Bob. Genomlarni tahrirlash

Potentsial yon ta ’sirlar. Agar sink barmoq domenlari ularning saytlari uchun etarlicha aniq bo’lmasa yoki ular qiziqish genomiga kiradigan noyob saytni mo’ljalga olmasa, maqsaddan tashqari bo’linish paydo bo’lishi mumkin. Maqsaddan tashqarida bo’lgan bunday ajratish, ta’mirlash mexanizmlarini ag’darish uchun etarlicha ikki qatorli tanaffuslarni keltirib chiqarishi va natijada xromosoma qayta joylashishiga va / yoki hujayraning o’limiga olib kelishi mumkin. Maqsaddan tashqari ajratish hodisalari, shuningdek, donor DNKning tasodifiy birlashishiga yordam berishi mumkin. Inson tanasiga kiritilgan ko’plab xorijiy oqsillarda bo’lgani kabi, terapevtik agentga va u faol bo’lgan hujayralarga qarshi immunologik reaktsiya xavfi mavjud. Proteinni vaqtincha ifodalash kerak bo’ladi, ammo reaktsiyaning paydo bo’lish vaqti qisqa bo’ladi.

Birlamchi nukleotidlar ketma-ketligini tahrirlash va identifikasiyalash.

Organizmlarni identifikatsiyalash odatda nukleotidlar ketma-ketligi tahlili asosida, BLASTn (http://www. ncbi.nlm.nih.gov) ko’p marotabalik to’g’irlash dasturi yordamida ma’lumotlar bazasida GenBank/EMBL/DDBJ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) o’tkaziladi.
BLAST (ingl. Basic Local Alignment Search Tool) - birlamchi nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligini solishtirishga yordam beruvchi algoritm. BLAST algoritmi asosidagi kompyuter dasturlari birlamchi strukturasi (ketma-ketligi) yoki ma’lumotlar bazasidagi fragmenti ma’lum bo’lgan oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini izlab topishga imkoniyat yaratadi (Altschul et al., 1990).
BLAST seriyasidagi dasturlar. Biologik ketma-ketlikni tahlil qilish uchun 3 ta asosiy yondashuv mavjuddir:
Nukleotidlar ketma-ketligi tahlili. DNK yoki RNK nukleotidlari ketma- ketligi bilan ishlashga yordam beruvchi algoritmlar to’plami. Blastn («Nucleotide BLAST») dasturi turli xil mablumotlar bazasiga ega bo’lgan nukleotidlar ketma- ketligini solishtirish va gomologik ketma-ketlikni izlab topishga yordam beradi. BLAST yordamida tahlil boshqa algoritmlarga nisbatan ko’p vaqtni oladi, lekin past gomologli ketma-ketliklarni solishtirish imkonini beradi. Megablast 95% gacha yaqin qarindosh nukleotidlar ketma - ketligini solishtirishga mo’ljallangan. Dastur ko’p nukleotid ketma-ketliklarni yagona ketma-ketlikka yig’adi va BLAST baza ma’lumotlarini qidira boshlaydi. Keyin megablast individual ketma-ketlikni solishtirish va statistik ishlov berish uchun olingan ma’lumotlarga ishlov bera boshlaydi. Discontiguous megablast dasturi nukleotidlar ketma-ketligini bazi bir mos kelmaslikka etiborga va olmaslikka yo’l qo’yadi, u farqlanuvchi lekin ketma- ketlikni taqqoslash uchun mo’ljallangan.
Oqsil ketma-ketligi tahlili. Aminokislotalar ketma-ketligi bilan ishlashga yordam beruvchi algoritmlar to’plami. Standart BlASTP («Protein BLAST») dasturi turli xil ma’lumotlar bazasiga ega bo’lgan aminokislotalar ketma-ketligini solishtirish va gomologik ketma-ketlikni izlab topishga yordam beradi. Boshqa dasturlar singari BLASTP dasturi mahalliy gomologik qismlarni topadi. Quyidagi algoritm yordamida dasturi turli xil mablumotlar bazasiga ega bo’lgan aminokislotalar ketma-ketligini solishtirish va gomologik ketma-ketlikni izlab topish mumkin. psi-blast («Position-Specific Iterated BLAST») algoritmi oqsillar ketma-ketligi tahlilida yanada sezgir algoritm bo’lib, uni oqsillarning uzoq qarindoshlari yoki oqsillarning yangi oila abzolarini topish uchun foydasi bo’ladi. Quyidagi algoritmdan Blastp standart algoritmi ketma-ketlikni topa olmaganda yoki gipotetik oqsillarga aloqa yuborganda, muayyan ketma-ketlik bilan o’xshashlik topilganda foydalaniladi. Phi-blast («Pattern-Hit Initiated BLAST») foydalanuvchi bergan shablonni o’zida saqlashi va bir vaqtda foydalanuvchi bergan so’rov bilan gomolgik o’xshash bo’lgan oqsillar ketma-ketligini qidirish uchun mo’ljallangan. Sdart («Protein homology by domain architecture») algoritmi oqsillar tarkibini o’rganadi. U xamma oqsillar tarkibini theprotein nr mablumotlar bazasida tahlil qiladi va qidiruv olib boradi.