiz mumkin kompyuterga o'tkazing va ushbu dasturni mahalliy sifatida foydalaning ( http :// evolution . genetika . washington . edu / philip / install . html ) yoki funksionallikni ta'minlovchi onlayn xizmatdan foydalaning
   

Phylip ( http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::dnapars ) .
Dnapars haqida ma'lumotnoma -
http:// evolyutsiya. genetik s.Vashington. edu/philip/ doc/dnapars.html.
Muhim : Dnapars faqat qayta qurish uchun ishlatiladi DNK ketma-ketligi uchun MP usuli bilan filogenetik daraxtlar. Protein ketma-ketligi bilan ishlash uchun siz dasturdan foydalanishingiz kerak
Protpars ( http :// mobyle . pasteur . fr / cgibin / portal . py ?# shakllari :: protpars ).
a) Phylip -ni kompyuteringizga o'rnating yoki http :// mobile -ni oching . paster . fr / cgi - bin / portal . py ?# shakllari :: dnapars (onlayn xizmatdan foydalanish uchun keyingi qadamlar berilgan).
b ) Cytb faylidan ketma-ketlikni tekislash sxemasini tuzing . txt (ilovaga qarang) va uni Phylip tomonidan qo'llab-quvvatlanadigan formatda saqlang .
c ) Kiritish maydoniga tekislangan ketma-ketliklarni kiriting.
d ) Standart variantlarni qoldiring va RUN tugmasini bosing . Iltimos amaldagi e-pochta manzilingizni kiriting.
e ) qurilgan daraxtga qarang. Xizmat qanday ma'lumotlarni ko'rsatdi? Ularni tahlil qiling va tushuntiring. Daraxt va tegishli natijalarni saqlang.
f ) Cytb dan ketma-ketlik daraxtini qurish . Phylip yordamida txt (ilova) . va NJ algoritmi . Daraxtni saqlang. Filogenetik daraxtlarni solishtiring.
g ) Daraxt maydonida faylni tanlash ko'rinishi bilan arxeopteriks . Qurilgan daraxtlarni solishtiring. Bu daraxt ClustalW bilan olingan daraxtga o'xshaydimi ?
h ) Bootstrap tahlili.

• 
  ClustalW-ni oching ( http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/ )
  
• 
  Kirish oynasiga cytb dan ketma-ketlikni qo'ying . txt (ilova)
  
• 
  Bootstrap maydonida " ON " ni belgilang.
  
• 
  Yuborish-ni bosing.
  
• 
  Hizalama faylini saqlang *. aln .
  
• 
  philip paketida tanlang bo'limi Filogenez - daraxt analizator va qurilgan hizalama va yuklash qiymatlarini tahlil qiling.
  

№9 laboratoriya uchun ilovalar
Globin Ketma- ketliklar ( Beta - zanjir )
Ushbu laboratoriya uchun №4 laboratoriyadagi globin ketma-ketliklaridan foydalaning.