Egey dənizinin maksimum dərinliyi Kritin şərqində tapılmalıdır və burada 11,627 fut (3544 metr) çatır. Ege dənizinin döşəməsini təşkil edən qayalar əsasən əhəngdaşıdır, baxmayaraq ki, nisbətən son geoloji dövrlərdə bölgəni sarsıdan vulkanik aktivlik çox dəyişmişdir. Ege'nin cənubundakı Thera (Santoríni və ya Thira) və Melos (Milos) adalarındakı zəngin rəngli çöküntülər xüsusilə maraqlıdır. 1970-ci illər ərzində, xüsusilə Thera, böyük beynəlxalq elmi əhəmiyyətə sahib bir mövzu oldu, ətrafdakı çöküntülərin təhlili, qədimlərin izahı ilə əlaqələndirildi. əfsanə itirilmiş Atlantis adasının.
