Magʻoki Attori masjidi Muhammad Xorazmshoh hukmronligi davrida
Muhammad Xorazmshoh tomonidan Buxoroda zarb etilgan tanga
1207-yili Muhammad Xorazmshohga (1200—1220) Qoraxoniylar sulolasining soʻnggi vakili Usmon ibn Ibrohim Samarqandni Qoraxitoylardan qutqarishni soʻrab maktub yoʻllaydi. Shu vaqtning oʻzida buxoro sadrlari ham undan Malik Sanjar qoʻzgʻolonini bostirishga yordam soʻrab murojat qilishadi. Ushbu murojatlarni koʻrib chiqqan Xorazmshoh, Usmon ibn Ibrohim uning ustunligini tan olganligini hisobga olib, oʻz qoʻshinlarini Movarounnahrga joʻnatdi, Buxoroni zabt etdi va uni oʻzinig ulkan saltanatiga qoʻshib olib, bu yerda sadrlar hokimligini bir muddat tikladi. Muhammad Xorazmshoh davrida vayron boʻlib, hech bir imorati va inshooti qolmagan, koʻp yillar davomida tashlandiq xolatda yotgan Buxoro arki qayta tiklangan[13]. Buxoro Moʻgʻullar bosqiniga qadar, 1220-yilgacha Xorazmshohlar davlati tasarrufida boʻldi.
Moʻgʻullar hukmronligi davrida Buxoro qamali va aholisining yoʻq qilinishi 1220-yil fevralida ulkan lashkarga bosh boʻlgan Chingizxonning Buxoroga yetib kelishi Muhammad Xorazmshoh va uning lashkarboshilari uchun butunlay kutilmagan hodisa boʻldi. Yozma manba maʼlumotlariga koʻra, Buxoro qoʻshini 12 ming otliq askardan iborat edi. Ulkan shaharni nisbatan kichik qoʻshin bilan himoya qilishning istiqbolsizligi, chamasi, ravshan edi. Xorazmshohning yordamidan ham umid yoʻq edi. Shuning uchun Muhammad Xorazmshoh qoʻshini bir necha kundan keyin jang bilan moʻgʻul qoʻshinlari safini yorib oʻtdi, biroq moʻgʻullar taʼqibidagi bu qoʻshin halokatga uchradi. Lashkarlar tashlab chiqqan, ruhoniy va zodagonlar boshqarib turgan shahar aholisining taslim boʻlishdan oʻzga chorasi qolmadi. Shunga qaramay, turk gʻulomlaridan qolgan 400 ga yaqin himoyachilar Buxoro qalʼasida mustahkamlanib olib, yana 12 kun jasurlik koʻrsatdilar, soʻnggi himoyachi yer tishlatilguniga qadar qalʼani saqlab turdilar.
Oʻsha kezlari Buxoroda roʻy bergan voqealar manbada shunday bayon etilgan: „Jome masjidiga moʻgʻullar kirib olib, uni murdor qildilar, Qurʼon kitoblari masjid hovlisiga uloqtirib yuborildi, ular saqlab kelingan sandiqlardan moʻgʻullar otlarini boqish uchun oxur sifatida foydalanishgan, imomlar, shayxlar va sayidlar, ulamo va mujohidlar otxonada otboqarlik qilishga majbur etilgan“. Chingizxon davlatmand kishilarning roʻyxatini tuzishni buyurdi, unga 280 kishi kiritildi; ularni oʻz boyliklarining barchasini topshirishga majbur qilishdi va shahardagi badavlat xonadonlarni aniqlash, ularni boyliklarini musodara qilish uchun kishilar belgilandi.
Soʻng odatdagi moʻgʻul anʼanasiga koʻra, barcha aholi shahardan tashqariga chiqarildi va Buxoro shafqatsizlarcha talon-taroj qilindi. Shaharda kuchli yongʻin chiqib, deyarli hamma narsa yonib kul boʻldi. Masjidlarning talon-taroj qilinishi, moʻgʻul lashkarlarining asirlarni tahqirlashi, shaharliklar koʻzi oʻngida ayollarni zoʻrlash buxoroliklarning sabr kosasini toʻldirdi: bir qator ruhoniylar, shaharlik olimlar qoʻlda qurol bilan oʻz vatandoshlarini himoya qilishga otlandilar, ammo ular darhol qirib tashlandi. Bular orasida mashhur sufiy Rukniddin Imomzoda va uning oʻgʻli qozi Sadriddinxon, sadr Majdiddin Masʼud va boshqalar bor edi. Moʻgʻullar istilosi davrida sufiy vakillari ommani boshqalarga qaraganda ancha qatʼiy tarzda, qoʻrqmay moʻgʻullarga qarshilik koʻrsatishga daʼvat etishdi.
Moʻgʻullar juda koʻp Buxoroliklarni qirb tashlash bilan bir qatorda, koʻp buxorolik yigitlarni Samarqand va boshqa shaharlarni qamal qilish uchun olib ketishdi. Hunarmandlar, yosh ayollar va bolalarni qulga aylantirib, moʻgʻul shahzodalari lashkarlariga boʻlib berishdi. Buxoro shu darajada vayron etildiki, Ibn al-Asirning taʼbiricha, „xuddi shahar kecha boʻlmagandek“ edi. Oʻsha davr muallifi taʼbiri bilan aytganda, „keldilaru yemirdilaru yondirdilaru oʻldirdilaru taladilaru ketdilar“.
Istilo natijasida aholi soni keskin kamaydi, minglab shahar va qishloqlar vayron etilib, bir umrga qayta tiklanmadi, feodal jamiyatda quldorlik tuzumi vujudga keldi, iqtisodiyot butunlay yemirildi. Moʻgʻul istilosi umuman Movarounnahr, xususan Buxoro fani va madaniyati rivojini bir necha asr orqaga surib yubordi. Hududiy jihatdan Movarounnahr Chingizxonning uchinchi oʻgʻli Chigʻatoy ulusi tarkibiga kirdi.