Alisher Navoiy xaykali, Samarqand 1490-yillarning boshidagi ogʻir yoʻqotishlar, ayniqsa, 40 yillik qadrdoni Pahlavon Muhammad bilan ustozi Jomiydan judo boʻlish Navoiyga qattiq taʼsir etdi. Buning ustiga saroyda Xadichbegim Nizomulmulk bilan mulk va mansab ishtiyoqida yangi-yangi fitnalar toʻqiydi. Shu fitnalar natijalaridan biri pok qalbli barcha kishilarni larzaga solib, mamlakatni halokat yoqasiga keltirib qoʻyadi. Bu-Moʻmin Mirzoning oʻz bobosi farmoni bilan qatl qilinishi edi. 1489-yilda Navoiy Hirotga qaytgach oʻrniga Astrobod hokimi qilib Badiuzzamon tayinlagan edi. Bu orada Balxda Darveshali qoʻzgʻoloni boshlanadi. Husayn Bayqaro Navoiyni olib, Balxga joʻnaydi. Darveshali bilan sulh tuziladi, lekin Hisorda Abusaidning oʻgʻli Sulton Mahmud Husayn Bayqaroga qarshi kurash boshlaydi. Shoh Navoiyni Balxda qoldirib, oʻgʻli Badiuzzamonni olib Hirotga otlanadi. U bilan ham murosaga kelishib, orqaga qaytadi va Balxni Badiuzzamon tasaruffiga beradi. Badiuzzamon oʻgʻli — 13 yoshli Moʻmin Mirzoni Astrobodda qoldirib Balxga keladi. Xadichbegim Nizomulkmulk bilan birgalikda Astrobodga Muzaffar Mirzoni hokim qilib tayinlashga erishadilar. Husayn Bayqaro va Badiuzzamon oʻrtasidagi munosabat yomonlashadi. Badiuzzamon Moʻmin Mirzoga Muzaffar Mirzoni shaharga kiritmaslikka buyuruq beradi. Shoh tezda Navoiyni Balxga yuboradi. Navoiy ota va oʻgʻil orasiga tushib, ularni yarashtiradi. Biroq huddi shu paytda Husayn Bayqaroning Badiuzzamonni qoʻlga tushirish va qamoqqa olish haqidagi Balxga, shahar qutloviga yoʻllagan yashirin farmoni maʼlum boʻlib qoladi. Yarash yana urushga aylanadi.
Navoiy voqeani bunday izga kirib ketganidan qattiq iztirob chekadi va umidsiz orqaga qaytadi. Ota-oʻgʻil urushida Badiuzzamon yengiladi. Moʻmin Mirzoni Muzaffar Mirzo asir oladi. 1499-yilda Marvda Husayn Bayqaroning yana bir oʻgʻli Abulmuhsin otasiga qarshi bosh koʻtaradi. Shoh oʻz qoʻshini bilan Marvga otlanadi. Bu paytlarda Navoiy hajga boorish orzusida edi. Mirxondning xabar berishicha, Abulmuhsin otasi bilan sulh tuzish uchun Alisherning podshoh nomidan vakil boʻlib kelishini shart qilib qoʻyadi. Navoiyga tez chopar yuboriladi. Chopar shoirga yetib, shohning maktubini topshiradi. Unda shoirning hajni keyinga qoldirib, texda Marvga yetib kelishi iltimos qilingan edi. Alisher Mashhad ulugʻlari va hamrohlari bilan maslahatlashadi. Ular mamlakatning tinchiligi uchun Alisherning hajga borishidan kechishini soʻraydilar. Alisher belgilangan joyga yetib boradi, ota-oʻgʻillarni yarashtirib, Hirotga qaytadi.