(Samarqand zabt etilgach kazarma va gospitalga aylantirilgan)vayrona holga
kelgan. Bu madrasa vaqf mulki davlat hissobiga o‘tkazilgan.
Vaqf mulklaridagi muammolar madrasalarning binolariga salbiy ta'sir qilgan. Bu davrga kelib viloyat madrasalarining aksariyatining binosi ayanchli ahvolda bo‘lgan.
Samarqanddagi eng katta va eng ta'minlangan Mirzo Ulug‘bek madrasasining binosi mutlaqo qoniqarsiz va ishonchsiz ahvolga tushib qolgan .
1880 yilda Samarqanddagi ikki Mirzo Ulug‘bek va Shohi Zinda madrasalari ta'miri uchun 3643 rubl 55 kopeyka ajratilgan. Ta'mir jarayonida Bibixonim madrasasi xarobalaridagi qurilish materiallaridan foydalanilgan.