Navoiy 60-yillarning ikkinchi yarmida Samarqandda yashadi. Uning bu shaharga kelishi sababini turlicha talqin qiladilar. Xondamir, oʻqish uchun keldi, deydi. Toʻgʻri u Samarqandda din huquqshunosi va faylasuf Fazulloh Abullays qoʻlida oʻqidi. Zahiriddin Bobur uni Abusaid surgun qildi deydi. Bunda ham asos bor. Abusaidning Alisherga munosabati yomon edi. Shoir Samarqandda dastlab moddiy qiyinchilik ichida yashaydi. Keyinroq unga shahar hokimi Ahmad Hojibek ragʻbat va hoiylik koʻrsatadi. Nihoyat, Samarqand oʻz goʻzalligi bilan ham Navoiyni maftun etadi. Shoi uni „firdavsmonand“(jannatmisol) deb ataydi va unga hech qachon „gardi fano“ oʻltirmasligini — zavolikka yuz tutmasligini istaydi. Navoiy shu yillari shoir sifatida juda katta shuhrat topa bordi. 1465-1466-yillarda uning muxlislari sheʼrlarini toʻplab, „devon“ tuzadilar. Bu kitob bugun „Ilk devon“ nomi bilan mashhurdir. 1468-yil oxrida Eronni eggalash uchun boʻlgan jangda Abusaid halok boʻladi. Husayn Bayqaro 1469-yilning boshida Hiroti qoʻlga oladi va Samarqandga xat yoʻllab, Navoiyni oʻz yoniga chaqiradi. Husayn Bayqaro uni davlat ishlariga jalb etadi. Muhrdor qilib tayinlaydi.
Alisher Navoiy 1469-1472-yillarda muhrdor, 1472-1476-yillarda vazir boʻlib ishlaydi. 1487-1488-yillarda Astrobodga hokimlik qildi. Husayn Boyqaro uni oʻziga gʻoyat yaqin tutar, har bir narsada u bilan maslahatlashar va buni nihoyatda qadrlar edi. Toʻgʻri, Bayqaro va Navoiy oʻrtasiga uchinchi kishi aralashgan, sovuqchilik tushgan paytlar ham boʻldi. Lekin oʻz davrining ikki atoqli arbobi hamkorligi juda koʻp sinovlardan muvaffaqiyat bilan oʻtib, avlodlarga oʻrnak boʻldi. Husayn Bayqaro saltanatining daslabki yillarida juda notinch kechdi. Xondamirning yozishicha, u taxtga chiqqan yilning oʻzida Abusaid Mirzoning oʻgʻli Yodgor Muhammad taxt daʼvosi bilan qoʻzgʻaldi. Husayn Bayqaro unga qarshi qoʻshin tortadi va gʻalaba qozonadi.
1470-yilning bahorida Yodgor Mirzo Astrobodda yana bosh koʻtaradi. Husayn Bayqaro Navoiyni yoniga olib, qoʻshin bilan yana yoʻlga tushadi. Xuddi shu payt Hirotda qoʻzgʻolon boʻlganligi xabari keladi. Husayn Bayqaro Navoiyni unga katta vakolatlar berib poytaxtga qaytaradi. Navoiy shaharda adolatni tiklab, xalqni tinchlantiradi. Shunday toʻqnashuvlarning birida Yodgor Mirzoning qoʻli baland kelib, poytaxdagi ayrim kishilar unga qoʻshiladilar. Mojarolarni tinchlantirish maqsadida uylangani Abusaidning qizi Robiya Sultonbegim eriga hiyonat qilib, u safariga ketganida poytaxtda inisi Yodgor Mirzo nomiga xutba oʻqitadi. Yurt bir muddat Yodgor Mirzo qoʻliga oʻtadi. Bu hol Husayn Bayqaroga qattiq taʼsir etadi. Tushkunlikka tushadi. Navoiy shunday paytda uning yonida turadi, tassali beradi. Oʻsha 1470-yilning oʻzida payt poylab, Navoiyning maslahati bilan Murgʻob daryosi boʻylaridan juda qisqa muddatda Hirotga yetib keladi va BogʻI Zogʻonda maishatdan charchab uxlab yotgan Yodgor Mirzoni qoʻlga oladi. Shundan keyingina Xurosonda maʼlum muddat tinchlik, osoyishtalik qaror topadi. Alisher ijod kishisi edi. U tabiatan buyuruqvozlikdan va hukmfarmonlikdan yiroq, tafakkur hamda taxayyulga moyil, gʻoyat noziktaʼb bir kishi edi. Mansab-lavozimlar har qancha yuksak boʻlmasin uning uchun zil-zambil yuk boʻlib, Husayn Bayqaroga boʻlgan ixlos va muhabbatigina uni isteʼfo berishdan saqlab turar edi. Shunga qaramasdan, u sadoqat bilan xizmat qildi. `Donishmadnligi, tadbirkorligi bilan koʻplab gʻalayonu qon toʻkishlarni oldini oldi, urushlarni yarashga aylantirdi.