Tracheata Filogenetik daraxtni to’g’ri tuzish katta informasiya beradi. 1-rasmda turlar yoki yuqori taksonlarning o’zaro munosabati chiziqlar orqali ko’rsatilgan, har bir juft opa-uka taksonlar uchun sinapomorfiylar ko’rsatilgan. Bundan tashqari, «asos» turning autapomorfiylari gipotetik ajdod forma qiyofasini tasavvur qilish imkonini beradi va keyinchalik uni qazilma qoldiqlar (agar bunday topilmalar mavjud bo’lsa) bilan taqqoslash mumkin. Filogenetik daraxtlar ildizsiz (bular to’rsimon yoki dendrit daraxtlar deyiladi) va ildizli (bular odatda kladogrammalar deyiladi) bo’lishi mumkin. Ildizsiz filogenetik daraxtlar taksonlar o’rtasidagi aloqalarning xarakterini ko’rsatadi lekin, belgilar transformatsiyasining yo’nalishlarini ko’rsatib bera olmaydi. Ildizli filogenetik daraxt tuzish uchun ildizlatish (ing. rooting) deb atalgan jarayon amalga oshiriladi. Ildizlatish bevosita va bilvosita bo’lishi mumkin. Bilvosita ildizlatish tahlilga o’rganilayotgan guruhga (ingruppaga) kirmasligi aniq bo’lgan takson – autgruppani qo’shish bilan amalga oshiriladi. Bunda autgruppa ingruppadagi alohida organizmlarda uchraydigan apomorfiyalarga ega bo’lmagani maqul.
