Ovqat hazim qilish sistemasi. Oziq og’izdan halqum va qisqa qizilo’ngach orqali oshqozonga tushadi. Qisqichbaqa oshqozoni ikki bo’limdan iborat. Kattaroq bo’limida oziq xitin tishchalari yordamida eziladi. Kichik qismida tukli ikkita plastinka bo’ladi, ular suzgich apparat hosil qiladi, maydalangan oziq bu apparat teshiklaridan to’r orqali o’tgandek suzilib o’tadi. Keyin oziq ichakka, so’ngra ovqat hazim qilish bezlariga tushadi va shu yerda hazim bo’ladi.
Oziq moddalar bezlar devori orqali siradi. Hazm bo’lmagan qoldiqlar ichakka tushadi va dum suzgichining o’rta plastinkasida joylashgan anal teshigi orqali tashqariga chiqariladi (Naumov, 1995).
Bahorda va yozda qisqichbaqa oshqozonining devoridan kemiruvchi tishchalardan tashqari, yumaloq oq toshchalarni topish mumkin. Ular ohakdan iborat. Bu ohak zapaslari qisqichbaqa po’st tashlagandan keyin hosil bo’lgan yangi, yumshoq po’stga ohak singishi uchun zarur bo’ladi.
Qon aylanish va nafas olish sistemalari. Bosh - ko’kragining yelka tomonida, qalqoni ostida besh burchakli oqish xaltacha shaklidagi yuragi bo’ladi. Undan bir qancha qon tomirlari chiqadi, ularning uchi bevosita tana bo’shlig’iga ochiladi. Shunday qilib, qisqichbaqaning qon aylanish sistemasi hamma bo’g’imoyoqlilarniki singari ochiq bo’ladi. Qon organlar oralig’idan oqib o’tib, ularni kislorod bilan ta’minlaydi. Bu yerdan qorin tomoni bo’ylab jabraga boradi. Qisqichbaqaning jabralari teri qoplamidan o’sib chiqqan o’simtalar bo’lib, bosh - ko’krak qismida joylashgan, ularni doimo yuvib o’tadi.
Suvda erigan kislorod jabra orqali qonga o’tadi, qonda to’planib qolgan karbonat angidrid jabralar orqali tashqariga chiqariladi. Qisqichbaqa organizmida shu tartibda gazlar almashinib turadi. Kislorodga to’yingan qon yurakdagi teshiklar orqali yurak bo’shlig’iga tushadi.
Qisqichbaqaning ayirish organlari bir juft yashil bezdir. Ularning har biridan mo’ylovlari asosida tashqariga ochiladigan chiqarish, kanali boshlanadi. Organizm hayot faoliyati natijasida hosil bo’lib, qonda erigan zararli moddalar ana shu yashil bezlar orqali tashqariga chiqariladi.