Molekulyar dinamika və metadinamika
Yüklə 0,49 Mb. Pdf görüntüsü
|
|
Molekulyar dinamika və metadinamika 113 2.2. MOLEKULYAR DİNAMIKA VƏ METADİNAMİKA Molekulyar dinamika (MD) – qarşılıqlı təsirdə olan atom və hissəciklərin zamandan asılı evolyusiyasının onların hərəkət tənlik‐ lərinin inteqrallanması ilə izlənməsidir. Metadinamika–molekulyar dinamikanın genişləndirimiş ver‐ siyası, çevrilmələin ilkin prinsiplər əsasında superkompüter model‐ ləşməsidir. Metadinamika nizamsız və nizamlı hallar arasında keçidləri daha yaxşı modelləşdirir. Bu ifadələrin başa düşülməsi üçün bu metodlarla aparılmış bəzi tədqiqatları nəzərdən keçirək. [1] işində [2,3] işlərindəki ideyalar inkişaf etdirilərək naftalosianinin izomer‐ ləşmə reaksiyası əsasında molekulyar keçid modelləşdirilmişdir. Molekulyar keçid skanedən tunel mikroskopunun cərəyanı ilə stimullaşdırılmışdır. Gibbs sərbəst enerjisinin səthi və reaksiyanın gedişi meta‐ dinamika üsulu ilə Car‐Parrinello 1 "CPMD" molekulyar dinamikasının ədədi kvantmexanika kodu çərçivəsində təsvir edilir. Hesablamalar superkompüter IBMBlueGene/P vasitəsi ilə aparılmışdır. Skanedən tunel mikroskopu 2 (STM) cərəyanın təsiri ilə nafatalosianin molekulunda hidrogen izomerləşmə reaksiyasının enerji baryerinin verilən koordinat dəyişənlərində hündürlüyü tapılmışdır. Təcrübələr göstərdi ki, molekulyar hidrogen izomerləşmə prosesi molekulun quruluşu dəyişmədən baş verir. Nafatalosianinin daxilindəki iki hidrogen atomunun qeyri‐stabilliyi ikisəviyyəli sistemlə ifadə edilir. Nafatalosianin molekulu azot, karbon və hidrogen atomlarından ibarətdir (şəkil 2.2.1). Hidrogen izomerləşməsi reaksiyasının mahiyyəti ondan ibarətdir ki, molekulun mərkəzində azot atomlarına birləşmiş iki hidrogen atomu, STM‐un yaratdığı xarici potensialın təsirilə, digər iki azot atomlarına keçir (şəkil 2.2.1ab). Bu keçid prosesi molekulun olduğu müstəvidə 90 0 1 CPMD–Car‐Parrinello molekulyar dinamikası [4] 2 STM–skanedən tunel mikroskopu Molekulyar dinamika və metadinamika 114 çevrilməsinə ekvivalentdir. Hər iki izomerin həndəsi quruluşu eynidir (şəkil 2.2.1cd). Yüklə 0,49 Mb. Dostları ilə paylaş:
|