Bioinformatika fanining rivojlanish tarixi

ORF Finder dasturi.
ORF finder siz kiritgan DNK ketma-ketligida ochiq o'qish ramkalarini (ORF) izlaydi. Dastur har bir ORF oralig'ini oqsilni efirga uzatish bilan birga qaytaradi. Yangi ishlab chiqilgan Smart BLAST yoki an'anaviy BLASTP bilan prognoz qilingan oqsilni tekshirish uchun oqsillarni kodlovchi potentsial segmentlar uchun yangi tartiblangan DNKni topish uchun orf finder-dan foydalaning.
Orf qidiruvchining ushbu veb-versiyasi 50 kb gacha bo'lgan so'rovlar ketma-ketligi bilan cheklangan. Linux x64 uchun so'rovlar ketma-ketligi uzunligi chegaralanmagan mustaqil versiya mavjud .
Misollar (qiymatlarni belgilash uchun bosing, keyin "yuborish" tugmasini bosing»):
* NC_011604 plazmid pWES - 1 Salmonella enterica; genetik kod: 11; " ATG " va muqobil boshlash kodlari; ORF minimal uzunligi: 300 NT
* NM_000059; genetik kod: 1; boshlang'ich kodon: "faqat ATG"; ORF minimal uzunligi: 150 NT
Orf tadqiqotchisi
ORF Investigator-bu kodlash va kodlovchi bo'lmagan ketma-ketliklar haqida ma'lumot beruvchi dastur emas, balki gen / DNKning turli qismlari ketma-ketligini global miqyosda moslashtirishi mumkin. Ushbu vosita ORFNI tegishli amino kislotalar ketma-ketligi uchun samarali ravishda topadi va ularni bitta harfli amino kislotalar kodlariga aylantiradi va ularning pozitsiyalarini ketma-ketlikda ta'minlaydi. Ketma-ketliklar orasidagi global hizalama, bir nukleotid polimorfizm, shu jumladan, turli mutatsiyalarni qulay aniqlash imkonini beradi. Nidlman va Vunsh algoritmlari genlarni moslashtirish uchun ishlatiladi. ORF Investigator portativ Perl dasturlash tilida yozilgan va shuning uchun barcha umumiy operatsion tizimlar foydalanuvchilari uchun mavjud.