Bu yapı içinde çok sayıda yıkıcı enzim bulunan (proteaz, lipaz, nükleaz,...) primer lizozomile birleşerek sekonder lizozomoluşur ve burada makromoleküller yıkılarak hücre dışına atılır
Bakterilerin öldürülmesi bu yolla oksijene bağımlı gerçekleşir.
Fagositoz
Mikroorganizmayı hücre iskeleti elemanları yardımıyla yutma işlemidir.
Fakat kapsüllü bakterilerde yapışma sorunu ortaya çıkar.
Bu nedenle mikroorganizmanın çevresi proteinle kaplanarak çözümlenmektedir.