Buxoro amirligini bosib olishning boshlanishi: Toshkent shahri bosib olingandan so’ng podsho hukumatining kelgusidagi rejasi xonliklarni navbat bilan bosib olish edi. Barcha harbiy harakatlar Toshkent shahridan turib tashkil qilindi va boshqarildi. Shu maqsadda, eng avvalo, xonliklarning birlashmasligiga qaratilgan siyosat olib borildi. Ya’ni mustamlakachilar o’zlarining asosiy qoidasi hisoblangan «Bo’lib tashla, hukmronlik qil» shioriga amal qilishga kirishdi.
Podsho hukumati O’rta Osiyodan M.Chernyayevni Sankt-Peterburgga chaqirib oldi va uning o’rniga Turkiston viloyatining gubernatori qilib F.Romanovskiyni tayinladi. F.Romanovskiy 1866-yilda Buxoro amirligi Rossiyaga qarshi urushga tayyorlanayotganligini bahona qilib, unga qarshi harbiy yurish boshlashga imperatordan ruxsat so’radi. Hukumat tomonidan bu taklif qabul qilingach, u Sirdaryoning o’rta oqimidagi hududlarni egallashga kirishdi. Birinchi jang 1866-yil 8-mayda Erjar qishlog’i yaqinida bo’lib, kuchlar harbiy jihatdan teng bo’lmaganligi uchun amir qo’shinlari mag’lubiyatga uchradi. F.Romanovskiy Buxoro qo’shinini ta’qib qilishni to’xtatib, avval Qo’qon xonligi bilan Buxoro amirligi o’rtasida joylashgan Toshkent, Qo’qon, Balx va Buxoro bilan bog’lovchi Xo’jandga qarab harakat boshladi.
Turkiston viloyati harbiy gubernatori qo’shinlari tomonidan Xo’jand qal’asi may oyida qamal qilinib, 20 ta to’pdan o’qqa tutildi. Ertasi tonggacha qamal davom etib, keyin hujum boshlandi. Birinchi hujum qaytarilgandan so’ng, shahar yana qayta o’qqa tutildi. Shahar qamali va o’qqa tutish ikki kun davom etdi. Istilochilarga qarshi shahar mudofaachilari har bir qarich joy uchun mardonavor jang qildilar. Lekin harbiy texnika va son jihatdan ustun bo’lgan mustamlakachilar qo’shinlari 24-mayda tunga borib himoyachilarning mudofaasini yorib o’tdilar. Shahar ko’chalarida ko’plab mudofaachilar va tinch aholining jasadlari, vayron bo’lgan xonadonlar qoldi.
O’ratepa va Jizzax uchun janglar:Turkiston viloyati gubernatori F.Romanovskiyga Orenburg general-gubernatori N.Krijanovskiy tomonidan harbiy harakatlarni Qo’qon xonligiga qarshi qaratish to’g’risida ko’rsatma berildi. Rossiya imperiyasining O’rta Osiyodagi harbiy harakatlari rejasiga ko’ra Qo’qon xonligining taqdiri 1866-yildayoq hal qilinib, Xo’jandda Qo’qonga qarshi hamma narsa tayyor holatga keltirilgan edi. Qo’qonga qarshi yurishga boshchilik qilish uchun N.Krijanovskiyning o’zi keldi. U Buxoro amirining vakili bilan sulh shartnomasi bo’yicha uchrashib, 10 kun mobaynida 100 ming rubl tovon to’lashni talab qildi. Belgilangan muddat o’tgach, N.Krijanovskiy Buxoro amiri talablarni bajarmaganligini bahona qilib, o’z qo’shinlariga amirlikka qarshi hujum boshlashga buyruq berdi.
1866-yilning kuzida 6 ming piyoda askar, 500 kazak, 28 to’p, 600 arava va 800 tuyadan iborat harbiy qo’shin O’ratepaga qarab harakat boshladi. Bu harakatga Qo’qonga qarshi tayyorlab qo’yilgan kuchlar ham jalb qilindi. F.Romanovskiyning harbiy qo’shinlari O’ratepaga yetib borgach, shahar uch kun to’plardan o’qqa tutildi. Shundan keyin tongda hujumga o’tildi. Shahar aholisi bosqinchilarga mardonavor qarshilik ko’rsatdi. O’ratepa to’plardan o’qqa tutilganligi natijasida vayron qilinib, dushman tomonidan egallandi. Hujum natijasida 2 ming nafardan ko’proq aholi halok bo’ldi.
Rossiya imperiyasining harbiy qo’shinlari O’ratepani egallagandan so’ng, 12-oktyabrda navbatdagi harakat Jizzaxga boshlandi. To’xtovsiz otishmalar natijasida shahar devorlari vayron qilinib, ikki kecha-kunduz davom etgan jangdan so’ng 1866-yil 18-oktyabrda Jizzax shahri ham podsho hukumati qo’liga o’tdi. Uni bosib olish uchun bo’lgan jangda har ikkala tomondan 6 mingdan ko’proq kishi halok bo’ldi. Bu shahar himoyasida Buxoro amirligidan yordamga chiqqan kuchlar kechikib keldi. Ular himoyachilarga hyech qanday yordam bera olmasdan orqaga qaytishdi. Podsho hukumati Jizzaxda 3 ming askar, 300 kazak va 12 to’pdan iborat harbiy kuchlarini qoldirdi. 1864-1866-yillar davomida bosib olingan hududlarni o’z ichiga oluvchi Sirdaryo viloyati tashkil qilindi.
Buxoro amirligi ustidan Rossiya imperiyasi protektoratining o’rnatilishi. Samarqand uchun jang:Turkiston general-gubernatori fon Kaufman O’rta Osiyoni bosib olishni Buxoro amirligini qo’lga kiritish bilan davom ettirishga qaror qildi. Amirlikning harbiy kuchi Qo’qon xonligi bilan uzluksiz olib borilgan urushlar, ichki nizolar, zamonaviy harbiy texnikada ortda qolishi tufayli zaiflashgan edi. Fon Kaufman Buxoro amirligi chegara hududlarini puxta o’rganib chiqib, Amir Muzaffarga chegaraning Rossiya mulki foydasiga o’zgartirilgan yangi loyihasini tasdiqlashni taklif qildi. Amir Muzaffar bu shartnomani imzolashdan bosh tortdi. Shunda K.R.Kaufman uni generalgubernatorlik chegaralariga bostirib kirishga tayyorgarlik ko’rishda ayblab, 4 mingdan ziyod qo’shindan iborat harbiy otryad to’plab, 1868-yil aprelda Samarqandni bosib olishga kirishdi. Biroq K.P.Kaufmanning Amir Muzaffar qo’shinini Samarqandga to’plagan, deb qilgan taxmini o’z tasdig’ini topmadi.
Bu vaqtda Buxoro qo’shinlari Cho’ponota tepaligida o’rnashib olgan edi. 1868-yil 1-mayda fon Kaufman tepalikka hujum boshladi. Rossiya imperiyasi qo’shinlari amirlik sarbozlarining miltiq va to’pdan tinmay o’qqa tutib turganiga qaramasdan, suvdan kechib Cho’ponota tepaligiga ko’tarildi. Natijada sarbozlar chekinishga majbur bo’ldi. Shu bilan amir qo’shinining ilg’or jangovar qismi tor-mor keltirildi. Shundan so’ng Zirabuloq tepaligida ikkinchi jang bo’lib o’tdi. Qanchalik qarshilik ko’rsatmasin, Buxoro amiri qo’shini yana mag’lubiyatga uchradi va podsho qo’shinlari Samarqandga jangsiz kirib bordi. K.P.Kaufman Samarqand bekligini Rossiyaga berish, «harbiy xarajatlarni» to’lash va 1865-yildan buyon Turkiston o’lkasida qo’lga kiritilgan barcha narsalarni Rossiya mulki deb e’tirof etish sharti bilan sulh tuzishni taklif qilib, amir Muzaffarga maktub yo’lladi, ammo amirdan javob bo’lmadi.
Rossiya imperiyasining O’rta Osiyoda amalga oshirgan harbiy istilochilik yurishlariga nafaqat amirlik va xonliklarning harbiy qo’shinlari, balki mahalliy aholi vakillari ham qattiq qarshilik ko’rsatdi. Masalan, K.P.Kaufmanning Buxoro amirligiga qarshi harbiy yurishlari vaqtida Urgut shahrida mahalliy aholi podsho hukumatining qo’shinlariga qarshi kurash olib bordi. K.P.Kaufman general Abramovni qo’shin bilan Urgutga yuborib, shaharning taslim bo’lishini taklif qildi. Lekin bu taklif mahalliy aholi tomonidan rad etildi. Ikki tomon o’rtasidagi to’qnashuvda mahalliy aholi mardonavor jang olib bordi. Artilleriya to’plaridan otilgan o’qlar boshqa joylardagi kabi Urgutda ham istilochilarning harbiy ustunligini ta’minladi. Buning natijasida shahar qal’asi mustamlakachilar tomonidan egallandi. Podsho hukumati qo’shinlari Urgutdan so’ng Kattaqo’rg’on shahrini bosib olishga kirishdi.
Rossiya imperiyasining harbiy yurishlariga qarshi Kitob hokimi Jo’rabek va Shahrisabz hokimi Bobobek boshchiligida Samarqandda kurash olib borildi. Bu ikki xalq harakati rahbarlari o’z qo’shinlari bilan 1868-yil 2-iyunda samarqandlik qo’zg’olonchilar bilan birga Rossiya imperiyasi qo’shinlari garnizoni joylashgan qal’aga hujum qilishdi. Qamalda qolgan qo’shin yordam so’rab general-gubernator fon Kaufmanga chopar yuboradi. 6-iyunda yordamchi kuchlar yuborildi. Qal’ani egallash uchun 4-iyundan 7-iyungacha shiddatli janglar davom etdi. Unda ikki tomon ham ko’plab talafot ko’rdi. 8-iyunda qamalda qolganlarga harbiy kuchlar yetib keldi, shundan so’ng xalq himoyachilari Samarqanddan chiqib tog’ tomonga chekinishga majbur bo’ladi.