Tarixning achchiq saboqlari Afsuski, Ulug‘bek madrasasi bizgacha asl ko‘rinishida etib kelgani yo‘q. Bu zilzilalar, odamlarning befarqligi va harbiy to'qnashuvlar bilan bog'liq. 200 yillik farovonlikdan so'ng, o'rta asrlarning eng katta va eng hurmatli universiteti bo'lgan ta'lim muassasasi asta-sekin pasayishni boshladi. Bu Moverannahr davlati poytaxtining Samarqanddan Buxoroga koʻchirilishi bilan bogʻliq.
XVI asrda amir Yalangtush Bahodir davrida madrasa qayta tiklangan. Biroq, 18-asrda fuqarolar nizolari va ichki tartibsizliklar mintaqani qamrab oldi. Isyonchilar hukumat kuchlarini yuqoridan o‘qqa tuta olmasligi uchun hokimiyat binoning ikkinchi qavatini buzishni buyurgan. Shunday qilib, bahor osmoni rangining ajoyib gumbazlari g'oyib bo'ldi. Finish ham shikastlangan. Keyinchalik tabiiy ofatlar va o‘g‘irlik tufayli minoralar qulay boshlagan. mahalliy aholi g'isht poydevoridan g'isht. 1897 yilda sodir bo'lgan kuchli zilziladan keyin bino xarobaga aylandi.
qayta tug'ilish Samarqanddagi Registon maydonining 20-asr boshlariga oid eski suratlari saqlanib qolgan. Ular Ulug‘bek madrasasining ayanchli ahvolda bo‘lganini ko‘rsatadi. Ark va asosiy binoning birinchi qavati, shuningdek, oldingi minoralarning pastki (eng baland) qavatlari saqlanib qolgan. Fasad bezaklari jiddiy shikastlangan.
Bu vaqtga kelib mintaqada sovet hokimiyati o'rnatilib, maorifga katta e'tibor qaratildi. 1918 yilda shimoli-sharqiy minora tez egilib, yaqin atrofda to'plangan ko'plab do'konlar va savdo markazlariga qulashi mumkin edi. Turkomstaris tabiatni muhofaza qilish nazorati komissiyasi tarixiy obidalar noyob tuzilmani saqlab qolish rejasini ishlab chiqdi. Loyihaga taniqli muhandis Vladimir Shuxov qo'shildi va minorani tekislashning o'ziga xos usulini taklif qildi va u muvaffaqiyatli amalga oshirildi.
Keyinchalik me'moriy majmua restavratsiya qilindi, bu 70 yil davom etdi. Ishning eng yuqori cho'qqisi 1950-1960 yillarga to'g'ri keldi. 1965 yilda janubi-sharqiy minora toʻgʻrilanib, mustahkamlandi. 90-yillarda ikkinchi qavat O‘zbekiston tomonidan restavratsiya qilingan.