Bob. Genomlarni tahrirlash

Fok I - endonukleazalar domeni bilan bog’langan oqsil domeninig “Rux barmoqchalari” tipi sayt-spetsifik nukleaza sifatida faol bo’lib DNKni in vitro sharoitida qat’iy belgilangan uchastkalarini o’ta aniqlikda qirqishi allaqachon 1996 yilda birinchi marta ko’rsatib berilgan edi. SHu kabi ximerik oqsillar modulli strukturaga ega bo’lib har bir “rux barmoqchalari” domeni bir nukleotid tripletini taniydi (Zinc-finger Nuclease, ZFN).

1. 
   Bu kulturalanadigan hujayralar jumladan plyuripotent tana hujayralari hamda model hayvonlar va o’simliklarda asosiy tahrirlash usuliga aylandi.
   
2. 
   Ammo ZFN texnologiyasi murakkabligi va har bir aniq genom lokuslari uchun oqsil domenlarining konstruktsiyasini tuzishga yuqori harajat talab etilishi, bir nukleotidli almashinuv yoki domenlar aro o’zaro noto’g’ri ta’sirlar sababli DNK-nishonning noaniq qirqilishi ehtimolliklari kabi bir nechta kamchiliklarga ega.
   

3. Shuning uchun genomni tahrirlovchi yangi texnologiyalar topish maqsadida faol izlanishlar davom etdi. So’nggi yillarda bu izlanishlar genomlarni tahrirlash imkonini beruvchi yangi instrumentlarning yaratilishiga sabab bo’ldi.
TALEN texnologiyasi. Bu tizimlar - TALEN (Transcription ActivatorLike Effector Nucleases, ya’ni transkriptsiyani faolllashtiruvchilarga o’xshash effektor nukleazalar) va CRISPR/Cas9 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, ya’ni - muntazam bir-biridan bir xil uzoqlikda joylashgan qisqa palindromik guruhlar takrorlari).

1. 
   Ushbu tizimlar odam, o’simliklar va hayvonlar hujayrasida yuqori samarali ishlarni amalga oshirish va ular uchun konstruktsiyalar tuzishning nisbatan soddaligi bilan farq qiladi. Bu kabi texnologiyalar genomlar ustida turli xil manipulyatsiyalarni amalga oshirishda faol qo’llanilmoqda va bu orqali transgen va mutant hayvon va o’simliklar yaratish hamda kulturalanadigan odam plyuripotent hujayralari asosida kasalliklar modelini yaratish va tadqiq etish kabi bir qator murakkab muammolarni hal etish uchun imkon yaratadi. Bundan tashqari epigenomikasini o’rganish va xromosoma lokuslarini hujayra tsiklida o’tkazish uchun TALEN DNK - bog’lovchi domenlari asosidagi ximerik oqsillar va faoliyati to’xtatilgan (inaktivatsiya) Cas9 nukleazalaridan genlar transkriptsiyasini boshqarish bo’yicha olib borilgan tajribalarda foydalanilgan. 2011 yilda genomlarni yuqori darajadagi aniqlikda tahrirlash imkonini beruvchi usullar qatorida TALEN tizimi ham nufuzli “Nature Methods” halqaro jurnali tomonidan yil texnologiyasi deb tan olindi. Bu texnologiyaning yaratilish tarixi Xanthomonas avlodi bakteriyalarining o’rganilishi bilan bog’liq. Ushbu bakteriyalar sholi, qalampir, pomidor kabi o’simliklarning patogeni hisoblanib qishloq xo’jaligiga katta iqtisodiy zarar keltiradi, bu esa ularning sinchkovlik bilan o’rganilishiga sabab bo’ldi. Aniqlanishicha, bakteriyalar o’simliklar hujayralarining sitoplazmasiga effektor oqsillarni- TALE, Transcription Activator-Like Effectors ajratib chiqaradi, bu esa o’simliklar hujayrasidagi jarayonlarga ta’sir etib patogenlarga nisbatan chalinuvchanlik darajasini oshiradi.
   

Keyinchalik effektor ta’sir etuvchi oqsillarning faoliyat mexanizmlarini o’rganish natijasida, ular eukariotlardagi transkriptsiya omillarini takrorlab DNK bilan bog’lana olish va o’zlarining gen-nishonlarining ekspressiyasini faollashtirish qobiliyatiga ega ekanligi aniqlandi.
TALE oqsillari DNKga bog’lanishi, domen va yadroda joylashish signali hamda maqsaddagi genning transkriptsiyasini faollashtirish uchun javobgar markaziy domendan tashkil topgan. Birinchi marta ushbu oqsillarning DNKga bog’lana olish qobiliyatlari 2007 yilda tavsiflangan edi, bir yil o’tib esa ikki guruh olimlar tomonidan TALE oqsillarining nishonlangan DNK izchilliklarini tanib olish kodlari aniqlandi.

1. 
   DNKga bog’lanuvchi domenmonomerlardan tashkil topganligi va ularning har biri bitta nukleotid bilan nishonlangan nukleotid ketma-kemligiga bog’lanishi ko’rsatib berildi. Monomerlar ikkitasi yuqori o’zgaruvchan (Repeat Variable Diresidue, RVD) 12 - va 13 - pozitsiyalarda joylashgan 34 aminokislotalar qoldig’idan iborat tandem takrorlarni namoyish etadi.
   
2. 
   Bunda aynan o’sha yuqori o’zgaruvchan aminokislotalar belgilangan nukleotidlarni tanib olishga javobgar hisoblanadi. Bu kod tug’ma degenerativ hisoblanadi. Ba’zi yuqori o’zgaruvchan aminokislotalar bir necha nukleotidlar bilan turli samaradorlik bilan bog’lanishi mumkin. Bunda TALE monomerlari bog’lanadigan 5’ - oxirgi uchi nukleotid ketma-ketligi oldidan nishonlangan DNK molekulasida doim faqat timidin nukleotidi joylashgan bo’ladi, bu esa bog’lanish samaradorligiga ta’sir etadi.
   
3. 
   So’nggi 3’-uchi tanib olish saytiga bog’lanuvchi tandemli takror 20 aminokislota qoldig’idan iborat bo’lib u yarim takror deb nomlanadi. TALE oqsillari yordamida DNK kodlarining o’qilishi aniqlanganidan so’ng o’zining soddaligi bir monomer - bir nukleotid bilan butun dunyo olimlarining qiziqishini uyg’otdi va TALEN - ximerik nukleazalar yaratish bo’yicha birinchi tajribalar amalga oshirildi.
   
4. 
   
   
   
   42-rasm. TALEN texnologiyasidan foydalangan holda Sevimli Gen (YFG) ni genom tahrirlash jarayoni. Qat ’iy ketma-ketlik aniqlanib, tegishli TALEN ketma- ketligi ishlab chiqilgan va plazmidga kiritilgan. Plazmid maqsadli katakka joylashtiriladi va u erda funktsional TALEN ishlab chiqarish uchun tarjima qilinadi, u yadroga kiradi va maqsad ketma-ketligini bog’laydi va bog’laydi. Ilovaga qarab, bu xato (maqsadli genni yo ’q qilish) yoki maqsadli genga yangi DNK ketma-ketligini kiritish uchun ishlatilishi mumkin.
   Shu maqsadda TALE domeniga bog’lanib DNKni kodlovchi izchillikni plazmida vektoriga kiritildi, bu vektor ilgari ZFN texnologiyasini yaratishda foydalanilgan. Natijada DNKga bog’lanuvchi domenni va FokI restriktsiyalari endonukleazalarining katalitik domenini o’z ichiga olgan sun’iy ximerik nukleazalar ekspressiya qiluvchi genetik konstruktsiyalar yaratildi. Bu texnologiya DNK-bog’lovchi domen turli yuqori o’zgaruvchan monomerlami (Repeat Variable Diresidue, RVD) birlashtirgan holda istalgan nukleotid ketma-ketligi nishon bo’lgan sun’iy nukleazalar yaratish imkonini beradi. Ko’p hollarda A, T, G, C nukleotidlarini mos ravishda bog’lash uchun Asn va Ile (NI), Asn va Gly (NG), ikki Asn (NN), His va Asp (HD) larni o’z ichiga olgan yuqori o’zgaruvchan (RVD) monomerlardan foydalaniladi. Bunda yuqori o’zgaruvchan monomerlar-RVD NN, A hamda G sifatida bog’lanishi mumkin.
   

Ko’plab tajribalarda guaninning yanada spetsifikroq bog’lanishi uchun NH yoki NK monomerlari qo’llanilganida keraksiz nishonga bog’lanish xatoliklarini kamaytiradi. Yuqori o’zgaruvchan monomerlardagi-RVD (H yoki N) birinchi aminokislota qoldig’i bevosita nukleotidga bog’lanishda qatnashmaydi, lekin fazoviy konformatsiyani stabillash uchun javob berishi aniqlandi. Ikkinchi aminokislota qoldig’i nukleotid bilan o’zaro bog’lanadi, bunda bog’lanish tabiati turlicha: D va N azotli asoslar bilan vodorod bog’larini hosil qiladi, lekin I va G Van-der-Vaals kuchi hisobiga nishonlangan nukleotidlar bilan bog’lanadi.
Domenga bog’lanuvchi sun’iy DNK yadro lokalizatsiyasi signaliga, N - uchi domeni va FokI katalitik domeniga ega bo’lgan yarimtakror genetik konstruktsiyaga kirgiziladi. Sun’iy nukleazalar uchun nishonlangan saytlar quyidagicha tanlab olinadi: ular DNKning turli zanjirlarida bo’lishi va speyser ketma-ketligida kichik uchastkalarga (12-25 j.n.) ajratilgan bo’lishi kerak bo’ladi. Sun’iy nukleazalarning yadroga borib joylashishi bilan ular nishonlangan saytlar bilan bog’lanadi, natijada S uchlarida joylashgan ximerik oqsillarning FokI domenlari dimerizatsiyalanadi va speyser ketmaketligiga ikki zanjirli bo’shliq hosil qiladi.
Nazariy jihatdan DNKga bog’lanuvchi domenlarning ma’lum tanib olish saytlari bilan genomning istalgan uchastkasiga TALEN sun’iy nukleazalari yordamida ikki zanjirli bo’shliq kiritish mumkin. TALEN nukleazalari saytlarini tanlashdagi yagona cheklov, bu nishonlangan ketma-ketlikdagi 5’- uchi oldidan T ning mavjud bo’lish zaruriyatidir.1 Ammo speyser ketma-ketligi uzunligini o’zgartirish bilan ko’p hollarda sayt tanlovlarini amalga oshirish mumkin. DNKga bog’lanadigan domenning W232 qoldig’i Noxir uchastkasining tarkibida 5’ - T bilan o’zaro birikadi, bunda u TALEN ning nishonlangan saytlar bilan birikish samaradorligiga ta’sir ko’rsatishi aniqlangan.
2 Ammo A, G, yoki C bilan bog’lana oluvchi TALEN Noxirli domenining mutant variantlarining selektsiyasi natijasida bu muammoni hal etish imkoni bor.

TALEN - Transkripsiya aktivatorga o’xshash effektli nukleazlar

Transkripsiya aktivatoriga o’xshash effektli nukleazlar -TALEN texnologiyasi TAL effektori DNKni bog’laydigan domenni DNK ajratish domeniga qo’shib, hosil bo’lgan sun’iy cheklash fermentlaridan foydalanadi (42- rasm).
Cheklov fermenti - bu DNK iplarini ma’lum bir ketma-ketlikda kesadigan fermentlar. Transkripsiya aktivatorga o’xshash effektlarni (TALE) deyarli har qanday istalgan DNK ketma-ketligini bog’lash uchun tezkor ravishda ishlab chiqilishi mumkin. Bunday muhandis TALE ni DNK ajratish domeni (DNK iplarini kesib tashlaydigan) bilan birlashtirib, istalgan DNK ketma-ketligini qisqartiradigan cheklov fermentlarini yaratishi mumkin. Ushbu cheklov fermentlari hujayralarga kiritilganda, ular genlarni tahrirlash yoki in situ sharoitida genom tahrirlash uchun ishlatilishi mumkin, bu mexanizatsiyalangan nukleazlar yordamida genom tahrir deb nomlanadi. Sink barmoqli nuklonlar va Cas9 oqsillari bilan bir qatorda, TALEN genomni tahrirlash sohasida taniqli vositaga aylanmoqda.