Metabolik komplikasyonların, görülme sıklığı GİS ve mekanik komplikasyonlara göre daha azdır. Dehidratasyon ve overhidrasyon sıvı alımının az ya da fazla olmasına bağlı olarak gelişir.
Mekanik Komplikasyonlar: Enteral beslenen hastalarda mekanik komplikasyonlar pulmoner aspirasyon, beslenme tüpünün yerinden çıkması, tıkanması veya tüpün trakeaya yerleştirilmesi, perforasyon ve intestinal tıkanıklar olarak sıralanır.
Pulmoner aspirasyonmekanik komplikasyonlar içerisinde yer alan en önemli ve yüksek mortalite oranına sahip bir sorundur. Pulmoner aspirasyonun nedenleri arasında beslenme sırasında hasta başının kaldırılmaması, sedasyon düzeyi ve bilinç değişiklikleri, besinlerin geri gelmesi, tüp ucunun yanlış yerde olması, öğürme refleksinin olmaması, mide içeriğinin boşalmaması, kusma, opioid ilaç kullanımı, gastroözofajiyal reflü hastalığı ve gastroözofajiyal sfinkter açıklığının olması yer alır. Pulmoner aspirasyon gelişen hastalarda dispne, taşikardi, siyanoz, wheezing ve ajitasyon gibi belirtiler gözlenir.