İrəvan xanlığı istiqamətində uğur qazana bilməyən general Sisianov diqqətini Qarabağa yönəltdi. Qacarların Gəncə istiqamətində göndərdiyi qoşunu məğlub etməklə Sisianovun rəğbətini qazanmış İbrahimxəlil xan Cənubi Qafqazda rus komandanlığı ilə six əlaqələr qurmuş separatçı Qarabağ məliklərini siyasi baxımdan neytrallaşdırmaga çalışaraq Sisianovla görüşməyə razılıq vermişdir.
İbrahimxəlil xan xanlığın müstəqilliyin qoruyub saxlamaq üçün 1805-ci il mayın 14-də Rusiya ilə 11 maddədən ibarət Kürəkçay müqaviləsini imzaladı. İbrahimxəlil xanın vasitəçiliyi ilə 1805-ci il mayın 21-də Şəki xanı Səlim xan da Rusiya ilə Kürəkçay müqaviləsini imzaladı. Müqaviləyə əsasən xanlıq əbədi olaraq Rusiya himayəsinə kecdi, hər dəfə xan varisləri çar tərəfindən təstiq olunacaqdı, və hər il 8 min çevron xərac ödəməli idi. Rusiya da öz növbəsində xanlıgın daxili müstəqilliyinə toxunmayacaqdı.
1805-1806 Qacarların hərbi əməliyyatları
1805-ci il iyunun ortalarında Qarabağa daxil olan qacarların qoşunları iyunun 26 da Şahbulaq qalasını mühasirəyə aldı. Qaladakı rus qoşunu təslim olduqdan sonra Qacarların qoşunu Qazaxa daxil oldu. Abbas Mirzə bəyanatla kəndxudalara müraciət edərək, Qazax sakinlərini Rusiyaya qarşı üsyana çağırdı.
1805-ci il iyulun 27-də ruslar Zəyəm yaxınlığında Qacarlar ordusunun düşərgəsinə hücum etti. Hücum zamanı Abbas Mirzə yaralandı və ordusuna geri çəkilmək əmri verdi.Beləliklə, 1805-ci ilin yayında Qacar qoşunlarının hərbi əməliyyatlarda uğursuzluğu nəticəsində ruslar Azərbaycandakı mövqelərini möhkəmləndirdilər.
1806-cı ilin uyununda Abbas Mirzənin yenidən göndərdiyi şah qoşunları Qarabağa daxil oldu. Bu zaman ailəsi ilə birlikdə Xankəndində olan İbrahimxəlil xan mayor Lisaneviçin əmri ilə öldürüldu. Bu hadisədən hiddətlənən Səlim xan rus qoşunlarını Şəkidən qovdu.
Şamaxı xanlığının Rusiyaya birləşdirilməsi
Rusiya bütün Şimali Azərbaycanın ələ keçirilməsi üçün Şamaxı xanlığının tabe edilməsinə çox əhəmiyyət verirdi. Sisianov Kürəkçay müqaviləsi bağlanan zaman Şamaxı xanı Mustafa xana da Rusiya himayəsinə keçməyi təklif etmişdi. Lakin Mustafa xan Qacarlar qoşununlarının qazanacağını ümid edərək danışıqları uzadırdı.