Ashtarxoniylar davrida avj olgan ichki ziddiyatlar tinimsiz urushlar, siyosiy parokandalik ma’naviy-ma’rifiy madaniy hayotga salbiy ta’sir etdi. Biroq bunday murakkab siyosiy vaziyat maorif, ilm-fan, madaniyat rivojini to’xtatib qololmadi. XVII-XVIII asrlarda shahar va qishloqlarda Maktab va ko’plab maktab (maktabxona)lar faoliyat ko’rsatgan. O’g’il va qiz bolalar alohida alohida maktablarda o’qitilgan. O’g’il bolalar maktablari masjidlar, madrasalar, korxonalar qoshida yoki xususiy maktabdorlar xonadonlarida tashkil etilgan bo’lib, masjid imomi yoki mqdrasani tugatgan ziyoli kishilar o’qituvchilik qilgan. Ularni domla deyishgan. Qiz bolalar maktablari badavlat klshilar yoki o’qituvchi ayollar uylarida tashkil etilgan, qizlarni otinoyi, otinbibi, bibixalifa, bibiotin deb atalgan ayol o’qituvchilar o’qitishgan. Maktablar xarajati va domlalarning maoshi vaqf mulkidan tushgan daromadlar hamda o’quvchilarning ota-onalari tomonidan o’qish uchun to’langan mablag’lar hisobidan qoplangan. Yetim yesirlar bepul o’qitilgan. Bolalar maktabga 6-7 yoshdan berilgan va 5-8 yil davomida ularga boshlang’ich ta’lim berilgan. O’quvchilarga avval harflar o’rgatilgan, keyin bo’g’inlar, ularni qo’shish orqali so’z tuzish, "Haftiyak" ("Qur’oni Karimning yettidan biri") kitobini o’qish o’rgatilgan. Hisob darsida sonlar, ularni qo’shish, ayirish, ko’paytirish, bo’lish amallari o’rgatilgan. O’quvchilar Navoiy, Fuzuliy, Bedil, Mashrab, Hofiz Sheroziy, So’fi Olloyor asarlarini, "Chor kitob"ni o’qib saboq olganlar. Qizlar maktablarida uy-ro’zg’or tutish, pazandachilik, odob-axloq, pokizalik sirlarini o’rganishga ko’proq o’rin berilgan. Bolalar o’qishni to’liq o’zlashtirib olganlaridan keyingina yozishga o’tganlar. Bolalarga kitoblardan ko’chirib yozish, mustaqil ravishda duoyi salom xati, ish yuzasidan turli ma’lumotlar yozish malakalari o’rgatilgan. Maktablarda imtihonlar bo’lmagan, o’quvchilarga maktabni bitirgani to’g’risida hujjat ham berilmagan. Bolaning ravon o’qishi, to’g’ri yoza olishi, hisob-kitobni bilishi maktabni bitirganligiga guvoh bo’lgan. Madrasa o’rta va oliy o’quv yurti hisoblangan. Madrasaga maktabxonalarni tugatganlar qabul qilingan. Madrasa ta’limi talabalar iqtidoriga qarab 7-12 yil davom etgan. Buxoro xonligi shaharlarida 150 dan ortiq madrasa bo’lgan. Madrasada arab, fors tilida yozilgan kitoblar o’qitilgan, ular talabalarga mudarris tomonidan turkiy tilda sharhlab berilgan. O’qish "Avvali ilm" deb nomlangan fors tilidagi o’quv qo’llanmasini o’zlashtirishdan boshlangan. Keyin arab tili grammatikasi o’qitilgan. Fiqh (huquq) kursi majburiy kurs hisoblangan. Madrasalarda umumta’lim kurslaridan falakiyot, handasa, tibbiyot, kimyo, tarix, jug’rofiya, adabiyot, aruz ilmi, me’morchilik asoslari, xattotlik, musiqa, axloq, notiqlik kabi fanlar o’qitilgan. Talabalardan Imom al-Buxoriy, Abu Mansur Moturidiy, Burhoniddin Marg’inoniy asarlarini, jami 137 darslik va o’quv qo’llanmalarini o’zlashtirish talab etilgan. Diniy mutaassiblik, xalq ommasidan diniy aqidalarga so’zsiz itoat etish talablarining kuchayishi ilm-fan ravnaqiga salbiy ta’sir etdi. Shunga qaramasdan ilm-ahllari ijodi batamom to’xtab qolmadi. XVII asrning taniqli olimi, Mir Arab madrasasi mudarrisi Muhammad Sharif Buxoriy (1609-1697) falsafa, tasavvuf, tarix, fiqh, tilshunoslik, astronomiya sohasida 20 dan ortiq asarlar yozgan. Uning "Davriylik haqida risola" asari makon va zamon masalalariga bag’ishlangan. Uning "Xoqonga foydali maslahatlar” kitobi 25 bob 32 fasldan iborat bo’lib, unda shariat qonun-qoidalan, ijtimoiy hayot va axloqiy muammolarga oid ma’lumotlar, hukmdorlar to’g’risida qiziqarli lavhalar o’z ifodasini topgan. Matematika, handasa, kimyo, astronomiya sohasida Mulla Tursun Fariziyning, falsafa va mantiq sohasida Mulla Yusuf Qorabog’iyning asarlari bizgacha yetib kelgan. Boboxoja ibn Xoja Orif Samarqandiy tomonidan 1678-yilda falakiyot, ilmi hay’at haqida risola yozilgan. Mahmud Ibn Valining 1636-yilda yozilgan “Baxr ul-asror" (,,Sirlar dengizi") asarida samarqandlik va buxorolik 20 nafar olim haqida ma’lumotlar berilgan. Subhonqulixon davrida tibbiyot ilmi rivojlandi. Uning tashabbusi bilan Buxoroda "Dor ush-shifo” qurilib, bemorlarni davolash ishi yo’lga qo’yilgan, tibbiyotga ixtisoslashgan madrasa qurilib shifokorlar tayyorlangan. Subhonqulixonning tibbiyotga oid kitoblar jamlangan nodir kutubxonasi bo’lgan. U "Subhoniy tibbiyoti bo’yicha davolash”, "Baxtli soatni aniqlashda oy manzillarining mohiyati" nomli ilmi nujumga oid kitoblar yozgan. XVII-XVIII asr birinchi yarmida Buxoro tarixiga doir qator asarlar yaratiladi. Tarixchi va geograf olim Mahmud ibn Valining "Oliyjanob insonlar jasorati xususida sirlar dengizi" asarida Movarounnahr va Xuroson tarixi, mamlakatlar, shaharlar, okean va dengizlar, hayvonot olami haqida qimmatli ma’lumotlar bayon qilinadi. U " Muhabbatnoma" ,. "Axloq husnlari" risolalari hamda 50 ming baytdan iborat katta devon muallifidir. Tarixnavislikda Muhammad Yusuf Munshiyning "Tarixi Muqimxoniy", Muhammad Amin Buxoriyning "Ubaydullanoma", Muhammad ibn Muhammad Zamon Buxoriyning "Muhit ut-tavorix" ("Tarixlar dengizi"), Abdurahmon Tolening "Abulfayzxon tarixi", Xojamqulixon Balxiyning "Qipchoqxon tarixi" asarlari muhim ahamiyatga egadir. XVII-XVIII asr birinchi yarmida adabiyot ancha rivoj topdi. Adabiy muhitda Bedil (asli ismi Mirzo Abdulqodir, 1644-1721) ning o’rni katta. U Kesh (Shahrisabz)lik, turkey barlos urug’idan, Hindistonga ko’p marta safar qilgan, Dehlida vafot etgan. Bedil inson erkinligi, tafakkuri haqida falsafiy, axloqiy qarashlarini she’riy va nasriy asarlarida bayon etgan. Bedil 120 ming misradan ortiq she’riy va nasriy asarlar yozgan. Uning yirik asari “To’rt unsur" nasrda yozilgan bo’lib, havo, suv, yer, olov haqida shuningdek, o’simliklar, hayvonlar va odamning kelib chiqishi haqida o’z qarashlarini bayon etadi. Bedilning "Irfon" dostonida falsafa, tarix va ilohiyotning xilma xil masalalari bayon etilgan. Bedilning fikricha, dunyo abadiy bo’lib, to’xtovsiz harakat qiladi va o’zgarib turadi. U she’rlarida jamiyatdagi jabr-zulm, adolatsizlik kabi illatlarni qoralaydi. Bedil asarlarining ko’pchiligi 16 jildli "Kulliyot"iga kirgan (Bombey, 1882). Bedil Turkistonda "Abulma’oniy" ("Ma’nolar otasi") degan nom olgan. Sayido Nasafiy (asl ismi Mirobid 1637-1710) to’quvchilik bilan shug’ullangan, ko’pgina she’rlarida ijtimoiy tengsizlikka, jabr-u zulmga qarshi norozilik bayon etilgan. U 212 xil kasb hunar egalari haqida fikr bildirib, hunar ahlini ulug’lagan. Uning "Bahoriyat" ("Hayvonotnoma ") majoziy-munozara asarida, g’azallarida o’z davrining ijtimoiy-siyosiy hayoti qalamga olingan. Turdi (XVII asr) hajviy she’rlari bilan tanilgan shoir. Turdining merosi 18 she’rdan iborat bo’lib, ulardan 12 tasi g’azal, 5 tasi muxammas janriga oid 434 misra hajmdagi bu merosning 165 misrasi Subhonqulixon haqidagi hajviyalardir ("Subhonqulixon to’g’risida hajviya", 1691). Uning tasavvufiy she’rlari g’oyat go’zal va teran falsafiy mazmunga boy bo’lgan. U yurtni boshqarayotgan beklarga shunday murojaat qiladi: Tor ko’ngullik beklar, manman demang, kenglik qiling,