1. Solishtirma morfologiY. Bu usul o’simliklarning xilmaxil vegetativ va generativ organlarining morfologik xususiyatlarini taqqoslab, har tomonlama o’rganish bilan ular o’rtasidagi o’xshashlik hamda yaqinlik munosabatlarini aniqlaydi.
Uzok. vaqtgacha morfologiyada yuksak o’simliklarning tanasi uchta asosiy a’zoga — ildiz, poya va bargga ajratib o’rganilgan. Ammo, solishtirmamorfologik usul asosida olib borilgan tekshirishlar o’simliklarning vegetativ organlarini faqat ikki a’zoga — novda va iddizga ajratishni isbotladi. Novdani asosiy vegetativ organ deb ta’riflanishining sababi shundaki, uning elementlari (poya va barg) o’simliklarning ontogenezida faqat bitta meristemadan taraqqiy etib novdaga aylanadi. Poya va barg ikkilamchi bo’lib, faqat novdadan rivojlanadi.
2. Anatomik va fiziologik usul.Bu o’simlik organlarining ichki tuzilishiga asoslangan aniq usullardandir. Shu usul asosida o’simliklarning hujayraviy tuzilishi, organlarning to’qimalardan tashkil topishi o’rganiladi. Mashxur olim V. G. Aleksandrov va uning shogirdlari madaniy o’simliklarning maxsus anatomiyasi ustida katta ilmiy ish olib bordi. Fiziologik usul bilan o’simlik organlarining fiziologik faoliyati aniqlanadi. Masalan, fotosintez (o’simlikning karbonsuv o’zlashtirishi), suvni bug’lantirishi (transpiratsiya hodisasi), ularning nafas olishi, o’simliklarning (mineral hamda azotli) oziqlanishi va boshqalar.
3. Ekologik morfologiya usuli.Bu usul yordamida o’simliklarning organlarida ro’y beradigan o’zgarishlar aniqlanadi. Masalan, o’simliklarning o’sishi tuproqning namlik darajasiga qarab kserofitlar, mezofitlar, gigrofitlar va gidrofitlarga bo’linadi.
4. Ontogenetik usul. Bu usul yordamida o’simlik organlarining (organogenezi) rivojlanishi va shakllanishi, ularning o’ziga xos taraqqiyoti (ontogenezi), to’qimalar (gistogenezi) o’rganiladi. Shuningdek S. G. Navashin tomonidan gulli o’simliklardagi qo’shaloq urug’lanish hodisasi ham ana shu usulda o’rganilgan.
5. Teratologiya usuli. Buusul bilan o’simliklarning kamchilik va nuqsonlari o’rganiladi hamda ayrim organlarning kelib chiqishi aniqlanadi. A. B. Beketov, A. A. Fedorov va boshqalar gul morfologiyasini o’rganishda bu usuldan foydalanganlar.