Bioinformatika fanining rivojlanish tarixi

Meta-bazalar.
Meta bazalarni ma’lumotlar bazasi to’g’risidagi ma’lumotlar bazasi deb atash mumkin.Meta bazalar ma’lumotlarni turli hil manbalardan qidirib, ularni yangi ko’rinishda foydalanuvchi topishi oson bo’lgan ko’rinishga keltirib beradi. Meta-bazalarga quyidagilar kiradi: mGen, Entrez, Gene Cards, SOURCE, Bioinformatic Harvester, MetaBase, Consensus PathDB. Entrez (Biotexnologiya haqidagi axborotning milliy markazi)(Indiana Universitetiga qarashli)
GeneCards (Vaytsman Institutiga qarashli)
SOURCE (Stenford Universiteti)
mGen – jaxonga mashxur GenBank, Refseq, EMBL va DDBJ ma’lumotlar bazalarini o’zida tutuvchi, foydalanish oson va sodda bo’lgan dastur.
Bioinformatic Harvester (Bioinformatika KOMBAYNI) (Karlsrue Texnologik institutiga qarashli) – oqsil/genlar tio’grisidagi 26 eng asosiy resurslarni birlashtiradi.
MetaBase (KOBIC) – biologik ma’lumotlar bazasi tog’risidagi umumiy ma’lumotlar bazasi
ConsensusPathDB – o’zoro ta’sirlar to’g’risidagi molekulyar funksional ma’lumotlar bazasi, 12 ta boshqa ma’lumotlar bazalaridan olingan axborotlarni birlashtiradi.
Entrezda quyidagi ma’lumotlar bazasini izlash imkoniyatlari bor:

PubMed: biologik tibbiyotga doir ma’lumotlar, adabiyotlar.

Joy qidiruvi: NCBI tarmog’i va fayllarni uzatish bayonnomasi saytlari
Kitoblar: online kitoblar
OMIM: Insondagi Mendel qonunlariga doir ma’lumotlar , online
OMIA: Hayvonlardagi Mendel qonunlariga doir ma’lumotlar
Nukleotid : ketma –ketliklarga doir ma’lumtlar bazasi (GenBank)
Oqsil: ketma –ketliklarga doir ma’lumot bazalari
Genom: Genomning to’liq ketma –ketliklari va xaritalash
Struktura: uch o’lchamli makromolekulyar strukturalar
Taksonomiya: GenBank.dagi taksonlashtirilgan organizmlar
SNP: nukleotidning yagona polimorfizmi
Gen: genda joylashtirilgan axborotlar
HomoloGene: gomologik genlar
PubChem tarkibi: kichik molekulaning kimyoviy strukturasi
euGenes ma’lumotlar bazasi: Eukariot organizmlar geni va genom ma’lumotlariga doir axborotlarni o’zida saqlovchi ma’lumotlar bazasi. euGenes quyidagilarni o’z ichiga oladi: Gen ramzi va to’liq nomi;
Molekula, gen va xromasoma xaritasiga doir axborotlar;
Gen ontologiyasi (vazifasi/ joylashgan o’rni/jarayonlar) va gomolog genlar, undagi axborotlar;Uzun gen zvenolaridagi axborotlar.
GeneCards –inson geniga doir integratsiyalangan ma’lumotlar baza-sini izlashga mo’ljallangan bo’lib, ularning qayta tiklanishi, shakllan-tirilishi va foydalanuvchilarga bor ma’lumotlarni yetkazilishi va taxmin qilishni ta’minlaydi Ushbu ma’lu-motlar bazasi Isroildagi Veizman institutiga qarashlidir.
Bioinformatic Harvester -gen va ushbu gen kodlovchi oqsil to’g’risidagi axborotlar uchun mo’ljallangan bioinformatik meta qidiruv tizimi Karlsruedagi Texnologiyalar instituti tomonidan qo’llab quvvatlanadi. Ushbu ma’lumotlar bazasida asosan inson, sichqon, zebrabaliq, drozofila, arabidopsis thaliana o’simligiga doir axborotlar saqlanadi. Bioinformatic Harvester ma’lumotlar bazasi 28 ta ommaviy bioinformatika resurslari bilan doimiy aloqada bo’lib , ikki tomonlama qidiruvi amalga oshirish imkonini beradi.
MetaBase ma’lumotlar bazasi – barcha biologik ma’lumotlar bazasiga doir ma’lumotlar bazasi.
Consensus PathDB ma’lumotlar bazasi - o’zoro ta’sirlarning molekulyar funksional ma’lumotlar bazasi bo’lib, oqsillarning o’zoro ta’siri, signal uzatilishi, metabolizm va insondagi genlar boshqariluviga doir axborotlarni birlashtiradi.
ConsensusPathDB quyidagi ma’lumot bazalari bilan integratsiyalangan. Reactome (metabolizm va signal tizimi troplari)
KEGG (ConsensusPathDB bilan birlashgan metabolitik troplar),
HumanCyc (metabolitik troplar)
BioCarta (signal troplari)
Netpath (signal troplari)
IntAct (oqsillarning o’zoro ta’siri)
HPRD (oqsillarning o’zoro ta’siri)
BioGRID (oqsillarning o’zoro ta’siri)
SHIP (oqsillarning o’zoro ta’siri, signal reaksiyalari)
PIG – O’zoro ta’sirlarning patogen darvozalari (patogen xo’jayin va oqsil xo’jayinning o’zoro ta’sirlari)