Buxoro xonligining ma’muriy tuzilishi va ijtimoiytuzim Ashtarxoniylar hukmronligi davrida Buxorodan keyingi eng nufuzli shahar Balx bo‘lib, uni taxt vorisi boshqarar edi. Rasmiy darajadagi davlat boshqaruvi ikki bosqichli bo‘lib – markaziy va mahalliy boshqaruv tizimiga ega edi. Viloyat hokimlarining markaziy hokimiyatga bo‘ysunishi belgilangan yillik soliqlarni to‘plab xon xazinasiga yuborib turishi, xon farmoniga ko‘ra, harbiy yurishlarda o‘z qo‘shinlari bilan qatnashishdan iborat bo‘lgan xolos. Ko‘p hollarda o‘zlarini markaziy hokimiyatdan mustaqil deb hisoblagan viloyat amirlari va hokimlari ham o‘z boshqaruv tizimiga va harbiy kuchlariga ega bo‘lgan.
Bu davrda amaldorlar toifasiga kirgan shaxslar o‘z egallab turgan lavozimlaridan ma’suliyatli vazifalaridan tashqari siyosiy jarayonlar va harbiy yurishlarda ham ishtirok etganlar. Misol uchun, manbalarga ko‘ra, 1722 yilda Vobkent ostonasidagi Muhammad Hakimbiy otaliq boshchilik qilgan Abulfayzxon va Samarqand hokimi Rajab Sulton qo‘shinlari bilan bo‘lgan to‘qnashuvda devonbegi, qo‘shbegi, parvonachi, dodxoh, miroxo‘r, eshikog‘aboshi, to‘qsabo, dasturxonchi kabi mansabdorlar ham ishtirok etganlar.
Bu davrdagi boshqaruvda dunyoviy lavozimdagi amaldorlar bilan bir qatorda diniy lavozimdagi amaldorlarning ham mavqei baland bo‘lgan. Boshqaruv tizimida yirik din peshvolari xojalar va diniy mansab egalari bo‘lmish shayxulislom, sadr, qozi kalon va boshqalar katta ahamiyatga ega bo‘lgan.
Ilgarigi davrda bo‘lgandek, bu davrda ham davlat boshqaruvida Jo‘ybor xojalarining mavqei baland bo‘lib, asosiy diniy mansabdorlar ular ichidan tayinlangan. Buxoro shayxulislomi ham Jo‘ybor shayxlari orasidan tayinlanib, Abulfayzxon davrida bu lavozimni Xoja Yahyoning o‘g‘li Muhammad Hakim Xo‘ja egallagan. Shayxulislom jamiyatda juda katta rol o‘ynagan bo‘lib, nafaqat diniy, balki barcha ishlar bo‘yicha hukmdorning doimiy maslahatchisi bo‘lgan. Har bir viloyatning o‘z qozisi bo‘lib, ular diniy, oilaviy, vorischilik hamda jinoiy ishlarni ko‘rib chiqqanlar. Harbiylar uchun ham alohida qozilar bo‘lib, ular qoziyi-askar deb atalgan.
Buxoro xonligidagi huquqiy masalalarni hal etishda muftining o‘rni alohida bo‘lgan. Mufti fiqh (huquq) va hadisni juda yaxshi biladigan qonunshunos bo‘lishi lozim bo‘lgan. XVII asrning oxiri – XVIII asr boshlarida davlat hokimiyatining zaiflashuvi oqibatida darvish guruhlarining ham roli ortib borgan.