II INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS
19
Qafqaz University
18-19 April 2014, Baku, Azerbaijan
ilə aparılır. İkiüzlü bucaqların hesablanması İUPAC–İUB nomenklaturasına əsasən aparılmışdır [5]. Hesablamalar vasitəsi
ilə molekulun mövcud olan parametrlərini stabilləşdirən Van-der-Vaals, elektrostatik, torsion qarşılıqlı təsir qüvvələrinin,
əmələ gələn hidrogen rabitələrinin enerji paylarını müəyyən etmək mümkün olmuşdur. Dipeptidin fəza quruluşu 2 şeyp ilə
təsvir olunduğuna baxmayaraq, hesablanmış konformasiyaların enerji differensasiyası müşahidə olunur. Müəyyən edildi ki,
e seypinə aid olan konformasiyalar f seypinin konformasiyalarından enerji cəhətdən daha əlverislidir. Cədvəl 2-də isə
dipeptidin qalıqlar arası qarşılıqlı təsir qüvvələrin enerji payları verilmişdir. Buradan aydın görmək olur, tam bükülü e
şeypinə aid olan B
23222
B konformasiyada Lys və Gly qalıqları arasında ən əlverişli qarşılıqlı təsir əmələ gəlir və onun enerji
payı -5,93 kkal/mol təşkil edir. Qeyd etmək lazımdır ki, R
22222
P konformasiyada Gly və Gly qalıqları arasındakı qarşılıqlı
təsir fərqlidir və -0,23 kkal/mol təşkil edir. Cədvəl 2-dən göründüyü kimi B
23222
B və R
22222
P konformasiyalarda başqa qalan
şeyplərin optimal konformasiyalarından frqli olaraq effektiv qaləqlararası qarşılıqlı təsirlər əmələ gəlir. Bu onunla izah
olunur ki, dipeptidin konformasiya enerjisi amin turşularının əsas zəncirlərinin formasına, həmçinin yan zəncirlərinin
vəziyyətlərinə qarşı çox həssasdır. Müqaisə üçün hər şeypin amin turşusunun konformasiyalarının ən aşağı enerjili
nümayəndələrinin nisbi enerjilərinə nəzər salaq: e-şeyp - BB (1.01 kkal/mol), f-şeyp - RB (2.04 kkal/mol)
Cədvəl 2. Lys-Gly molekulunun optimal konformasiyalarında qalıqlar
daxili vəqalıqlararası qarşılıqlı təsir qüvvələrin enerji payları.
e
Konformasiya
LYS
GLY
Aminturşusu qalığı
B
23222
B 5,07
-5,93
LYS
R
22222
P 3,8
-2,7
-0,19
GLY
-0,23
f
Konformasiya
LYS
GLY
Aminturşusu qalığı
R
22222
B 3,71
-1,95
LYS
B
22222
P 3,49
-1,72
-0,26
GLY
-0,24
Onu da qeyd edək ki, dipeptidin ən dayanaqlı üç konformasiyası məhz e şeypə aiddirlər: B
23222
B (0.0 kkal/mol),
R
22222
P (0.3 kkal/mol) və R
23222
L (0.4 kkal/mol).
Göründüyü kimi, konformasiyaların qeyri-valent qarşılıqlı təsir enerjisin payı orta hesabla -5 kkal/mol təşkil edir.
Beləliklə, hesablama nəticəsində Lys–Gly dipeptidinin məhdud sayda ən optimal konformasiya vəziyyətləri aşkar
olunmuş və bu konformasiyaları stabilləşdirən quvvələrin təbiəti və enerji payları müəyyən olunmuşdur.
Dostları ilə paylaş: |