Fəxrəddin Qutlu bəyin ölümündən sonra hakimiyyətə oğlu Əhməd bəy gəldi. Əhməd bəyin dövründə Müdahhardən ilə ittifaq pozuldu. Bunun səbəbi isə Ərzincan əmiri Müdahhardənin Qutlu bəyin ölümündən istifadə edərək, Ağqoyunlulara hücumlara başlaması idi. Lakin Əhməd bəyin əks hücumu ilə geri otuzduruldu
Bu məğlubiyyətdən sonra Müdahhardən Qaraqoyunlu Qara Məhəmməddən kömək istədi. Bu istəyi qəbul edən Qara Məhəmməd, Ağqoyunlulara qarşı hücuma keçərək Əhməd bəyi ağır məğlubiyyətə uğratdı.[33] Qaraqoyunluların güclü rəqib olduğunu başa düşən Əhməd bəy Qazi Bürhanəddin bəy ilə ittifaq bağladı
1386-cı ildə Əhməd bəyə qarşı üsyan qaldıran[35] Osman bəy, Əhməd bəydən ayrılaraq Kəmax qalasına hücuma keçdi. Qazi Bürhanəddin qoşunu ilə Kəmaxa gəlib Osman bəyin qarşını kəsdi və onu geri otuzdurdu.Sonradan Osman bəy Qazi Bürhanəddin ilə sülh bağladı.
1396-cı ildə Qara Yuluq Osman bəy Qazi Bürhanəddinin də köməyi ilə Əhməd bəyi hakimiyyətdən saldı[37] və faktiki olaraq Ağqoyunluların başçısı oldu. Əhməd bəy 1403-cü ildə Paluda öldü
Palu
Gödək Əhməd hakimiyyətə gəldikdən sonra dövləti əvvəlki iqtisadi vəziyyətinə gətirmək və mərkəzi hakimiyyəti gücləndirmək üçün islahatlara başladı. Vergiləri qaydaya salmağa çalışan Sultan, İslami vergilərdən başqa bütün vergiləri ləğv etdi.
Gödək Əhmədin dövründə sarayda Pörnək tayfasının nümayəndələri çox idi. Bu isə mərkəzi hakimiyyət üçün böyük təhlükə yaradırdı. Bu təhlükəni aradan qaldırmaq, pörnəkləri sarayda zəiflətmək siyasəti yeridən Gödək Əhməd, onların güclü sərkərdələrini Hüseynəli xanı və Müzəffər bəyi edam etdirdi
Gödək Əhməd hakimiyyətə gəlməsində böyük rol oynayan Eybə sultanı Kirman hakimi təyin etdi. Gödək Əhməd Eybə sultanı Kirmana təyin etməklə onu mərkəzdən uzaqlaşdırmaq istəyirdi. Onun bu siyasətindən narahatlıq keçirən Eybə sultan Fars hakimi Qasım bəy ilə birləşdi. Müttəfiqlər Sultan Yaqubun Şirvandakı oğlu Muradı hökmdar elan edərək, mərkəzi hakimiyyətə tabesizlik göstərməyə başladılar. Sultan Gödək Əhməd qış mövsümü olmasına baxmayaraq müxaliflərə qarşı hərəkətə başladı. 1497-ci ilin dekabrın 14-də, İsfahan döyüşündə Gödək Əhməd məğlub edildi və öldürüldü
Gödək Əhmədin ölümündən sonra Ağqoyunlu dövlətində ara müharibələri yenidən başladı. Hər şahzadə bir vilayətdə özünü müstəqil hakim elan edir və Təbrizi elə keçirməyə çalışırdılar. Məhəmməd Mirzə Yəzddə, Əlvənd Mirzə Azərbaycanda, Murad Mirzə isə Şirvanda dəstəklənirdi.
1498-ci ildə Eybə sultan və tərəfdarları Əlvənd Mirzəni dəstəkləyərək Muradı məğlub etdilər. Murad Mirzə tutularaq Marağada həps edildi. Eybə sultanın qardaşı Nurəli bəy isə Məhəmməd Mirzəni Sultan elan etdi. 1499-cu ildə Eybə sultanın qoşunu məğlub edildi və özü də öldürüldü. Bu məğlubiyyətdən sonra Əlvənd Mirzə Diyarbəkirə çəkilməyə başladı. Boş qalmış Təbrizə daxil olan Məhəmməd Mirzə özünü sultan elan etdi. Lakin onun hakimiyyəti çox çəkmədi, Əlvənd Mirzə Diyarbəkirdən Təbrizə qayıdaraq onu məğlub etdi və paytaxtdan çıxardı.
Eybə sultanın digər qardaşı Gözəl Əhməd bəy isə həps edilmiş Murad Mirzəni azad edərək onu keçmiş Fars hakimi Qasım bəyin yanına gətirdi. Birləşmiş qüvvələr Fars vilayətinə hücum edərək Sultan Məhəmmədin tərəfdarlarını məğlub etdilər döyüşdə Məhəmməd Mirzə öldürüldü.
Sultan Murad, Məhəmməd Mirzəni məğlub etdikdən sonra 1500-ci ilin payızında Əlvənd Mirzənin üzərinə hücuma keçdi. Nəhayət, 1500-cü ildə Dərviş Baba Xeyrullahının vasitəçiliyi ilə Təbriz yaxınlığında Əbhər adlanan yerdə tərəflər arasında sülh sazişi imzalandı.] Müqavilənin şərtinə əsasən Qızılüzən çayı sərhəd olmaqla Azərbaycan və Diyarbəkir Əlvəndə, Ərəb İraqı, Əcəm İraqı, Kirman isə Murada qaldı
Qızılüzən
Daxili münaqişələr nəticəsində Ağqoyunlu dövləti zəifləmiş, əvvəlki qüdrətini tamamilə itirmişdi. Bu dövrdə Şeyx İsmayıl Lahincandan Ərdəbilə ordan da Ərzincana doğru hərəkətə keçərək tərəfdarlarını öz ətrafına toplamağa başlamışdı. Şirvan qoşununu darmadağın edən qızılbaşlar Əlvənd Mirzənin də narahatçılığına səbəb olurdular. 1501-ci ildə Əlvənd Mirzə Təbrizdən çıxaraq qızılbaşlarla döyüşmək üçün hərəkətə başladı. Həmin ildə ildə Naxçıvan yaxınlığında baş vermiş döyüşdə Əlvənd məğlub edildi və Diyarbəkirə qaçdı. Təbriz qızılbaşlar tərəfindən ələ keçirildi və İsmayıl özünü şah elan etdi
1503-cü ildə Sultan Murad Bağdaddan I Şah İsmayılın üzərinə hərəkətə başladı. 1503-cü ildə Həmədan yaxınlığında baş vermiş Almaqulağı döyüşündə Sultan Murad məğlub edildi. Bağdada geri çəkilən Sultan Murad[280] burada hakimiyyətini 5 il davam etdirdi. 1508-ci ildə I Şah İsmayılın Bağdada hücumu barədə məlumat alan Sultan Murad şəhəri tərk edərək qaçdı. Ərəb İraqı Səfəvilər tərəfindən ələ keçirildi.
