L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

xil bo'lmagan yoki turli belgilar mos kelmasligi bilan bir xil ustunlarga joylashtiriladi yoki ikkinchi ketma-ketlikda ularning qarshisida bo'shliqlar qo'yiladi.
Misol tariqasida ikkita qatorni olaylik:

1. 
   abcde
   
2. 
   acdef
   

Mantiqiy moslashtirish quyidagicha ko'rinadi:
abcde-a-cdef
Optimal (yoki eng yaxshi) hizalanishni topish uchun hizalanish sifati mezonini aniqlash kerak . Shunday qilib, gctgaacg va ctataatc nukleotidlar ketma-ketligi uchun quyidagi hizalanishlar mumkin:
Axborotsiz tekislash
gctgaacg ctataatc
Bo'shliqsiz tekislash gctgaacgctataatc
Bo'shliqlarni tekislash
gctga-a--cg --ct-ataatc
Yana bir tekislash
gctg-aa-cg -ctataatc-
Intuitiv ravishda, oxirgi hizalanish eng yaxshi ko'rinadi, chunki u ikkita ketma-ketlikda nukleotidlar uchun maksimal mos keladigan sonni hosil qiladi va minimal kiritish sonini ishlatadi .
Bu barcha mumkin bo'lgan eng yaxshimi yoki yo'qligini aniqlash uchun barcha mumkin bo'lgan tekislashlarni muntazam ravishda tekshirish usuliga ega bo'lish , miqdoriy mezonga ("vazn" ("vazn") yoki ball ("bal") ega bo'lish kerak. turli xil hizalamalar sifatini solishtirish va optimal og'irlik (bal) bilan tekislashni aniqlash mumkin. Biroq, bunday taqqoslash uchun qaysi ball tizimi tanlanganligi taqqoslash natijasiga ta'sir qilishi mumkin, hatto ballar sxemasidagi kichik o'zgarishlar ham tekislashlar reytingini o'zgartirishi mumkin, buning natijasida boshqa tekislash yaxshiroq bo'ladi. Bir nechta hizalanish turlarini ajrating.
Global hizalanish - bu butun ketma-ketlikni boshqa ketma-ketlikka nisbatan tekislash.
Seni.sevaman.u.u.yangi.yo‘q.hayot.
|||||||||||||||||||| |||||||| | Seni.sevaman.hayot ,.seni.yana.sevaman.va. -­
yana.
Bu erda "|" belgisi mosliklar ko'rsatilgan , "bo'shliqlar" nomuvofiqliklarni bildiradi, "-" mosliklarning maksimal soniga erishish uchun ikkala ketma-ketlikda bajarilishi kerak bo'lgan qo'shimchalarni (inglizcha qo'shishdan) va o'chirishlarni (o'chirishlar, ingliz tilidan o'chirish) bildiradi.
Mahalliy tekislash - bu ketma-ketlikning boshqa bir qismiga mos keladigan qismini qidirish.
Murabbiy, otlarni haydamang! Shoshadigan boshqa joyim yo'q
|11|||||||||||||||||| Boshqa sevadigan odamim yo‘q, Pochtachi, otlarni haydama!
Mahalliy moslashish uchun haddan tashqari bo'shliqlar bo'shliqlar (o'chirish) deb hisoblanmaydi. Mos kelmasliklardan tashqari, mos keladigan qismga qo'shish va o'chirish ham mumkin.
Motiflarni qidirish - bu uzun ketma-ketlikning bir yoki bir nechta segmentlarida qisqa ketma-ketlik mosligini izlash. Bunday holda, bitta belgi nomuvofiqligiga ruxsat beriladi. Shuningdek, siz to'liq moslikni talab qilishingiz yoki ko'proq mos kelmaslik yoki hatto bo'shliqlarga ruxsat berishingiz mumkin.
Masalan, torlar uchun mos keladigan "Men sevaman" motivlarini topaylik
Sevaman
IIIIIII
Men seni sevaman, hayot, Bu o'z-o'zidan yangi emas.
Men sevaman sevaman
IIIIIII IIIIIII
Men seni sevaman hayot, seni qayta-qayta sevaman.
Endi derazalar yoritilgan, men ishdan charchab yuraman, -
Sevaman
IIIIIII
Men seni sevaman, hayot, Va yaxshi bo'lishingizni xohlayman.
Bir nechta tekislash - bu ko'plab ketma-ketliklarning o'zaro moslashuvi. Misol uchun, keling, to'rtta qatorni tekislaymiz:
Hech kim,. hech kim,. -. dedi. ular. chiqdi. dan. yotoq-,
Hech kim,. hech kim,. -. dedi. u,. Pastga tushish. - pastga. xalatda,
Hech kim,. hech kim,. -. dedi. u, .Sovunlangan. —qo‘llar.sovun—,
Hech kim,. hech kim,. -. dedi. u,. Ko'chib o'tish. yoqilgan. tutqich ,
Hech kim,. hech kim,. -. dedi. u va
Barcha hizalanish ketma-ketliklarida saqlangan belgilarni ko'rsatadigan oxirgi, beshinchi qator konsensus deb ataladi.

2. 
   Matritsaning o'xshashligi
   

Nuqta matritsasi (nuqta syujeti) ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlik haqida tasavvurga ega bo'lgan eng oddiy tasvirdir . O'xshashlik (yoki moslik) nuqta matritsasi - bu jadval yoki matritsa bo'lib, unda qatorlar bitta ketma-ketlik elementlariga, ustunlar esa boshqa ketma-ketlik elementlariga mos keladi. Eng oddiy ko'rinishda, agar taqqoslanayotgan elementlar har xil bo'lsa, nuqta matritsa kataklari bo'sh qoldiriladi, agar ular bir xil bo'lsa, to'ldiriladi. Tegishli ketma-ketlik qismlari diagonallar sifatida yuqori chap burchakdan pastki o'ngga qarab ko'rsatiladi. Masalan, PROFESSOROGURTSOV qisqa satri va uzun PROFESSORALEKSANDRNIKOLAEVICHOGURTSOV o'rtasidagi mosliklarni ko'rsatadigan nuqta matritsasini tuzamiz (3.1-rasm).
P O F E S O R A L E X A N D R N I K O L A E V I C O G U R C O V P R O F E S O R O
Da
R
C
O
DA