Bob. Genomlarni tahrirlash

Genom muxandisligida TALEN va CRISPR/Cas qo ’llanilishi. TALEN va CRISPR/Cas9 tizimlarini yaratish genom muxandisligining rivojlanishida muhim bosqichlardan hisoblanadi. Bu tizimlarning yaratilishi, ularning arzon va sodda tuzilishi fundamental va shu qatorda amaliy fanlarning rivojlanishiga kuchli turtki berdi. Bu texnologiyalarni oziq-qishloq xo’jaligi va tibbiyot kabi turli sohalarda qo’llanilishi haqiqatdan ham hayratlanarli yutuqlarga sabab bo’lmoqda. Ammo hozirgacha ularning qo’llanishi bo’yicha spetsifik va havfsizligiga bog’liq (nojo’ya ta’sirlari ehtimolligi tufayli) bir necha muammolar ochiqligicha qolmoqda, masalan, davolashda qo’llash uchun organizmga qanday kiritish mumkinligi va ushbu tizimlardan qaysi biri samarali va havfsiz degan savollar hanuzgacha ochiqligicha qolmoqda. CRISPR/Cas9 texnologiyasi ZFN va TALEN usullariga nisbatan bir qancha afzalliklarga ega, ya’ni uni yaratish bir muncha oson va yuqorisamarador bo’lib, turli hujayra liniyalari va organizmlari genomlarida yuqori ishlab chiqarish va ko’p tarmoqli tahrirlash imkoniyatiga ega.1.2 Bugungi kunda texnologiyalarning qaysi birini qo’llash kerakligi bo’yicha aniq javoblar mavjud emas. Bu texnologiyalarni juda yaxshi tushinib baholash uchun ularni o’z afzalliklariga ega kichik detallarigacha bir-biriga solishtirib o’rganish talab etiladi. Shunda ham bu savollarga universal javob topish imkoni bo’ladi deyish qiyin hamda har bir konkret jarayon uchun turli hil variantlami qo’llash va ularning ichidan maqsad muvofiqlarini tanlab olish kerak bo’ladi.

CRISPR-Cas9. Klasterli muntazam ravishda intervalgacha bo’lgan qisqa palindromik takrorlanishlar (qisqartirilgan CRISPR deb ataladi) prokariotik DNK segmentlari bo’lib, ular bazis ketma-ketligining qisqa takrorlanishini o’z ichiga oladi. CRISPR olimlarga genomlarni misli ko’rilmagan aniqlik, tezkorlik va moslashuvchanlik bilan tahrirlash imkonini beradigan vosita sifatida foydalanilmoqda. CRISPR genlarni ko’paytirish va tahrirlash bo’yicha eski usullarga qaraganda ancha yaxshi.
CRISPR / Cas tizimi - bu prokariotik immunitet tizimi, bu plazmidlar va faglar kabi begona genetik elementlarga qarshilikni ta’minlaydi va immunitetning shaklini ta’minlaydi. CRISPR spacerslari bu ekzogen genetik elementlarni eukariotik organizmlarga RNK aralashishiga o’xshash tarzda taniydilar va kesib tashlaydilar. Genlarning to’plami CRISPR takroriylari bilan bog’liq deb topildi va ularga cas, yoki CRISPR bilan bog’liq bo’lgan genlar deb nom berildi. Cas genlari DNKni kesib yoki ochib yuboradigan fermentlar bo’lgan putativ nukleazani yoki helikaz oqsillarini kodlaydi. Cas genlari har doim CRISPR ketma-ketligi yaqinida joylashgan. Bir qator Cas fermentlari mavjud, ammo eng mashhuri Streptococcus pyogenesdan kelib chiqqan Cas9 deb nomlanadi.
CRISPR aralashuvi texnikasi juda katta potentsial imkoniyatlarga ega, jumladan, odamlar, hayvonlar va boshqa organizmlarning mikroblarini va oziq- ovqat ekinlari genlarini o’zgartirish. Cas9 oqsilini va tegishli qo’llanma RNKlarini hujayraga etkazib, organizmning genomini istalgan joyda kesish mumkin. CRISPRlar hayotning barcha daraxtlarida genlarni tartibga solish va genlarni tartibga solish uchun maxsus endonuklaz fermentlari bilan birgalikda ishlatilgan. Yangi paydo bo’lgan biotexnologiya va inson urug’ini tahrir qilish istiqbollari haqida axloqiy xavotirlar bildirildi.
CRISPR / Cas9 genomini tahrirlash II tip CRISPR tizimi bilan amalga oshiriladi. Cas9 - bu DNKni kesib tashlaydigan ferment (nuklaz), CRISPR - bu DJKni aniqlab, Cas9 qayerda kesish kerakligini aytadigan DNK ketma-ketligi.
Cas9-ni to’g’ri ketma-ketlikda boqish uchun kerakli RNK talab qilinadi, bu erda DNK ketma-ketligini kesib, kerakli joyga genomga joylashtiring. Genom tahrirlash uchun ishlatilganda, ushbu tizim Cas9, CRISPR RNK (crRNA), trans- faollashtiruvchi crRNA (tracrRNA) va homologik bo’lmagan qo’shilish (NHEJ) yoki homologiyaga yo’naltirilgan ta’mirlashda ishlatiladigan DNK tuzatish shablonining ixtiyoriy qismini o’z ichiga oladi. (HDR). CrRNK Cas9 tomonidan faol kompleks hosil qiluvchi trakrRNK bilan bog’langan mintaqani (asosan soch panjasi halqa shaklida) yo’naltirish uchun uni Cas9 ishlatadigan RNKni o’z ichiga oladi.
CRISPR / Cas9 ko’pincha maqsadli hujayralarni translyatsiya qilish uchun plazmiddan foydalanadi. CrRNA har bir dastur uchun ishlab chiqilishi kerak, chunki bu Cas9 hujayraning DNK-ni aniqlash va bevosita bog’lash uchun foydalanadigan ketma-ketlikdir. CRRNA faqat tahrirlash kerak bo’lganda bog’lanishi kerak. Ta’mirlash shablonini har bir dastur uchun ishlab chiqilgan bo’lishi kerak, chunki u kesmaning ikkala tomonidagi ketma-ketliklar va qo’shilish tartibining kodi bilan mos kelishi kerak. Bir nechta hidoyat RNK (sgRNA) hosil qilish uchun bir nechta krRNK va trakrRNKni bir-biriga qadoqlash mumkin. Ushbu sgRNK Cas9 geni bilan birlashtirilib, hujayralarga aylantirilishi uchun plazmidga aylantirilishi mumkin. Cas9 oqsili crRNA yordamida xost hujayraning DNK-sida to’g’ri ketma-ketlikni topadi va DNKda bitta yoki ikki qatorli tanaffus hosil qiladi. Uy egasi DNKida to’g’ri joylashtirilgan bitta ipli tanaffuslar homologga yo’naltirilgan tuzatishni keltirib chiqarishi mumkin, bu homolog bo’lmagan uchga odatda ikki qatorli tanaffusdan keyin qo’shilishga qaraganda kamroq moyil bo’ladi. DNKni tuzatish shablonining bir qismini taqdim etish ma’lum bir DNK ketma-ketligini genomning aniq joyiga kiritishga imkon beradi. Ta’mirlash shablonini Cas9 induktsiyalangan DNK sindirishidan tashqari 40 dan 90 tagacha tayanch juftliklarga kengaytirish kerak. Maqsad hujayraning HDR jarayonini taqdim etilgan ta’mirlash shablonidan foydalanish va shu bilan yangi ketma-ketlikni genomga kiritishdir. Birlashtirilgandan so’ng, ushbu yangi ketma- ketlik hozir hujayraning genetik materialining bir qismidir va uning yangi hujayralariga o’tadi. DNKni tuzatish shablonining bir qismini taqdim etish ma’lum bir DNK ketma-ketligini genomning aniq joyiga kiritishga imkon beradi. Ta’mirlash shablonini Cas9 induktsiyalangan DNK sindirishidan tashqari 40 dan 90 tagacha tayanch juftliklarga kengaytirish kerak. Maqsad hujayraning HDR jarayonini taqdim etilgan ta’mirlash shablonidan foydalanish va shu bilan yangi ketma-ketlikni genomga kiritishdir. Birlashtirilgandan so’ng, ushbu yangi ketma- ketlik hozir hujayraning genetik materialining bir qismidir va uning yangi hujayralariga o’tadi (2-videoga qarang). DNKni tuzatish shablonining bir qismini taqdim etish ma’lum bir DNK ketma-ketligini genomning aniq joyiga kiritishga imkon beradi. Ta’ mirlash shablonini Cas9 induktsiyalangan DNK sindirishidan tashqari 40 dan 90 tagacha tayanch juftliklarga kengaytirish kerak. Maqsad hujayraning HDR jarayonini taqdim etilgan ta’mirlash shablonidan foydalanish va shu bilan yangi ketma-ketlikni genomga kiritishdir. Birlashtirilgandan so’ng, ushbu yangi ketma-ketlik endi hujayraning genetik materialining bir qismidir va uning yangi hujayralariga o’tadi.