2.1.2. Anabolizm i katabolizm
Reakcje metaboliczne przeprowadzane przez komórki ogólnie
podzielić można na anaboliczne i kataboliczne. Anabolizm to synteza,
budowanie bardziej złożonych związków chemicznych, katabolizm – to
rozkład związków złożonych na prostsze, często z uwolnieniem energii.
35
W celu utrzymania homeostazy organizmy potrzebują dużych
nakładów energii. W zależności od sposobu, w jaki ją zdobywają,
klasyfikuje się je jako organizmy cudzożywne ( heterotroficzne) lub
samożywne ( autotroficzne).
Pierwsze komórki prokariotyczne na Ziemi były autotrofami, których
źródłem energii była chemosynteza. Chemoautotrofy uzyskują energię z
utleniania dostępnych w środowisku cząsteczek. Są to przede wszystkim
bakterie i archeowce. Ze względu na rodzaj przeprowadzanych reakcji
wyróżnić można wśród nich:
metanogeny (archeowce metanogenne), które uzyskują energię
z przenoszenia elektronów z wodoru na dwutlenek węgla. Produktem
ich oddychania jest metan,
bakterie redukujące siarkę do siarkowodoru, jednocześnie utleniające
octany lub bursztyniany,
bakterie nitryfikacyjne, przeprowadzające następujące reakcje:
NH
3
+ CO
2
+ 1½ O
2
→ NO
2
-
+ H
2
O + H
+
( Nitrosomonas)
NO
2
-
+ CO
2
+ ½ O
2
→ NO
3
-
( Nitrobacter)
NH
3
+ O
2
→ NO
2
−
+ 3H
+
+ 2e
−
NO
2
−
+ H
2
O → NO
3
−
+ 2H
+
+ 2e
−
bakterie należące do typu Planctomycetes, przeprowadzające reakcję
beztlenowego utleniania amoniaku:
NH
4
+
+ NO
2
−
→ N
2
+ 2H
2
O
oraz termoacidofile (uważane za pierwsze organizmy komórkowe,
jakie pojawiły się na Ziemi).
Zdecydowana większość energii umożliwiającej życie pochodzi
obecnie ze Słońca (niewielka część z chemosyntezy lub ciepła Ziemi).
Słońce powstało około 5 x 10
9
lat temu z kondensacji pozostałości po
wcześniejszych gwiazdach, które wybuchły w supernowe. Świadczy o tym
2% zawartość w nim pierwiastków ciężkich, które musiały powstać
w bardziej masywnych gwiazdach.
Źródłem energii Słońca jest reakcja syntezy wodoru do helu. W reakcji tej
wydziela się energia, która rozprasza się w postaci promieniowania
elektromagnetycznego. W takiej formie energia dociera do Ziemi, gdzie
jest wykorzystywana przez organizmy fotosyntetyzujące (większość
współczesnych organizmów autotroficznych) do syntezy związków
organicznych (glukozy). Związki te są potem źródłem energii napędzającej
metabolizm zarówno autotrofów, jak i heterotrofów.
36
Fotosynteza jest obecnie najpowszechniejszym modelem autotrofii.
Organizmy fotosyntetyzujące wyewoluowały prawdopodobnie ok. 3,5
mld lat temu. Zakłada się, że jako substratu nie używały wody, lecz
wodoru/siarkowodoru. Około 2,4 mld lat temu było ich już tyle, że
w atmosferze Ziemi zaczął pojawiać się tlen.
Rośliny zielone przeprowadzają reakcje fotosyntezy w chloroplastach
– wyspecjalizowanych organellach zawierających chlorofil (barwnik
pochłaniający niebieskie i czerwone światło, zbliżony budową do hemu –
również porfirynowego barwnika erytrocytów) oraz wszelkie konieczne
enzymy.
Ogólnie fotosynteza zachodzi w dwóch fazach: zależnej i niezależnej
od światła.
W fazie zależnej od światła jedna cząsteczka chlorofilu akceptuje
1 foton i traci 1 elektron. Elektron ten przechodzi przez łańcuch
przenośników, doprowadzając do redukcji NADP (dwunukleotyd
nikotynoamidoadeninowy) do NADPH. W procesie fotolizy wody
odzyskiwany jest brakujący elektron chlorofilu, a uwalnia się cząsteczka
tlenu. Powstający w poprzek błony chloroplastu gradient protonów
pozwala syntazie ATP na syntezę ATP z ADP i ~P (reszty fosforanowej).
Sumaryczny zapis reakcji przedstawić można następująco:
H
2
O + NADP
+
+ ADP + ~P (+ foton) → NADPH + H
+
+ ATP + ½ O
2
W czasie ciemnej fazy fotosyntezy, z atmosfery wychwytywany jest
dwutlenek węgla przy udziale NADPH, który powstał w fazie jasnej.
Produktem cyklicznych reakcji tej fazy są trójwęglowe cząsteczki cukru
(aldehyd 3-fosfoglicerynowy), które ulegają łączeniu w cząsteczki
glukozy, a następnie w cząsteczki cukrów wyższych (np. skrobi). Reakcje
fazy ciemnej określa się jako cykl Calvina-Bensona, ich sumaryczny
zapis ma postać:
3 CO
2
+ 9 ATP + 6 NADPH + 6 H
+
→ C
3
H
6
O
3
~P + 9 ADP + 8 ~P + 6
NADP
+
+ 3 H
2
O
Nie omawiamy tu fotosyntezy dokładnie, pominiemy również warianty
C3 i C4; chodzi tylko o nabranie wyobrażenia, skąd pochodzą związki
organiczne niezbędne do funkcjonowania organizmów. Z powstałych w
fotosyntezie cukrów, komórki mogą syntetyzować np. lipidy (w procesie
lipogenezy – polimeryzacji acetylo-coA i następującej potem redukcji
i reakcji estryfikacji glicerolu) i aminokwasy (grupy alfa-aminowe są
przenoszone z alfa-aminokwasów na cząsteczki kwasu alfa-keto-
karboksylowego przy udziale transaminaz. Konieczny do tego azot
37
(składnik grup aminowych) jest wcześniej asymilowany i wiązany
w glutaminian azotu).
Rozmiar fotosyntezy procesu w przyrodzie oddaje ilość węgla
wiązanego w biomasę rocznie – 100 miliardów ton.
Rozwój współczesnej biochemii zawdzięczamy Hansowi Krebsowi,
laureatowi Nagrody Nobla z 1953 roku. Opisał on m.in. cykl mocznikowy,
zależności między oddychaniem a syntezą polifosforanów adenozyny,
syntezę kwasu moczowego i zasad purynowych u ptaków, a przede
wszystkim kluczowy dla przemian energetycznych – cykl kwasu
cytrynowego.
Uniwersalnym magazynem energii w organizmach jest ATP, ponieważ
wystarczy jeden enzym – ATPaza, żeby w razie potrzeby uwolnić
znaczną energię (do uwolnienia energii z innych związków chemicznych,
np. glukozy – potrzebne są szczególne warunki i dziesiątki enzymów).
ATP powstaje w procesie fosforylacji oksydatywnej. Energia
konieczna do utworzenia trzeciego wiązania fosforanowego pochodzi
z utlenienia substratów. Podstawowym substratem energetycznym jest
glukoza. Ulega ona w procesie glikolizy rozłożeniu na trójwęglowy kwas
pirogronowy, będący w tym przypadku końcowym akceptorem wodoru.
Jednak ten proces dostarcza zaledwie dwóch cząsteczek ATP z jednej
cząsteczki glukozy. Glikoliza zachodzi w cytoplazmie komórek, poza
organellami. Jeśli dostępny jest tlen, dalsze przemiany zachodzą jak
opisano poniżej.
Dużo bardziej korzystny energetycznie jest następny etap oddychania
komórkowego – cykl kwasu cytrynowego (cykl Krebsa). Polega on na
włączeniu aktywowanego przez koenzym A kwasu pirogronowego (czyli
acetylo-coA) w zamknięty łańcuch egzoenergetycznych reakcji
chemicznych, w których atomy wodoru stopniowo są przenoszone na
NAD
+
(powstaje NADPH) i FAD
+
(powstaje FADH
2
). Te zredukowane
formy (-H, -H
2
) przekazują protony (H
+
) na ostateczny akceptor – tlen.
Odbywa się to w macierzy mitochondrialnej, zawierającej układ
cytochromów. Są to enzymy przekazujące sobie kolejno elektrony – ze
stopniowym uwalnianiem z nich energii i magazynowaniem jej w ATP.
Ostatecznie elektrony przekazane są cząsteczce tlenu, która przyłącza
wtedy protony (sumarycznie: O
2
+ 2e
-
+ 4H
+
→ 2H
2
O).
Łańcuch transportujący elektrony złożony jest z czterech układów
enzymatycznych:
|