L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Nazorat savollari va topshiriqlari

1. 
   Tizim va amaliy dasturiy ta'minot o'rtasidagi farq nima? Misollar keltiring.
   
2. 
   Yuklab olish va yuklash o'rtasidagi farq nima? Internetdan ma'lumotlarni yuklab olishning uchta usuli qanday?
   
3. 
   Ierarxik domen nomlari tizimida kompyuterning IP manzili va uning matn nomi o‘rtasidagi o‘xshashlik va farqlar qanday?
   
4. 
   Veb-sahifa va veb-sayt o'rtasidagi farq nima?
   
5. 
   Internet-brauzer nima? Qanday brauzerlarni bilasiz?
   
6. 
   Giperhavola nima?
   
7. 
   URL nima va uning formati qanday?
   
8. 
   FASTA formatida oqsil ketma-ketligi qanday yoziladi?
   

10. GI raqami nima?
11. EMBnet nima va bu tarmoqda qanday brauzer ishlatiladi?
12.SRS (Sequence Retrieval System) nima va u qaysi tarmoqda qo'llaniladi?
13.NCBI nima va NCBI tarmog'ida qanday brauzer ishlatiladi?

14. 
    Entrez nima va u qaysi tarmoqda ishlatiladi?
    
15. 
    Kontig nima?
    

III BOB. BIOLOGIK KETMA-KETLIKLARNI TAQQOSLASH

1. 
   Biologik ketma-ketlikni solishtirish asoslari.
   
   1. 
      Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash (tekislash).
      

Nuklein kislotalardagi azotli asoslar ketma-ketligini yoki oqsillarning polipeptid zanjirlaridagi aminokislotalarni tekislash (tekislash) - bu ikki yoki undan ortiq ketma-ketlikdagi qoldiqlarning (mos ravishda nuklein asoslari yoki aminokislotalar qoldiqlari) o'zaro mos kelishini aniqlash, bu asl nusxani saqlaydi. ketma-ketlikda qoldiqlar tartibi.
Ketma-ketlikni tekislash bioinformatikaning asosiy vositasi bo'lib , u ketma-ketliklar o'rtasidagi tarkibiy, funktsional va evolyutsion munosabatlarni o'rnatish maqsadida amalga oshiriladi.
Biologik makromolekulalar molekulyar evolyutsiya natijasidir. Demak, agar shunday ikkita biomakromolekulaning umumiy ajdodi bo'lsa va demak, bunday makromolekulalardagi monomerlar ketma-ketligi umumiy ajdod ketma-ketligiga ega bo'lsa, ular, qoida tariqasida, monomerlarning birikmalarida, tuzilishida va biologik funktsiyalarida o'xshashlikni ko'rsatadi.
Masalan, agar noma'lum funktsiyaga ega bo'lgan yangi ketma-ketlik topilsa, lekin shu bilan birga, ma'lumotlar bazalarida ilgari o'rnatilgan tuzilmalar va funktsiyalarga ega bo'lgan unga o'xshash ketma-ketliklar topilsa, u holda ushbu yangi ketma-ketlikni allaqachon mavjud bo'lgan ketma-ketlik bilan moslashtirish (taqqoslash) natijalari. o'rganilgan ketma-ketliklar ushbu yangi ketma-ketlikning funktsiyasi yoki tuzilmalarini bashorat qilish uchun asos bo'lishi mumkin.
Ketma-ketlikni tekislashning maqsadlaridan biri ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlik darajasini aniqlash va agar u etarlicha yuqori bo'lsa, ularning gomologiyasi haqida ishonchli xulosa chiqarishdir.
Genetik ma'lumot oldingi avloddan keyingi avlodga o'tkazilganda, nusxa ko'chirish jarayonida u biroz o'zgaradi.
Umumiy ajdoddan ajralish jarayonida sodir bo'ladigan o'zgarishlar uch xil bo'lishi mumkin: almashtirish, qo'shish va o'chirish (yo'qotish).
Bu o'zgarishlar avloddan-avlodga to'planishi mumkin. Bir necha ming avloddan so'ng, ketma-ketlikda sezilarli miqdordagi nomuvofiqliklar kuzatilishi mumkin. Ikki gomologik ketma-ketlikni taqqoslash ularning divergensiya darajasini, ya'ni evolyutsion o'zgarishlarning kuchini ko'rsatadi.
Ketma-ketlikni tekislash - bir xil tartibda tekislangan ketma-ketlikda joylashgan alohida elementlarning qatorlarini yoki ketma-ketlik elementlarining xarakterli birikmalarini qidirish orqali ikkita (juftlik bilan tekislash) yoki bir nechta (bir nechta tekislash) ketma-ketlikni solishtirish protsedurasi .
Ikki ketma-ketlikni tekislashda ular bir-birining ustiga ikkita qatorga joylashtiriladi, alifbo harflari yordamida yoziladi.
Ushbu satrlarning (ketma-ketliklarning) bir xil yoki o'xshash "harflari" (elementlari) chiziq ichida ("belgilar" ning asl tartibini o'zgartirmagan holda) mos keladigan ustunlarda bir-birining ostiga qo'yiladigan tarzda siljitiladi.