Turkiston viloyati gubernatori F. Romanovskiyga Orenburg general-gubernatori N. Krijanovskiy tomonidan harbiy harakatlarni Qo'qon xonligiga qarshi qaratish to'g'risida ko'rsatma berildi. Rossiya imperiyasining O'rta Osiyo-dagi harbiy harakatlari rejasiga ko’ra Qo'qon xonligining taqdiri 1866-yildayoq hal qilinib, Xo'jandda Qo'qonga qarshi hamma narsa tayyor holatga keltirilgan edi. Qo'qonga qarshi yurishga boshchilik qilish uchun N. Krija-novskiyning o'zi keldi. U Buxoro amirining vakili bilan sulh shartnomasi bocyicha uchrashib, 10 kun mobaynida 100 ming rubl tovon to'lashni talab qildi. Belgilangan muddat o'tgach, N. Krijanovskiy Buxoro amiri talablarni bajarmaganligini bahona qilib, ocz qo'shinlariga amirlikka qarshi hujum boshlashga buyruq berdi.
1866-yilning kuzida 6 ming piyoda askar, 500 kazak, 28 to'p, 600 arava va 800 tuyadan iborat harbiy qo'shin O'ratepaga qarab harakat boshladi. Bu harakatga Qo'qonga qarshi tayyorlab qo'yilgan kuchlar ham jalb qilindi. F. Romanovskiyning harbiy qo'shinlari O'ratepaga yetib borgach, shahar uch kun tocplardan o'qqa tutildi. Shundan keyin tongda hujumga o'tildi. Shahar aholisi bosqinchilarga mardonavor qarshilik ko'rsatdi. O'ratepa to'plardan
o'qqa tutilganligi natijasida vayron qilinib, dushman tomonidan egallandi. Hujum natijasida 2 ming nafardan ko'proq aholi halok bo’ldi.
Rossiya imperiyasining harbiy qo'shinlari Ocratepani egallagandan so'ng, 12-oktabrda navbatdagi harakat Jizzaxga boshlandi. To'xtovsiz otishmalar natijasida shahar devorlari vayron qilinib, ikki kecha-kunduz davom etgan jangdan so'ng 1866-yil 18-oktabrda Jizzax shahri ham podsho hukumati qo’liga o’tdi. Uni bosib olish uchun bo’lgan jangda bar ikkala tomondan 6 mingdan ko'proq kishi halok bo’ldi. Bu shaharhimoyasida Buxoro amirligidan yordamga chiqqan kuchlar kechikib keldi. Ular himoyachilarga hech qanday yordam bera olmasdan orqaga qaytishdi. Podsho hukumati Jizzaxda 3 ming askar, 300 kazak va 12 to'pdan iborat harbiy kuchlarini qoldirdi. 1864—1866-yillar davomida bosib olingan hududlarni o'z ichiga oluvchi Sirdaryo viloyati tashkil qilindi.