xodimlar faqat o‘z rax-bariga xisobot beradilar, natijada ijrochilik va intizom darajasi ancha oshadi.
bunday struktura oddiy, barqaror masalalarni echishga mo‘ljallanganligi sababli uning doirasida kompleks masalalarni echish ancha qiyin kechadi;
bunday sharoitda raxbarlar ko‘proq tezkor ishlar bilan band bo‘lib strategik kompleks muammolarni e’tibordan chetda qoldiradilar;
bunday boshqarishda teng xuquqli struktura birliklari negizida garizontal bog‘lanish bo‘lmaydi;
bunday boshqarish sharoitida buyruqbozlik va rasmiyatchilik-ning paydo bo‘lish xavfi kuchli. Bunga sabab, strukturaning xar bir bo‘g‘inida raxbar o‘z lavozim bo‘yicha farmoyish berish uchun xuquqlariga ega bo‘ladi.
Chiziqli-funktsional boshqaruv strukturasida asosiy boshqaruv chiziqli boshqaruv bo‘lib xisoblanadi. Hamma boshqaruv bosqichlarida va mustaqil uchastkalarni boshqarish faoliyatida chiziqli raxbarlar ajratiladi. Ularga ishlab-chiqarishi-xo‘jalik faoliyatini yakkaboshchilik boshqarish xuquqi berilgan bo‘lib, u olingan natijalarga to‘liq javob beradi.
Funktsional struktura xam o‘zining ijobiy sa salbiy tomonlariga ega.